비영리법인 회계와 세무

01 사회복지법인이란?

“사회복지법인”이란 「사회복지사업」을 할 목적으로 설립된 법인을 말하고, “사회복지시설”이란 「사회복지사업」을 할 목적으로 설치된 시설을 말한다. 여기서 말하는 「사회복지사업」이란 다음에 열거하는 법률에 따른 보호ㆍ선도(善導) 또는 복지에 관한 사업과 사회복지상담, 직업지원, 무료 숙박, 지역사회복지, 의료복지, 재가복지(在家福祉), 사회복지관 운영, 정신질환자 및 한센병력자의 사회복귀에 관한 사업 등 각종 복지사업과 이와 관련된 자원봉사활동 및 복지시설의 운영 또는 지원을 목적으로 하는 사업을 말한다. (「사회복지사업법」 제2조)

가. 「국민기초생활 보장법」
나. 「아동복지법」
다. 「노인복지법」
라. 「장애인복지법」
마. 「한부모가족지원법」
바. 「영유아보육법」
사. 「성매매방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」
아. 「정신건강증진 및 정신질환자 복지서비스 지원에 관한 법률」
자. 「성폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」
차. 「입양특례법」
카. 「일제하 일본군위안부 피해자에 대한 생활안정지원 및 기념사업 등에 관한 법률」
타. 「사회복지공동모금회법」
파. 「장애인ㆍ노인ㆍ임산부 등의 편의증진 보장에 관한 법률」
하. 「가정폭력방지 및 피해자보호 등에 관한 법률」 거. 「농어촌주민의 보건복지증진을 위한 특별법」
너. 「식품등 기부 활성화에 관한 법률」
더. 「의료급여법」
러. 「기초연금법」
머. 「긴급복지지원법」
버. 「다문화가족지원법」
서. 「장애인연금법」
어. 「장애인활동 지원에 관한 법률」
저. 「노숙인 등의 복지 및 자립지원에 관한 법률」
처. 「보호관찰 등에 관한 법률」
커. 「장애아동 복지지원법」
터. 「발달장애인 권리보장 및 지원에 관한 법률」
퍼. 「청소년복지 지원법」

02 사회복지법인의 회계

(1) 회계제도 개요 사회복지법인의 재산과 회계는 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」(이하 “재무회계규칙”이라 함)에 따르도록 「사회복지사업법」 제23조 제4항에 규정하고 있다. 따라서 사회복지법인의 재무 및 회계 처리에 관하여 다른 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 이 규칙이 정하는 바에 따라야 한다.
재무회계규칙은 1988년 2월 8일 처음 제정된 이후 그동안 14차례에 걸친 개정을 통해 최근 2017년 3월 1일부터 시행하는 보건복지부령 제480호에 이르렀으며 그 주요 구성은 다음과 같다.

장	조문	주요 내용
제1장 총칙	§1～§6의 2	회계의 구분, 회계연도 및 귀속, 출납기한
제2장 예산과 결산	제1절 예산 §7～§18	예산편성 및 결정 절차ㆍ첨부서류ㆍ전용ㆍ이월
제2장 예산과 결산	제2절 결산 §19～§20	결산보고절차 및 첨부서류
제3장 회계	제1절 총칙 §21～§24	회계처리방법 및 장부의 종류
	제2절 수입 §25～27	수입금 수납절차
	제3절 지출 §28～§30	지출방법
	제4절 계약 §30의 2～§31	계약방법
제4장 물품	§38～§41	물품관리 및 재물조사
제4장의2 후원금관리	§41의 2～§41의 7	후원금의 수납 및 사용방법 및 결과 보고 및 공개
제5장 감사	§42	내부감사요령
제6장 보칙	§43～§45	사무의 인수ㆍ인계방법 등

(2) 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계규칙」의 주요 내용 1) 회계의 구분 및 방법 사회복지법인의 회계의 구분과 각 구분회계 단위별 기장방법은 다음과 같다.

회계의 구분	내 용	기장방법
법인회계	법인 업무 전반에 관한 회계	단식/복식부기
시설회계	법인이 설치ㆍ운영하는 사회복지시설에 관한 회계	단식부기
수익사업회계	법인이 수행하는 수익사업에 관한 회계	단식/복식부기

법인세법에서는 비영리법인의 수익사업 중 사업소득과 채권매매익에 대한 부분은 이중기록 방식의 정규 복식부기에 의해 기장하도록 강제(「법인세법」 제112조)하고 있고, 또한 상속세 및 증여세법에서는 공익법인 등은 출연받은 재산의 보유 및 운용상태와 수익사업의 수입 및 지출내용의 변동을 이중으로 기록하는 복식부기 방식으로 하도록 하고 있다.(「상속세및증여세법 시행령」 제44조) 따라서 법인회계와 수익사업회계는 복식부기에 의한 방법으로 장부를 기장해야 할 것으로 사료된다.

2) 회계연도 및 기간귀속 사회복지법인 및 사회복지시설의 회계연도는 정부의 회계연도에 따라 매년 1월 1일부터 12월 31일로 한다.
수입 및 지출의 발생과 자산 및 부채의 증감ㆍ변동에 관하여는 그 「원인이 되는 사실」이 발생한 날을 기준으로 하여 연도소속을 구분한다. 다만, 그 사실이 발생한 날을 정할 수 없는 경우에는 그 사실을 「확인한 날을 기준」으로 하여 연도 소속을 구분한다.
「원인이 되는 사실」이란 원인행위를 말하는데, 주로 지출결정(지출관련 품의 또는 지출결의서 작성)이나, 계약관련 품의가 이미 이루어진 건의 계약체결을 가리킨다. 「확인한 날을 기준」이란 원인행위가 발생한 날을 확정시키기 곤란한 경우에는, 대금지급의 원인이 되는 행위를 최초로 인식한 날이 속하는 회계연도에 인식하는 것을 말한다.
법인 및 시설의 세입ㆍ세출의 출납은 회계 연도가 끝나는 12월 31일까지 완결하도록 하고 있어 종전의 출납폐쇄기한을 2월말까지 하던 것을 회계연도말까지로 앞당기게 되었다.

3) 예산회계 사회복지법인의 회계는 예산회계를 근간으로 하고 있다. 따라서 모든 수입을 세입으로 하고, 모든 지출을 세출로 정의하고, 세출예산은 정한 목적 외에 이를 사용하지 못하도록 하고 있다. 한편 세입과 세출은 예산총계주의 원칙에 따라 모두 예산에 계상하도록 하고 있어 순액으로 표시하거나 상계하여 표시하지 않도록 하고 있다.
예산편성은 대표이사가 법인 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장가 정한 예산편성지침에 따라 예산을 편성하고 이사회의 의결에 따라 확정되면, 이 확정한 예산을 매 회계연도 개시 5일전까지 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 다음의 서류를 제출하여야 한다.

단식부기	복식부기
① 예산총칙 ② 세입ㆍ세출명세서 ③ 임ㆍ직원보수일람표 ④ 당해 예산을 의결한 이사회 회의록 또는 해당 예산을 보고받은 시설운영위원회 회의록 사본
	⑤ 추정대차대조표 ⑥ 추정수지계산서

① 추가경정예산
법인의 대표이사는 예산이 성립한 후에 생긴 사유로 인하여 이미 성립된 예산에 변경을 가할 필요가 있을 때에는 추가경정예산을 편성하고 이사회 결의를 거쳐 확정한 다음 확정된 날로부터 7일 이내에 이를 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.
② 준예산
회계연도 개시 전까지 법인 및 시설의 예산이 성립되지 아니한 때에는 법인의 대표이사 및 시설의 장은 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 그 사유를 보고하고 예산이 성립될 때까지 임직원의 보수, 법인운영의 필수적인 경비 또는 법령상 지급의무가 있는 경비는 전년도 예산에 준하여 집행할 수 있도록 하고 있다.
③ 예산의 전용
법인의 대표이사 및 시설의 장은 예산총칙에서 전용을 제한하고 있거나 이사회 및 시설 예산심의과정에서 삭감한 관ㆍ항ㆍ목을 제외하고는 관ㆍ항ㆍ목간의 예산을 전용할 수 있다. 다만, 관간 전용 또는 동일 관내의 항간 전용을 하려면 이사회의 의결 또는 시설운영위원회에의 보고를 거쳐야 하되, 법인이 설치ㆍ운영하는 시설인 경우에는 시설운영위원회에 보고한 후 법인 이사회의 의결을 거쳐야 한다. 예산전용 후 관할 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 결산보고서를 제출할 때에 과목 전용조서를 첨부하여야 한다.

4) 결산 및 재무제표 사회복지법인의 대표이사는 법인회계와 시설회계의 세입ㆍ세출 결산보고서를 작성하여 각각 이사회의 의결 및 시설운영위원회에의 보고를 거친 후 다음 연도 3월 31일까지 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 하고, 법인 및 시설의 게시판과 인터넷 홈페이지에 20일 이상 공고하여야 한다. 이때 사회복지법인의 결산보고서에 첨부되는 재무제표 및 그 부속명세서는 다음과 같다.

구분	단식부기	복식부기
재무제표	세입ㆍ세출결산서	세입ㆍ세출결산서, 대차대조표, 수지계산서
부속명세서	과목 전용조서, 예비비 사용조서, 기본재산수입명세서, 사업수입명세서 정부보조금명세서, 후원금수입 및 사용결과보고서, 후원금 전용계좌의 입출금내역, 인건비명세서, 사업비명세서, 기타비용명세서(인건비 및 사업비를 제외한 비용을 말한다), 감사보고서
부속명세서	-	대차대조표의 각 계정별 명세서 (현금 및 예금, 유가증권, 미수금, 재고자산, 기타유동자산, 토지, 건물, 차량운반구, 비품, 전신전화가입권, 미지급금, 차입금, 기타유동부채, 제충당금 등)
수익사업회계	법인세신고서

5) 장부 및 물품관리 재무회계규칙에서 장부를 다음과 같이 두도록 하고 있으나, 이는 단식부기에 의한 장부만을 열거하고 있으며 복식부기에 의한 분개장(또는 전표)이 누락되어 있고, 그 보존 연한에 대하여 규정하고 있지 않다. 다만, 국세기본법, 법인세법, 부가가치세법은 5년간 장부와 증빙을 보관하도록 하고 있으나(「국세기본법」 제85조의3, 「법인세법」 제112조, 「부가가치세법」 제71조), 상속세 및 증여세법에서는 10년간 보존(「상속세및증여세법」 제51조)하도록 하고 있다.

구분	단식부기	복식부기
장부의 종류	① 현금출납부 ② 총계정원장 ③ 총계정원장보조부(임의) ④ 재산대장 ⑤ 비품관리대장
장부의 종류	-	분개장(또는 전표)

재산대장에 기록할 재산은 토지, 건물, 유가증권, 무형고정자산, 기계ㆍ기구류, 기채(부채)상황을 말하며, 비품관리대장에 기록할 비품은 품질 및 형상이 변하지 않고 내용연수가 1년 이상 계속적으로 사용할 수 있는 취득단가 10만원 이상 물품을 말하는 것으로, 그 성질이 사용함으로써 소모되거나 파손되기 쉬운 물품과 공작물 기타의 구성부분이 되는 것으로써 내용연수가 1년 미만이거나 취득단가 10만원 미만인 물품인 소모품과 구별되는 것을 말한다.
한편, 물품은 현금 및 유가증권을 제외한 동산을 말하는데, 연 1회 정기적으로 재물조사를 실시하도록 하고, 필요하다고 인정하는 때에는 정기재물조사 외에 수시 재물조사를 실시하도록 하고 있다. 재물조사의 목적은 주로 불용품(사용이 불가능하거나 수리하여 다시 사용할 수 없게 된 물품을 말함)을 파악하여 이를 매각하고 매각대금을 세입에 편입시키데 있다하겠다.

6) 계약의 원칙 재무회계규칙에서 계약에 관한 사항을 규정하고 있으며, 「지방자치단체를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」, 같은 법 시행령 및 같은 법 시행규칙을 준용하도록 규정하고 있다. 이에 따라 동 법률규정에서 위임된 사항을 정한 「지방자치단체 입찰 및 계약 집행기준」에서 정하고 있는 수의계약(隨意契約) 운영요령에서 정한 유형별 구분은 다음과 같다.

구분	유형	주 요 내 용				견적서 제출방법
구분	유형	종합공사	전문공사	전기 등 그밖의공사	용역ㆍ물품 기타	견적서 제출방법
2인 이상 견적 제출	금액기준	추정가격 2억원 이하	추정가격 1억원 이하	추정가격 8천만원 이하	추정가격 5천만원 이하	∙ 지정정보처리장치에 의한 계약 ∙ 예외：동 기준 제4절참조
1인 견적 제출 가능	금액기준	추정가격 2천만원 이하 (다만, 「여성기업지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 여성기업 또는 「장애인기업활동 촉진법」 제2조 제2호에 따른 장애인기업과 계약을 체결하는 경우에는 5천만원 이하)				지정정보처리장치에 의하지 않고 수의계약 가능
	하자 곤란 등	∙ 하자구분곤란, 혼잡, 마감공사 및 특허공법 등에 따른 수의계약(시행령제25조제1항제4호 가·나·다·마목)
	천재지변 등	∙ 천재지변, 작전상의병력이동, 긴급한행사등 입찰에부칠 여유가없는경우등(지방계약법시행령 제25조 제1항 제1호～제3호,제4호라목·바～하목, 제6호～제8호) ∙ 계약을 해제·해지한 경우(지방계약법시행령 제27조) ∙ 재공고입찰결과 입찰이 성립하지 아니하거나 낙찰자가없는경우(지방계약법시행령 제26조 제1항) ∙ 시행령 제95조 제1항 제4호에 따른 대안입찰, 같은 항 제5호에 따른 일괄입찰 또는 제127조 제2호·제3호에 따른 기술제안입찰로 발주되었으나 재공고입찰 결과 입찰자가 1인뿐인 경우 ∙ 지정정보처리장치를 이용하여 견적서를 제출받았으나 견적서 제출자가 1인뿐인 경우로서 다시 견적서를 제출받더라도 견적서 제출자가 1인뿐일 것으로 명백히 예상되는 경우(지방계약법시행령 제30조 제1항 제3호)

지정정보처리장치는 행정안전부장관이 지정ㆍ고시한 국가종합조달시스템(g2b.go.kr), 교육기관전자조달시스템(s2b.kr), 단체급식식재료 전자조달시스템(eat.co.kr), 전자자산처분시스템(onbid.co.kr)을 말한다.
계약담당자는 금액기준으로 2인 이상 견적서 제출 대상 이상의 계약을 하고자 할 때에는 입찰에 의한 방법으로 계약자를 선정해야 한다. 즉, 종합공사의 경우 예정가격이 2억원을 초과할 경우, 용역ㆍ물품의 구매 예정가액이 5천만원을 초과할 경우에는 입찰의 방법에 의하여야 한다.
금액기준에 따라 2인 이상 견적서 제출 대상 수의계약의 경우에는 예정가격 이하로서 예정가격 대비 견적가격을 공사는 87.745%, 용역ㆍ물품은 88%(추정가격 2천만원 이하인 용역ㆍ물품은 90%) 이상으로 제출한 자(다만, 「출판문화산업 진흥법」 제22조에 해당하는 간행물을 구매하는 경우에는 예정가격 대비 견적가격을 90% 이상으로 제출한 자)중 최저가격을 제출한 자부터 순서대로 배제사유에 해당하지 아니한 자를 계약상대자로 결정한다.
금액기준에 따른 1인 견적서 제출 가능한 수의계약의 경우에는 당해 1인으로부터 제출된 견적가격이 거래실례가격, 통계작성 승인을 받은 기관이 조사ㆍ공표한 가격, 감정가격, 유사거래 실례가격 등과 비교 검토하여 가장 경제적인 가격으로 최종 계약금액을 결정한다.

7) 후원금 관리 사회복지법인은 후원금에 대하여 그 수입ㆍ지출 내용과 관리에 명확성과 투명성을 확보될 수 있도록 다음 사항을 준수해야 한다.

구 분		내 용
전용계좌 개설		법인과 시설별로 각각 구분하여 전용계좌 개설
영수증	발급	소득세법 시행규칙 제101조 제20호의 2 또는 법인세법 시행규칙 제82조 제7항 제3호의 3에서 정한 양식
영수증	발급목록	후원금영수증발급대장 작성 및 비치
수입 및 사용내역	통보	연 1회 이상 후원자에게 개별 통보 또는 정기간행물이나 홍보지 등을 이용한 일괄통보
	보고	시장 군수 구청장에게 결산보고서를 제출할 때
	공고	법인ㆍ시설의 게시판과 인터넷 홈페이지에 3개월간 공개
용도 외 사용금지		비지정 후원금 간접비 사용비율 50% 초과 금지

03 사회복지법인의 세무

(1) 상속세 및 증여세 납세의무 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인은 상속세 및 증여세법상 공익법인에 해당하며 출연받은 재산에 대하여 과세가액불산입되어 상속세나 증여세를 면제받을 수 있으나 동 법에 의한 각종 의무사항을 지켜야 한다.

1) 상속세 및 증여세가 과세되는 경우
사회복지사업법에 의하여 설립한 사회복지법인이 출연받은 현금으로 고용인이 거주할 아파트를 임차한 경우 당해 출연재산은 출연목적 외에 사용한 것으로 보는 것임.(재삼46014－702, 1995.03.21.)
또한 사회복지법인이 출연받은 재산으로 특정 내국법인 발행주식의 100%를 매수하는 경우는 출연받은 자가 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과한다.(재삼46014－3010, 1994.11.24.)
2) 고유목적에 사용한 경우
사회복지법인이 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용하는 것이란 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말하며, 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함하는바, 현금을 출연받아 금융기관에 예금하여 수입하는 이자(배당)소득으로 해당 공익법인의 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 경우에는 그 현금은 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 본다.(재산세과－429, 2012.11.30.)
또한, 사회복지법인의 잔여재산을 당해 공익법인 등과 동일하거나 유사한 공익법인 등에 귀속시킨 때에는 그 잔여재산에 대하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 그 잔여재산은 그 유사한 공익법인에의 새로운 출연재산이 된다.(재산상속 46014－2156, 1999.12.27.)

(2) 법인세 납세의무 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인은 법인세법상 비영리법인에 해당하며 「법인세법」 제3조 제3항과 같은 법 시행령 제2조에서 한정적으로 열거한 수익사업에서 소득이 발생할 경우에는 법인세 납세의무가 있다.

1) 수익사업에 해당하는지 여부
「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업을 영위하는 비영리 내국법인이 요양보호사교육기관을 운영하면서 수강생들에게 받는 수강료는 수익사업에서 생기는 소득에 해당하여 법인세가 과세된다.(법인세과－406, 2009.4.8.)
또한, 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하지 않는 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이며, 매각 대상 임야가 비사업용 토지에 해당되는 경우에는 토지 등의 양도소득에 대하여는 추가로 법인세를 납부하여야 한다.(법인세과－3108, 2008.10.27.)
반면, 「사회복지사업법」에 의하여 설립된 사회복지법인이 「노인복지법」 제32조 제1항 제3호에서 규정하는 유료양로시설을 설치하고 노인을 입소시켜 급식 기타 일상생활에 필요한 편의를 제공하고 이에 소요되는 비용을 입소자로부터 수납하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제4호의 규정에 의하여 법인세가 과세되지 아니하는 것이나, 별도의 부대시설 등을 운영함으로 인하여 생기는 소득에 대하여는 법인세가 과세된다.(서면인터넷방문상담2팀－931, 2004.5.3.)
한편, 사회복지법인이 영위하는 의료업이 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업에 해당하지 아니하는 경우 ‘비영리법인의 비수익사업’에 해당하지 아니하여 법인세가 과세된다.(서면인터넷방문상담2팀－1651, 2004.8.9.)
또한, 사회복지법인이 운영하는 재활병원의 일반인에 대한 의료수입과 체육관시설을 일반인에게 이용하게 하고 받는 수입은 수익사업에서 발생한 소득에 해당하여 법인세 납세의무가 있다.(법인46012－2403, 1997.9.12.)
2) 사회복지법인이 지정기부금 단체에 해당하는지 여부
「사회복지사업법」에 의해 설립된 사회복지법인에 「법인세법 시행령」 제36조 제3항에서 규정하는 고유목적사업비로 업무와 관련없이 무상으로 지출한 기부금은 기부금특별공제 대상이나, 사회복지법인의 회비, 임원회비, 찬조금이 이에 해당하는지 여부는 사회복지법인의 정관, 구체적인 사업활동 등을 고려하여 판단할 사항이다.(서면인터넷방문상담1팀－775, 2004.6.8.)
한편, 사회복지법인이 아닌 단체가 운영하는 아동복지시설은 지정기부금 단체에 해당되지 아니한다.(서면인터넷방문상담2팀－751, 2006.5.4.) 여기서 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인에 해당 여부는 보건사회부장관으로부터 사회복지법인인가를 받아 설립되었는지 여부에 따라 판단한다.(서면인터넷방문상담2팀－878, 2006.5.18.)

(3) 부가가치세 납세의무 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면세된다. 또한 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록되거나 신고된 비영리단체가 제공하는 교육용역에 대하여 부가가치세가 면세된다.

1) 부가가치세 면세 대상인지 여부
주무관청의 허가를 받아 설립된 사회복지법인이 장애인직업재활시설로 주무관청에 신고된 장애인보호사업장을 운영하면서 직업재활훈련프로그램의 일환으로 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가를 실비로 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다.(법령해석과－2138, 2015.8.31.) 또한 사회복지법인이 노인전문병원에 간병용역을 제공하는 그 대가를 실비로 지급받는 경우에도 부가가치세가 면제된다.(부가가치세과－125, 2014.2.17.)
사회복지법인 ○○재활센타가 장애인의 복지를 위한 재활치료 등 그 고유의 사업목적을 위하여 사회복지시설인 수영장을 장애인과 일반인에게 이용하게 하고 실비 또는 무상으로 그 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다. 다만, 이 경우 일반인으로부터 받는 대가가 실비인지의 여부는 당해 사회복지시설의 운영실태 등을 종합하여 판단하여야 한다.(부가 46015－1786, 2000.7.26.)
2) 매입세액 공제 여부
주무관청에 등록된 종교ㆍ자선ㆍ학술ㆍ구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세가 면제되는 것이며, 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.(부가46015－2542, 1994.12.15.)

(4) 지방세 특례 1) 취득세 감면 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 해당사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세를 2019.12.31.까지 면제(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)하고, 다음에 해당하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다.(「지방세특례제한법」 제22조)

① 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
② 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
③ 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

2) 재산세 및 지역자원시설세 감면 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(건축물의 부속토지 포함)에 대해서는 재산세(재산세 도시지역분 포함) 및 지역자원시설세를 각각 2019년 12월 31일까지 면제(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.

3) 등록면허세 등 감면 설립등기 및 합병등기에 대한 등록면허세와 같은 법에 따른 사회복지시설을 경영하는 자에 대하여 해당 사회복지시설 사업장에 과세되는 주민세 균등분을 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다.
사회복지법인 등이 그 사업에 직접 사용하기 위한 면허에 대해서는 등록면허세를, 사회복지법인 등에 대해서는 대한 주민세 재산분 및 종업원분을 각각 2019년 12월 31일까지 면제한다.

01 어린이집이란?

(1) 정의 및 종류 사회복지시설 중 “어린이집”이란 보호자의 위탁을 받아 영유아(6세 미만 취학 전 아동)를 보육하는 기관을 말하는데 여기서 “보육”이란 영유아를 건강하고 안전하게 보호ㆍ양육하고 영유아의 발달 특성에 맞는 교육을 제공하는 어린이집 및 가정양육 지원에 관한 사회복지서비스를 말한다.(「영유아보육법」 제2조) 한편, “유아”란 만 3세부터 초등학교 취학전까지의 어린이를 말한다. 유치원은 유아의 교육을 위하여 유아교육법에 따라 설립ㆍ운영하는 학교를 말한다.(「유아교육법」 제2조)
어린이집은 그 설치ㆍ운영주체에 따라 다음과 같이 구분한다.(「영유아보육법」 제10조)

종 류	설치ㆍ운영 주체	규모기준	개소현황
국공립 어린이집	국가나 지방자치단체	11～ 300인	3,025
사회복지법인 어린이집	사회복지법인	21～ 300인	1,397
법인ㆍ단체 등 어린이집	비영리 법인ㆍ단체	21～ 300인	791
직장 어린이집	사업주	5～ 300인	1,005
가정 어린이집	개인	5～ 20인	20,093
협동어린이집	조합(보호자, 보육직원 등)	11～ 300	156
민간어린이집	상기 이외의 자	21～ 300	14,184
2017.3월 현재 어린이집 수(보건복지공공데이터)			40,651

국공립어린이집은 국가나 지방자치단체에서 설치ㆍ운영하는 어린이집이다.
직장어린이집은 상시 여성근로자 300명 이상 또는 근로자 500명 이상을 고용하고 있는 사업장의 사업주가 의무적으로 설치하는 어린이집이다.
협동어린이집은 보호자 11명 이상 또는 보호자와 보육교직원을 합하여 11명 이상의 출자로 결성된 영리를 목적으로 하지 아니하는 조합이어야 하는데 「민법」상 조합, 「협동조합기본법」상 사회적 협동조합 등 그 형태와는 무관하다.

(2) 설치 및 운영기준 어린이집의 설치는 허가주의가 아닌 인가주의를 택하고 있다. 따라서 법률이 정한 요건을 갖추면 주무관청은 이를 인가해야 한다. 즉, 허가주의와는 달리 주무관청의 자유재량권이 없으며, 인가요건을 갖추었는데도 이를 인가하지 않으면 행정심판의 대상이 된다. 따라서 국공립어린이집 외의 어린이집을 설치하고자 하는 자가 시설의 설치기준(영유아보육법 제15조, 같은 법 시행규칙 별표1)을 갖추어 소재지를 관할하는 시장･군수 또는 구청장에게 인가신청을 하면, 관할 관청은 결격사유(영유아보육법 §16)에 해당하는지 여부 등 최소한의 법률 요건을 고려하여 인가 여부를 결정해야 한다.
어린이집을 운영하는 자는 「영유아보육법 시행규칙」 제23조에서 정한 ‘어린이집의 운영기준’에 따라 어린이집을 운영해야한다. ‘어린이집의 운영기준’에는 어린이집 입소 및 퇴소에 관한 사항, 반(班) 운영 및 운영시간에 관한 사항, 안전ㆍ급식ㆍ위생ㆍ차량관리에 관한 사항뿐만 아니라 보육료 수납 및 비용지출에 관한 사항, 장부비치에 관한 사항 등을 규정하고 있다. 또한, 어린이집의 원장은 조직ㆍ인사ㆍ급여ㆍ회계ㆍ물품, 그 밖에 시설의 운영관리에 관하여 필요한 규정을 제정ㆍ시행하도록 하고 있다.
한편, 사회복지시설이나 복지관과 마찬가지로 취약보육(脆弱保育)을 우선적으로 실시하여야 하는 어린이집과 부모협동어린이집을 제외한 모든 어린이집은 어린이집운영위원회를 설치ㆍ운영하도록 하고 있다.어린이집운영위원회는 그 어린이집의 원장, 보육교사 대표, 학부모 대표 및 지역사회 인사로 구성되며, 학부모 대표가 2분의 1 이상이 되도록 구성해야 한다. 어린이집운영위원회는 어린이집 운영규정의 제정과 개정에 관한 사항, 예산 및 결산보고에 관한 사항, 보육료 외의 필요경비를 받는 경우 그 수납액 결정에 관한 사항 등을 심의하도록 하고 있으며, 연 4회 이상 개최하고 회의록을 작성하여 보관하도록 하고 있다.

02 어린이집의 회계

어린이집의 재무회계에 관한 사항은 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무･회계규칙」에 따르도록 하고 있다. 따라서 일반적인 사회복지법인이나 사회복지시설의 단식부기에 의한 회계와 거의 동일하게 운영된다. 다만, 어린이집의 회계연도는 매년 3월1일부터 시작하여 다음 연도 2월 말일에 종료가 되며, 세입세출 예산과목도 별도로 규정되어 있으며, 예산에 첨부하는 서류와 결산에 첨부하는 서류 등도 별도로 규정되어 있고, 회계연도가 2월말에 종료되므로 5월말까지 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하도록 하고 있다. 또한 보육료의 결정과 수납, 필요경비의 결정 및 수납 등에 대하여도 별도로 규정하고 있는데 이에 대한 중요한 사항은 다음과 같다.

① 어린이집의 모든 수입 및 지출 관리는 어린이집 명의로 된 통장을 통해서만 하여야 한다. 어린이집 통장은 국고보조금 통장과 보조금 이외의 관리통장을 구분하여 개설ㆍ사용하고 보육교직원들에게 원천징수한 사회보장금과 세금을 보관할 수 있는 어린이집명의의 세입ㆍ세출 외 통장(예수금 통장)과 감가상각비 적립금 및 일시 운영차입금 등 필요시 어린이집 명의의 별도 통장을 개설가능하다.
② 수입과 지출 행위 시에는 수입ㆍ지출 결의를 한 후 현금출납부, 총계정원장에 기록하고 청구서, 영수증, 지급내역서 등 관련근거 서류를 반드시 첨부하여야 하며, 어린이집을 운영하면서 생기는 보육료 수입 잉여금은 보육교직원 보수 상향지급, 보육교직원 성과급 지급, 교재교구 구입, 어린이집 환경개선에 균형 있게 사용하도록 하고 있다.

③ 어린이집은 매월 보조금을 신청할 때 보육통합정보시스템(CIS)에서 정한 형태와 내용에 따라 하여야 하며, 재무회계 관련 자료를 입력 및 전송할 때에도 수입과 지출 항목 등을 동 시스템에서 요구하는 바에 따라 시행하여야 한다.

< 어린이집의 재무회계 절차 요약 >

구분	예산편성	예산집행		결산
원칙	모든 세입과 세출은 예산에 포함	예산의 목적 외 사용금지/예산의 전용 수입ㆍ지출의 관리는 예금통장에 의해 행한다.		세출예산의 이월
관련서류	사업계획서 세입ㆍ세출예산서 준예산 추가경정예산	<장부> 현금출납부 총계정원장 봉급대장 보육료대장	<증빙> 계좌입금증빙서류 수입지출결의서 반납결의서 과목전용조서	결산총괄 세입ㆍ세출결산서 연도말 잔액증명 퇴직금적립통장사본과 잔액증명

④ 보육료의 결정은 어린이집 원장이 시ㆍ도지사가 정한 보육료의 수납한도액 범위 내에서 보호자와 협의하여 결정하고, 이를 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하도록 하고 있다. 보육료 수납은 무통장입금 또는 통장 자동이체, 계좌이체, 지로, 신용카드(아이행복카드 포함)등을 이용하여야 하며, 현금수납은 원칙적으로 불가능하나 불가피한 경우 7일 이내에 어린이집 관리통장에 아동명의로 무통장 입금하고 입금증 원본을 보관해야 한다.
⑤ 지출할 때에는 세금계산서, 카드결제영수증, 현금영수증(현금결제) 등 관련 증빙 서류를 첨부해야하며, 어린이집에 지원되는 국가 또는 지방자치단체의 보조금 지원은 보조금 전용카드나 보조금 전용계좌를 이용하고, 기타 지출은 어린이집 전용 신용(체크)카드, 계좌입금으로 해야 한다.
⑥ 보육료에 포함되지 않는 현물의 구입비용과 통상적인 보육프로그램에 속하지 아니하는 입학준비금(상해보험료, 피복류구입비), 특별활동비, 현장학습비, 차량운행비, 행사비, 아침ㆍ저녁급식비, 기타 시ㆍ도 특성화 비용 등에 드는 실비 성격의 필요경비도 시ㆍ도지사가 정한 수납한도액의 범위 내에서 어린이집 운영위원회에서 필요경비 항목별 수납액을 정하고 이를 보육통합정보시스템을 통하여 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하도록 하고 있다.

03 어린이집의 세무

(1) 상속세 및 증여세 납세의무 「영유아보육법」에 의해 설치된 어린이집은 「사회복지사업법」에 규정한 사회복지사업에 해당한다. 따라서 사회복지법인이 운영하는 경우에는 공익법인의 범위에 속해 납세의무가 없는 것으로 보아야 한다. 기타 비영리법인이나 단체 또는 조합이 운영하는 경우에는 사회복지시설의 경우와 마찬가지로 그 설치 및 운영주체에 따라 상속세 및 증여세 납세의무가 달라질 수 있다.

(2) 법인세 납세의무 영유아보육법에 따른 어린이집에서 제공하는 사회복지사업은 법인세법에서 규정하는 수익사업 중 사업소득의 범위에서 제외된다.(「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제4호 아목) 따라서 어린이집은 이자소득과 배당소득, 고정자산처분이익 등 일시 우발적 소득에 대해서만 법인세 납세의무가 있다.

(3) 부가가치세 납세의무 영유아보육법에 따라 설치된 어린이집이 제공하는 보육용역은 부가가치세법 시행령 제36조의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 교육용역에 속한다. 또한 특별활동비, 입학준비금, 현장학습비, 차량운행비, 아침ㆍ저녁급식비 등의 세입예산과목 중 수익자부담수입은 어린이집이 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역으로 보아 부가가치세가 면세되는 것으로 보아야 한다.(「부가가치세법 시행령」 제45조 제1호) 따라서 관련 매입세액은 불공제 된다. 한편, 주무관청에 설치 미신고 또는 미인가 어린이집의 경우 제공하는 보육용역은 부가가치세가 과세되는 것으로 보아 한다.

1) 직장보육시설의 매입세액공제 여부
영유아보육법에 의한 보육시설을 주무관청으로부터 설립허가 등을 받아 직장보육시설을 설치하고 보육용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이며, 이 경우 당해 사업과 관련된 매입세액은 공제되지 않는다.(서면인터넷방문상담3팀－1704, 2005.10.6.)
2) 공동주택 내 어린이집 임대용역의 부가가치세 면세
「공동주택관리법」 제18조 제2항에 따른 관리규약에 따라 같은 법 제2조 제1항 제10호에 따른 관리주체 또는 같은 법 제2조 제1항 제8호에 따른 입주자대표회의가 제공하는 「주택법」 제2조 제14호에 따른 복리시설인 공동주택 어린이집의 임대 용역은 부가가치세가 면제된다.(부가가치세법 제26조 제1항 제13호) 한편, 2011.12.31. 이전에 같은 공동주택 어린이집의 임대용역을 제공한 것에 대하여 「국세기본법」 제45조의 2에 따른 경정 등의 청구에 따라 2012.1.1. 이후 결정ㆍ경정하는 경우 2011.12.31.에 개정된 「부가가치세법」 제11129호 부칙 제3조에 따라 부가가치세가 면제된다.(부가가치세과－261, 2013. 03.22.)

(4) 원장과 보육교사에 대한 근로소득세 원천징수 법인으로 보는 단체외의 단체에 해당하는 보육시설(「영유아보육법」 제10조에 따른 가정보육시설, 부모협동보육시설, 민간보육시설을 포함함)이 해당 어린이집 원장에게 지급하는 급여는 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득에 해당하는 것으로 매월 급여를 지급할 때 근로소득세를 원천징수하여야 한다.(원천세과-286, 2010.04.02)

한편, 영유아보육법에 따른 어린이집의 보육교사가 국가ㆍ지방자치단체로부터 처우개선 목적으로 지급받는 금원(누리과정수당 등)은 「소득세법 시행령」 제12조 제13호 가목에 따른 실비변상적인 급여에 해당하여 비과세되는 것이고, 당해 실비변상적인 급여는 「소득세법」 제164조에 따라 지급명세서를 제출하여야 한다.(원천세과－542, 2013.11.13)

(5) 지방세 과세특례 「영유아보육법」에 따른 어린이집을 설치ㆍ운영하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2018년 12월 31일까지 면제(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)한다.
(「지방세특례제한법」 제19조).
또한 해당 부동산 소유자가 과세기준일 현재 어린이집에 직접 사용하는 부동산 또는 과세기준일 현재 유치원등에 사용하는 부동산으로서 해당 부동산 소유자와 사용자의 관계 등을 고려하여 다음의 부동산에 대한 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다)를 2018년 12월 31일까지 면제(지방세 감면특례의 제한으로 85%까지만 면제됨)한다.(「지방세특례제한법 시행령」 제19조)

① 해당 부동산의 소유자가 해당 부동산을 영유아어린이집으로 사용하는 자(이하 “사용자”라 한다)의 배우자 또는 직계혈족으로서 그 운영에 직접 종사하는 경우의 해당 부동산
② 해당 부동산의 사용자가 그 배우자 또는 직계혈족과 공동으로 해당 부동산을 소유하는 경우의 해당 부동산
③ 해당 부동산의 소유자가 종교단체이면서 사용자가 해당 종교단체의 대표자이거나 종교법인인 경우의 해당 부동산

01 장기요양기관이란

(1) 정의 및 종류 장기요양보험료(2018.1.1. 기준 국민건강보험료의 7.38%, 노인장기요양법 시행령 §4), 국가 및 지방자치단체의 부담금 등을 재원으로 하여 노인(65세 이상 또는 65세 미만이면서 치매 등 노인성 질병을 가진 자) 등에게 ‘장기요양급여’를 제공하는 기관을 장기요양기관이라고 한다. 여기서 ‘장기요양급여’란 6개월 이상 동안 혼자서 일상생활을 수행하기 어렵다고 인정되는 자에게 신체활동ㆍ가사활동의 지원 또는 간병 등의 서비스나 이에 갈음하여 지급하는 현금 등으로 그 종류는 다음과 같다.(「노인장기요양보험법」 제23조) 이 중 장기요양기관이 제공할 수 있는 장기요양급여는 재가급여와 시설급여로 한정한다. 장기요양기관은 2017년 9월 현재 총 20,192개가 운영 중이다.

1. 재가급여
가. 방문요양：장기요양요원이 수급자의 가정 등을 방문하여 신체활동 및 가사활동 등을 지원하는 장기요양급여
나. 방문목욕：장기요양요원이 목욕설비를 갖춘 장비를 이용하여 수급자의 가정 등을 방문하여 목욕을 제공하는 장기요양급여
다. 방문간호：장기요양요원인 간호사 등이 의사, 한의사 또는 치과의사의 지시서(이하 “방문간호지시서”라 한다)에 따라 수급자의 가정 등을 방문하여 간호, 진료의 보조, 요양에 관한 상담 또는 구강위생 등을 제공하는 장기요양급여
라. 주ㆍ야간보호：수급자를 하루 중 일정한 시간 동안 장기요양기관에 보호하여 신체활동 지원 및 심신기능의 유지ㆍ향상을 위한 교육ㆍ훈련 등을 제공하는 장기요양급여
마. 단기보호：수급자를 보건복지「부가가치세법 시행령」으로 정하는 범위 안에서 일정 기간 동안 장기요양기관에 보호하여 신체활동 지원 및 심신기능의 유지ㆍ향상을 위한 교육ㆍ훈련 등을 제공하는 장기요양급여
바. 기타재가급여：수급자의 일상생활ㆍ신체활동 지원 및 인지기능의 유지ㆍ향상에 필요한 용구를 제공하거나 가정을 방문하여 재활에 관한 지원 등을 제공하는 장기요양급여로서 대통령령으로 정하는 것
2. 시설급여
장기요양기관이 운영하는 「노인복지법」 제34조에 따른 노인의료복지시설 등에 장기간 동안 입소하여 신체활동 지원 및 심신기능의 유지ㆍ향상을 위한 교육ㆍ훈련 등을 제공하는 장기요양급여
3. 특별현금급여
가. 가족요양비：제24조에 따라 지급하는 가족장기요양급여
나. 특례요양비：제25조에 따라 지급하는 특례장기요양급여
다. 요양병원간병비：제26조에 따라 지급하는 요양병원장기요양급여

한편, 장기요양급여 중 재가급여와 시설급여를 제공할 수 있는 장기요양기관의 종류는 다음과 같다.(「노인장기요양보험법」 제23조 제2항, 같은 법 시행령 제10조)

1. 재가급여를 제공할 수 있는 장기요양기관
가. 「노인복지법」 제38조에 따른 재가노인복지시설로서 법 제31조에 따라 지정받은 장기요양기관
나. 법 제32조에 따라 설치한 재가장기요양기관
2. 시설급여를 제공할 수 있는 장기요양기관
가. 「노인복지법」 제34조 제1항 제1호에 따른 노인요양시설로서 법 제31조에 따라 지정받은 장기요양기관
나. 「노인복지법」 제34조 제1항 제2호에 따른 노인요양공동생활가정으로서 법 제31조에 따라 지정받은 장기요양기관

(2) 지정 및 설치기준 「노인복지법」에 따른 노인복지시설 중 노인의료복지시설과 재가노인복지시설이 장기요양기관을 설치ㆍ운영하고자 하는 경우에는 소재지를 관할 구역으로 하는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 장기요양에 필요한 시설 및 인력을 갖추고 지정을 받아야 한다.(「노인장기요양보험법」 제31조)
재가급여 중 어느 하나 이상에 해당하는 장기요양급여를 제공하고자 하는 자는 필요한 시설 및 인력을 갖추어 재가장기요양기관을 설치하고 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 이를 신고하여야 한다.(「노인장기요양보험법」 제32조)

구분	시설의 종류		시설설치 근거법률	장기요양급여
제31조 지정	노인의료 복지시설	노인요양시설	노인복지법	시설급여 제공
	노인의료 복지시설	노인요양공동생활가정		시설급여 제공
	재가노인복지시설			재가급여 제공
제32조 지정의제	재가장기요양기관		노인장기요양보험법	재가급여 제공

다음 중 어느 하나에 해당하는 자는 장기요양기관으로 지정받거나 재가요양기관의 설치신고를 할 수 없다.
① 미성년자, 피성년후견인 또는 피한정후견인
② 「정신보건법」 제3조 제1호의 정신질환자
③ 「마약류 관리에 관한 법률」 제2조 제1호의 마약류에 중독된 사람
④ 파산선고를 받고 복권되지 아니한 사람
⑤ 금고 이상의 실형을 선고받고 그 집행이 종료(집행이 종료된 것으로 보는 경우 포함)되거나 집행이 면제된 날부터 5년이 경과되지 아니한 사람
⑥ 금고 이상의 형의 집행유예를 선고받고 그 유예기간 중에 있는 사람
⑦ 대표자가 제1호부터 제6호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 법인

(3) 장기요양기관의 운영 장기요양급여 수급자는 장기요양인정서에 적힌 장기요양등급, 장기요양인정 유효기간과 급여종류 및 내용에 따라 적절한 장기요양기관을 선택하여 장기요양급여계약을 체결한 후 장기요양급여를 이용할 수 있다.
장기요양기관은 수급자로부터 장기요양급여신청을 받은 때 장기요양급여의 제공을 거부하여서는 아니 되며, 장기요양급여를 제공한 후에는 수급자에게 장기요양급여비용 명세서를 교부하여야 한다. 동 명세서에는 본인부담금과 공단부담분을 구분한 급여항목과 전액 본인부담분인 비급여항목(실재료비, 상급침실 이용에 따은 추가비용, 이미용비용 등)을 구분하도록 되어 있다.
장기요양기관의 장은 다음의 장기요양급여 제공에 관한 자료를 기록ㆍ관리하고 장기요양급여가 종료된 날로부터 5년간 보존하여야 한다. 장기요양기관의 장 및 그 종사자는 장기요양급여 제공에 관한 자료를 거짓으로 작성하여서는 아니 된다.

1. 장기요양 급여계약에 관한 서류
2. 장기요양급여비용 청구서 및 장기요양급여비용 청구명세서
3. 장기요양급여제공기록지 등 장기요양급여비용의 산정에 필요한 서류 및 이를 증명하는 서류
4. 방문간호지시서
5. 장기요양급여비용 명세서 부본

한편, 장기요양기관은 영리를 목적으로 수급자가 부담하는 재가 및 시설 급여비용(이하 “본인일부부담금”이라 함)을 면제하거나 감경하는 행위를 하여서는 아니 된다.
또한, 누구든지 영리를 목적으로 금전, 물품, 노무, 향응, 그 밖의 이익을 제공하거나 제공할 것을 약속하는 방법으로 수급자를 장기요양기관에 소개, 알선 또는 유인하는 행위 및 이를 조장하는 행위를 하여서는 아니 된다.
장기요양기관은 「장기요양급여 제공기준 및 급여비용 산정방법 등에 관한 고시」(보건복지부 고시 제2018－6호, 2018.1.12.)에 따라 수급자에게 장기요양급여 서비스를 제공하고 공단으로부터 공단급여비용을 받고 수급자로부터 본인부담금을 받아 사무비 및 사업비 등으로 사용한다.

02 장기요양기관의 회계

장기요양기관 중 「사회복지사업법」 제34조에 따라 설치한 사회복지시설은 같은 조 제3항에 따른 재무ㆍ회계에 관한 기준에 따른다. 따라서 「노인장기요양보험법」 제31조의 규정에 따라 지정된 장기요양기관은 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」에 따라 회계처리하면 된다.
다만, 「노인장기요양보험법」 제32조의 규정에 따른 재가장기요양기관은 「장기요양기관 재무ㆍ회계규칙」에 따라 회계처리하도록 하고 있다.(「노인장기요양보험법」 제35조의 2)

(1) 사회복지법인ㆍ사회복지시설 재무ㆍ회계규칙 적용 사회복지법인ㆍ사회복지시설의 재무회계ㆍ규칙을 적용하는 장기요양기관은 사회복지시설에 준하여 회계처리 및 물품관리, 계약, 후원금관리 등을 적용하면 된다. 다만, 다음의 계정과목은 장기요양기관의 특성을 반영한 것이기 때문에 추가로 설명하도록 한다.

1) 입소자부담금수입과 요양급여수입

① 본인부담금수입：장기요양기관 급여 중 본인이 부담하는 비용으로 생활시설은 20%, 재가시설은 15%이며, 이를 위반할 경우 1차(업무정지 1개월), 2차(업무정지 3개월), 3차(지정취소 또는 폐쇄)의 행정처분을 받게 된다.
② 식재료비수입：식재료비 수납비용으로 규정하고 있기 때문에 “식재료비수입”목으로 수입결의서를 작성하여 세입처리를 한 후 식재료비 용도에 맞게 세출처리하고 지출결의서를 작성하여 사용한다.
③ 상급침실이용료：1인실, 2인실에서 수납이 가능하며 수납 비용 범위와 사용용도에 대한 제한 규정은 없으며, “상급침실이용료”목으로 수입결의서를 작성하여 세입처리 후 세출예산에 편성하여 사용하면 된다.
④ 요양급여수입：국민건강보험공단으로부터 입소자에게 제공한 서비스에 대해 받는 수입

2) 이월금과 잡수입

① 전년도이월금(식재료비)：전년도에 식재료비수입으로 받은 금액 중 발생한 불용액의 경우 다음 회기 예산에서 “전년도이월금(식재료비)”으로 세입처리 하여야 하며 식재료비수입의 목적에 맞게 사용하여야 한다.
② 기타잡수입 목의 세목으로 ‘직원식재료수입’ 과목을 생성하여 사용한다.

3) 인건비 사용기준 장기요양기관의 급여유형별 인건비 지급 권장 수준은 다음 표와 같다. 이 때 인건비 비율이란 장기요양기관이 종사자에게 지급하는 인건비가 장기요양 급여비용 총액에서 차지하는 비율을 말한다.(「장기요양급여 제공기준 및 급여비용 산정방법 등에 관한 고시」, 제11조의 2」, 2018.1.12. 개정) 장기요양 급여비용 총액은 공단급여비용과 수급자 본인부담금의 합계액을 말하고, 인건비는 지급하는 급여, 수당과 처우개선비, 사회보험부담금 및 퇴직적립금을 포함한다.

구 분	노인요양시설	노인요양공동생활가정	주야간보호	단기보호	방문요양	방문목욕	방문간호
종사자	간호(조무)사, 요양보호사, 사회복지사, 물리(작업)치료사 의사	간호(조무)사 또는 물리(작업)치료사, 요양보호사	간호(조무)사 또는 물리(작업)치료사, 요양보호사, 사회복지사	간호(조무)사, 요양보호사, 사회복지사	요양보호사	요양보호사	간호(조무)사
인건비 비율(%)	59.6	63.3	47.5	57.9	86.4	49.1	58.8

인건비를 지급할 수 있는 범위는 시설에서 근무하는 직원으로 한정하고 있기 때문에 장기요양시설의 대표자 등 근무하지 않는 사람에게는 인건비를 지급할 수 없다.

4) 사무비와 사업비

① 기타운영비：사무비－운영비로 분류되지 않는 경비로 차량리스로 사용하는 경우, 법적으로 임대가 가능한 노인요양공동생활가정의 건물임대료 등을 포함한다.
② 생계비：이용자에게서 수납하는 “식재료비수입” “직원들에게 수납하는 식비”를 모두 생계비로 예산 편성되어 있어야 한다.

5) 전출금

① 잉여금의 법인 전출：장기요양기간의 잉여금은 장기요양기관으로 지정된 노인복지시설이 시설 전체 세입에서 제반 운영비 등을 지출(반드시 운영충당적립금 및 시설환경개선준비금까지 적립하여야 할 것임)하고 남은 잔액을 말한다. 이 잉여금에 대하여는 사회복지법인 재무회계규칙 시설회계 세출예산과목 중 “법인 회계로의전출금” 목계정으로 전출이 가능하나, 동 전출금에 대한 지출은 이사회의 의결을 통하되, 법인 정관에서 정한 목적사업 중 장기요양기관 인프라 확충ㆍ운영 및 노인복지사업에 한하여 지출해야한다.
② 병설기관전출금：재가장기요양기관에 대한 회계는 시설회계에 준하여 별도 관리하되, 수익금은 母시설의 세입으로 전입시킬 수 있다.

6) 적립금과 준비금

① 운영충당적립금：기관 운영에 필요한 사항 중 상당한 지출이 소요되는 등 적립하지 않을 경우 기관의 안정적 운영에 영향을 미칠 수 있는 사항에 대하여, 2년 또는 그 이상의 기간 동안 일정부분을 사전에 적립하여 사유 발생 시 이의 해결을 위한 비용으로 지출하고자 적립하는 것인 바, 적립하지 않을 경우 타 세출예산 과목으로 당해 연도 지출이 힘든 항목을 당해 연도 인건비 및 운영비 등에 영향을 미치지 않는 범위 내에서 적립하는 것으로 적립된 예산은 반드시 적립목적에 맞게 지출해야 한다.
② 환경개선준비금：시설 개ㆍ보수, 내ㆍ외부 도색 등 시설의 환경개선사업을 목적으로, 2년 또는 그 이상의 기간 동안 일정부분을 사전에 적립하여 당해 목적에 사용하는 적립금으로 적립된 예산은 반드시 적립 목적에 맞게 지출하여야 하며, 시설환경개선준비금 적립으로 인하여 당해연도 인건비 및 운영비 등에 영향을 미치지 않는 범위 내에서 적립하여야 한다.
③ 운영충당적립금과 환경개선준비금의 관리：
－세출처리 후 이를 각각 특별회계로 관리하고, 적립금의 적립 및 사용 계획(변경된 계획을 포함한다)을 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 사전에 보고하여야 한다.
－원금손실(조기 해지 시 제외)이 발생하지 않는 저축을 목적으로 하는 상품으로 하되, 당초 적립목적에 해당되는 사유발생시 현금화가 가능하여야 한다.
－저축을 목적으로 하는 보험 상품의 경우 상품의 특성상 피보험자를 자연인으로 하여야 하므로 피보험자는 법인의 대표자(설치자)로 하되, 자연인인 대표자에게는 상품과 관련하여 어떠한 혜택이 돌아가서는 안 되도록 해야 한다.
－적립금은 그 적립목적에만 사용하여야 한다.
－시장ㆍ군수ㆍ구청장은 법인 및 시설의 재정 상태 등을 고려하여 적립금의 적립 여부, 규모 및 적립기간 등에 관하여 필요한 조치를 할 수 있다.

(2) 장기요양기관 재무ㆍ회계기준 장기요양기관 중 「사회복지사업법」 제34조에 따라 설치한 사회복지시설은 같은 조 제3항에 따른 재무ㆍ회계에 관한 기준에 따르고, 재가장기요양기관의 재무ㆍ회계에 관한 기준은 보건복지부장관이 정하는 장기요양기관 재무ㆍ회계기준에 따르도록 규정하고 있다.(「노인장기요양보험법」 재35조의 2) 따라서 2018년 3월 30일에 공포된 「장기요양기관 재무ㆍ회계 규칙」의 주요 내용은 다음과 같다.

① 사회보장정보시스템(행복e음)을 활용한 재무ㆍ회계업무
본예산과 추경예산을 편성하여 제출할 경우 또는 결산서 및 장부를 제출할 경우에 사회보장정보시스템(이하 “정보시스템”이라 함)을 활용하여 게시하도록 하고 있음.
② 예산에 관한 사항
1) 세입과 세출을 모두 예산에 계상토록 하고, 세출 예산이 정한 목적 외에는 사용치 못하게 규정함.(예산총계주의와 목적외 사용금지의 원칙)
2) 편성된 예산을 매 회계연도 5일전까지 정해진 예산 서류(세입ㆍ세출명세서와 임직원보수일람표)를 첨부하여 정보시스템으로 제출하도록 함.
3) 예산외 지출 또는 예산 초과지출에 충당할 수 있도록 예비비 편성을 허용함.
4) 본예산, 추가경정예산, 예산전용시 장기요양급여비용 중 그 일부를 보건복지부장관이 정하여 고시하는 비율에 따라 인건비로 편성하도록 함.
5) 특정목적사업을 위한 적립금을 적립할 경우 적립 및 사용에 관한 계획을 지방자치단체의 장에게 사전 보고하도록 하고, 동 특정목적으로 만 사용하도록 함.
③ 회계 및 결산에 관한 사항
1) 결산보고서(세입ㆍ세출결산보고서 및 첨부서류)를 작성하여 다음연도 3월 31일까지 지방자치단체의 장에게 제출하고, 그 날부터 20일 이내에 정보시스템에 게시하도록 함.
2) 회계연도는 1월1일부터 12월 31일까지로 하고, 수입과 지출은 발생주의에 따라 연도소속 구분하며, 단식부기를 원칙으로 장기요양급여의 종류별로 구분회계하도록 함.
3) 회계장부는 현금출납부와 총계정원장을 갖추도록 하고, 매년 7월 15일까지 관할 지방자치단체에 정보시스템을 활용하여 제출하도록 함.
4) 수입금의 수납한 수입원은 수납일 다음 날까지 금융기관에 입금하도록 하며, 지출은 소액 경비를 제외하고하는 예금통장이나 신용카드를 사용하는 것을 원칙으로 함.
④ 후원금 관리에 관한 사항
1) 후원금의 수입 및 사용결과 보고서를 결산보고서 제출시 함께 제출하고, 정보시스템에 게시하도록 함.
2) 후원금의 수납과 사용은 후원금 전용계좌로 하며, 후원금 영수증을 발급하고, 그 발급 목록을 구비하도록 함.
3) 지정후원금을 지정된 용도로 사용하며, 비지정 후원금에 대한 사용기준은 보건복지부 장관이 별도로 정함.

03 장기요양기관의 세무

(1) 상속세 및 증여세 납세의무 「사회복지사업법」에 규정한 사회복지시설이 운영하는 장기요양기관은 사회복지사업에 해당한다. 따라서 사회복지법인이 운영하는 경우에는 공익법인의 범위에 속해 납세의무가 없는 것으로 보아야 한다. 기타 비영리법인이나 단체 또는 조합이 운영하는 경우에는 사회복지시설의 경우와 마찬가지로 그 설치 및 운영주체에 따라 상속세 및 증여세 납세의무가 달라질 수 있다.

(2) 법인세 납세의무 「노인장기요양보험법」에 따른 장기요양기관에서 제공하는 사회복지사업은 법인세법에서 규정하는 수익사업 중 사업소득의 범위에서 제외된다.(「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제4호 마목) 따라서 장기요양기관에서는 이자소득과 배당소득, 고정자산처분이익 등 일시 우발적 소득에 대해서만 법인세 납세의무가 있다.

(3) 부가가치세 납세의무 「노인장기요양보험법」 제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 제공하는 신체활동ㆍ가사활동의 지원 또는 간병 등의 용역은 「부가가치세법 시행령」 제35조 제14호의 규정에 따라 부가가치세가 면세되는 의료보건용역에 속한다.
한편, 사업자가 「노인장기요양보험법」 제23조 제1항 제1호 바목에 따른 수급자의 일상생활ㆍ신체활동 지원에 필요한 용구로서 보건복지부장관이 정하여 고시하는 것(이하 “복지용구”라 함)을 장기요양인정을 받은 자에게 공급하는 경우, 해당 복지용구 중 「조세특례제한법 시행령」 제105조 각 호에 열거된 품목의 공급에 대하여는 영세율을 적용하는 것이나, 열거되지 아니한 품목의 공급에 대해서는 「부가가치세법」 제30조에 따른 세율(10%)을 적용한다.(서면법규과－1122, 2013.10.15.)
「노인장기요양보험법」 제2조 제4호에 따른 장기요양기관이 같은 법에 따라 장기요양인정을 받은 자에게 신체활동ㆍ가사활동의 지원 또는 간병을 위해 복지용구를 대여하는 경우, 동 대여 용역에 대해서는 부가가치세가 면제되는 것이고, 장애인용 물품으로 수입되는 재화로서 수입 후 「노인장기요양보험법」에 따라 복지용구로 공급될 경우, 동 물품이 「관세법 시행규칙」 별표 2에서 규정하는 물품에 해당하는 경우에는 수입시 부가가치세가 면제되는 것이다.(부가가치세과－5034, 2008.12.29.)

(4) 원장과 요양보호사에 대한 근로소득세 원천징수 1) 대표자가 인건비 명목으로 받는 금원의 소득구분 재가장기요양기관은 법인뿐 만 아니라 개인이나 법인격 없는 단체도 설치하여 운영할 수 있다. 이 경우 거주자로 보는 법인격 없는 단체인 「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관의 대표자가 2013.1.1. 이후 인건비 명목으로 지급받는 금전은 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득으로 본다.(서면법규과－392, 2013.04.08)

2) 요양보호사가 받는 대가의 소득구분 「노인장기요양보험법」 제32조에 따라 재가장기요양기관을 설치한 자가 방문요양, 방문목욕, 방문간호 등 장기요양사업을 영위하기 위하여 같은 법 시행규칙 [별표1]에 따라 요양보호사 자격보유자와 근로계약을 체결하고 당해 요양보호사에게 지급하는 대가는 「소득세법」 제20조에 따른 근로소득에 해당하는 것이다.(소득세과－1323, 2009. 9.1.) 한편, 「장기요양급여 제공기준 및 급여비용 산정방법 등에 관한 고시」 제11조에 따라 요양보호사에 지급되는 처우개선비에 대하여는 「영유아보호법」에 따른 어린이집 보육교사가 지급받는 처우개선비와는 다르게 소득세법에 실비변상적인 급여로 규정하고 있지 않으므로 근로소득으로 보아 원천징수해야 할 것으로 보인다.

3) 소득구분 거주자가 고용관계나 이와 유사한 계약에 의하여 근로를 제공하고 지급받은 대가는 「소득세법」 제20조 제1항 제1호의 규정에 의한 근로소득에 해당하고, 고용관계 없이 독립된 자격으로 계속적으로 용역을 제공하고 일의 성과에 따라 지급받는 수당ㆍ기타 유사한 성질의 금액은 같은 법 제19조 제1항 제15호의 규정에 의하여 사업소득에 해당하는 것이며, 일시적으로 용역을 제공하고 지급받는 수당ㆍ기타 유사한 성질의 금액은 같은 법 제21조 제1항 제19호의 규정에 의한 기타소득에 해당한다. 또한 기타소득금액으로서 그 금액이 연 300만원 이하인 경우에는 거주자의 선택에 따라 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니할 수 있다.(제도 46011－12207, 2001.07.18.)

(5) 장기요양기관이 지정기부금단체에 해당하는지 여부 「법인세법시행령」 제36조의 규정에 의한 지정기부금 대상단체는 동 규정에서 열거하고 있는 바와 같이 「사회복지사업법」에 의한 사회복지법인에 고유목적사업비로 지출하는 기부금 단체에 한하여 적용하는 것으로 해당 단체가 이에 해당하는지 여부는 동 단체의 정관상 고유목적사업, 실질운영내용, 정부의 인가 또는 허가 여부 등에 따라 사실판단할 사항이다.(서면－2015－법인－1752 [법인세과－908], 2016.04.14.)
한편, 「노인복지법」 제31조에 따른 노인복지시설 중 다음의 시설을 제외한 시설 중 무료 또는 실비로 이용할 수 있는 기관은 지정기부금단체에 속한다.(「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제4호 나목)

① 「노인복지법」 제32조 제1항에 따른 노인주거복지시설 중 입소자 본인이 입소비용의 전부를 부담하는 양로시설ㆍ노인공동생활가정 및 노인복지주택
② 「노인복지법」 제34조 제1항에 따른 노인의료복지시설 중 입소자 본인이 입소비용의 전부를 부담하는 노인요양시설ㆍ노인요양공동생활가정 및 노인전문병원
③ 「노인복지법」 제38조에 따른 재가노인복지시설 중 이용자 본인이 재가복지서비스에 대한 이용대가를 전부 부담하는 시설

「노인장기요양보험법」 제32조에 따른 재가장기요양기관 중 무료 또는 실비로 이용할 수 있는 기관은 지정기부금단체에 속한다.(「법인세법 시행령」 제36조 제1항 제4호 차목) 그런데 이 규정은 이 영 시행일(2011.3.31.)이 속하는 사업연도에 기부하는 기부금부터 적용한다.(대통령령 제22812호 부칙)

01 의료기관이란?

(1) 정의 및 요건 의료기관이란 의료인(보건복지부장관의 면허를 받은 의사ㆍ치과의사ㆍ한의사ㆍ조산사 및 간호사 등을 말함)이 공중(公衆) 또는 특정 다수인을 위하여 의료ㆍ조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말하는 것으로 다음과 같이 구분한다.(「의료법」 제3조)

구 분	내 용	종 류
병원급 의료기관	주로 입원환자를 대상으로 의료행위를 하는 의료기관	병원, 치과병원, 한방병원, 요양병원, 종합병원
의원급 의료기관	주로 외래환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관	의원, 치과의원, 한의원
조산원	조산사가 조산과 임부ㆍ해산부ㆍ산욕부 및 신생아를 대상으로 보건활동과 교육ㆍ상담을 하는 의료기관	-

병원이나 한방병원은 30개 이상의 병상을, 요양병원은 30개 이상의 요양병상을 갖추어야 한다.(「의료법」 제3조의 2) 종합병원은 100개 이상 병상을 갖추고 다음의 필수진료과목과 전문의를 두어야 한다.(「의료법」 제3조의 3)

① 100병상 이상 300병상 이하인 경우에는 내과ㆍ외과ㆍ소아청소년과ㆍ산부인과 중 3개 진료과목, 영상의학과, 마취통증의학과와 진단검사의학과 또는 병리과를 포함한 7개 이상의 진료과목.
② 300병상을 초과하는 경우에는 내과, 외과, 소아청소년과, 산부인과, 영상의학과, 마취통증의학과, 진단검사의학과 또는 병리과, 정신건강의학과 및 치과를 포함한 9개 이상의 진료과목

(2) 의료기관의 개설 응급환자를 진료하는 경우 등 특별한 경우가 아니면 의료업은 의료기관 내에서만 해야 한다. 의료기관은 「의료법」 제33조 제2항의 규정에 따라 다음 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 개설할 수 없다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사
2. 국가나 지방자치단체
3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 “의료법인”)
4. 「민법」이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인
5. 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관, 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원, 「한국보훈복지의료공단법」에 따른 한국보훈복지의료공단

의원급 의료기관은 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 하며, 병원급 의료기관은 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다. 의료법인 및 비영리법인(이하 “의료법인등”이라 함)이 의료기관을 개설하려면 그 법인의 정관에 개설하고자 하는 의료기관의 소재지를 기재하여 정관의 변경허가를 얻어야 하고 의료법인등을 설립할 때에는 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.
의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에 필요한 시설이나 시설을 갖추는 데에 필요한 자금을 보유하여야 하며, 기본재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시ㆍ도지사의 허가를 받아야 한다.
기타 의료법인의 운영 등에 관하여 「의료법」에 규정된 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다.
의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다른 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 하고, 의료기관의 소재지를 관할하는 시ㆍ도지사에게 신고하여야 한다.

02 의료기관의 회계

의료기관 개설자는 의료기관 회계를 투명하게 하도록 노력하여야 한다. 병원의 직전 회계연도의 종료일 기준으로 100병상 이상의 종합병원 개설자는 회계를 투명하게 하기위하여 보건복지부령이 정하는 「의료기관 회계기준 규칙」(보건복지부령 제384호, 이하 "규칙"이라 함)과 「재무제표 세부 작성방법」(보건복지부고시 제2016－206호, 이하 "고시라" 함)을 지켜야 한다.(「의료법」 제62조)
또한, 매 회계연도 종료일로부터 3월 이내에 결산서(재무제표와 그 부속명세서)를 보건복지부장관에게 제출해야 하고, 재무상태표와 손익계산서는 보건복지부장관이 정하는 인터넷사이트(HAS System：Hospital Accounting System)에 공시해야 한다. 다음은 규칙 및 고시의 주요 내용이다.

(1) 회계의 일반원칙 1) 구분회계 병원의 개설자가 비영리법인이거나 의료법인인 경우 법인회계와 병원회계는 이를 구분하여야 하고, 동 법인이 2 이상의 병원을 설치ㆍ운영하는 경우에는 각 병원마다 회계를 구분하여야 한다.

2) 회계연도 회계연도는 정부의 회계연도에 따라 매년 1월1일에 시작하여 12월 31일로 종료된다. 다만, 「사립학교법」에 따라 설립된 학교법인이 개설자인 병원의 회계연도는 사립학교의 학년도에 따라 3월1일에 시작하여 2월말일로 종료하는 것으로 한다.

3) 재무제표의 종류 재무제표는 재무상태표, 손익계산서, 기본재산변동계산서(병원 개설자가 개인인 경우 제외), 현금흐름표 및 주석과 주기로 한다.

4) 재무제표의 표시방법 재무제표는 보고식으로 하며, 당해 회계연도분과 직전 회계연도 분을 비교하는 형식으로 작성하여야 한다. 계정과목은 이 규칙과 작성방법에서 정한 계정과목을 사용하여야 하나 계정과목을 정하지 아니한 것은 그 성질이나 금액이 유사한 계정과목으로 통합하여 사용하거나 그 내용을 나타낼 수 있는 적절한 계정과목을 신설하여 사용할 수 있다. 주기는 재무제표상의 해당과목 다음에 그 회계사실의 내용을 간단한 자구 또는 숫자로 괄호 안에 표시하고, 주석은 재무제표상의 해당과목 또는 금액에 기호를 붙이고 난외 또는 별지에 동일한 기호를 표시하여 그 내용을 간결ㆍ명료하게 기재하는 방법으로 한다.

5) 회계의 일반원칙 재무제표는 규칙 및 고시에서 정한 다음의 원칙에 따라 작성하되 규칙 및 고시에서 정하지 아니한 사항에 대해서는 규칙에 반하지 않는 범위 내에서 기업회계기준과 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 회계 관행에 따라 처리한다.

가. 회계처리 및 보고는 신뢰할 수 있도록 객관적인 자료와 증거에 의하여 공정하게 처리하여야 한다.
나. 재무제표의 양식 및 과목과 회계용어는 이해하기 쉽도록 간단ㆍ명료하게 표시하여야 한다.
다. 중요한 회계방침과 회계처리기준 과목 및 금액에 관하여는 그 내용을 재무제표 상에 충분히 표시하여야 한다.
라. 회계처리에 관한 기준 및 추정은 기간별 비교가 가능하도록 매기 계속하여 적용하고 정당한 사유 없이 이를 변경하여서는 아니 된다.
마. 회계처리와 재무제표 작성에 있어서 과목과 금액은 그 중요성에 따라 실용적인 방법에 의하여 결정하여야 한다.
바. 회계처리과정에서 2 이상의 선택 가능한 방법이 있는 경우에는 재무적 기초를 견고히 하는 관점에 따라 처리하여야 한다.
사. 회계처리는 거래의 실질과 경제적 사실을 반영할 수 있어야 한다.

(2) 재무상태표의 계정과목 분류 및 평가 재무상태표의 표시와 계정과목 분류는 유동성 배열법에 따라 구분하는데, 유동성의 분류는 1년을 기준으로 하고 있다. 병원회계의 계정과목의 분류는 거의 일반기업회계기준과 동일하나 업종의 특성상 다음과 같은 독특한 계정과목이 있다.

1) 재무상태표의 계정과목 분류체계 요약 재무상태표의 계정과목 분류 체계를 요약하면 다음과 같다.

요소	유동성	계정과목
자산	유동자산	당좌자산	현금 및 현금성자산, 국고보조금, 단기금융상품, 단기매매증권, 의료미수금, 단기대여금, 대손충당금, 미수금, 미수수익, 선급금, 선급비용, 선급제세, 본지점, 이연법인세자산 및 기타의 당좌자산
		재고자산	약품, 진료재료, 급식재료, 저장품, 의료부대물품
		기타유동자산	다른 계정에 속하지 아니하는 유동자산
	비유동자산	투자자산	장기금융상품, 투자유가증권, 장기대여금, 장기대여금대손충당금, 퇴직보험예치금, 보증금 및 기타투자자산
		유형자산	토지, 건물, 구축물, 기계장치, 의료장비, 차량운반구, 공기구비품, 건설 중인 자산, 기타유형자산, 감가상각누계액 및 국고보조금
		무형자산	영업권 및 산업재산권
		기타비유동자산	이연법인세자산
부채	유동부채	매입채무, 단기차입금, 미지급금, 선수금, 예수금, 미지급비용, 미지급제세, 유동성장기부채, 선수수익, 예수보증금, 단기부채성충당금, 임직원단기차입금, 이연법인세부채 및 기타의 유동부채
	비유동부채	장기차입금, 외화장기차입금, 금융리스미지급금, 장기성매입채무, 퇴직급여충당금, 이연법인세부채 및 임대보증금
	고유목적사업준비금	고유목적사업준비금
	의료발전준비금	의료발전준비금
자본	기본금(기본재산)	법인기본금, 기타기본금
	자본잉여금	자산재평가적립금, 기타자본잉여금
	기타포괄손익누계액	재평가잉여금, 해외사업환산손익
	이익잉여금(결손금)	차기이월잉여금(결손금), 당기순이익(순손실)

2) 의료미수금의 분류 의료미수금은 진료행위로 인하여 발생한 외상매출금과 받을어음 등으로 보험자단체 등의 청구미수금과 환자본인부담금미수액을 포함한다. 입원환자 재원기간 중 발생한 미수금은 재원미수금, 퇴원환자로부터 발생한 미수금은 퇴원미수금, 외래환자로부터 발생한 미수금은 외래미수금, 기타의료수익의 미수금은 기타의료수익미수금으로 구분하고, 이들 재원미수금 등을 다시 환자의 종류에 따라 건강보험미수금, 의료급여미수금, 자동차보험미수금, 산재보험미수금, 일반환자미수금 및 건강검진미수금 등으로 구분한다.
국민건강보험 등의 적용을 받아 진료비의 일부 또는 전부가 보험자단체에 의하여 지불되는 환자에 대하여 청구한 진료비의 일부가 삭감되는 경우에는 보험자단체의 심사가 완료되어 수납할 금액이 확정된 시점을 기준으로 하여 이미 계상된 의료미수금과 의료수익을 상계 처리한다. 이 경우 의료수익 삭감액에 대한 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다.
삭감된 진료비중 보험자단체에 이의 신청하여 일부 또는 전부가 수납될 경우에는 수납된 시점에 의료수익이 수납액만큼 발생한 것으로 회계 처리한다. 따라서 이의신청 시는 회계처리하지 않으며 이의신청장부에 비망으로 기록한다.

3) 재고자산의 분류

① 약품 계정은 진료목적으로 보유하고 있는 일반약품, 주사약품, 마취약품, 마약, 소독약품, 약국재료(조제를 위한 약포장지ㆍ약병ㆍ연고튜브ㆍ약조제기기ㆍ실험정보실재료 등 간접재료 포함) 등으로 구분하는데, 약품매입시 또는 대금결재시의 에누리ㆍ할인ㆍ할증ㆍ판매장려금 등은 약품매입액에서 차감하여 계상한다.
② 진료재료 계정은 1년 이내에 사용되는 진료목적으로 보유한 각종 재료와 진료용구를 말하는데 방사선재료, 검사재료, 수술재료, 치과재료, 의료소모품, 혈액, 동위원소재료 등으로 분류한다.
③ 급식재료 계정은 급식을 위한 채소류ㆍ육류ㆍ생선류ㆍ미곡류 등의 재료와 급식용구(접시, 수저 등) 등으로 구분한다.
④ 저장품 계정은 약품, 진료재료 및 급식재료 이외의 사무ㆍ수선ㆍ청소ㆍ냉난방을 위한 저장품으로 사무용ㆍ관리용 사무용품(장부ㆍ각종서식ㆍ인쇄물ㆍ문방구류), 기계부품 등 수선용부품, 냉난방을 위한 유류, 인쇄물, 청소용구ㆍ청소용품 등 환경용품, 직원복리를 위한 제복ㆍ포상용 상품 등으로 구분한다.
⑤ 의료부대물품 계정은 의료부대수익을 위하여 보유하고 있는 장의용품, 매점용품 등을 말한다.

4) 유형자산의 분류 및 평가 유형자산 중 토지는 병원이 보유하는 업무용과 비업무용 토지를 모두 포함하도록 하고 있어 일반기업회계기준과 상이하다. 의료기기 계정은 환자진료를 위해 사용되는 의료기구나 용구(병실침대 포함)를 포함하여 표시하도록 하고 있다. 도서나 예술품(그림 등) 등은 기타유형자산으로 분류하도록 하고 있다.
자산을 증여받은 경우 시가로 평가하여 계상하도록 하는데 이 경우 시가는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가액에 의함을 원칙으로 하되, 토지의 경우는 동법 제3조의 규정에 의한 당해 토지의 공시지가(당해 토지의 공시지가가 없는 경우는 동법 제9조의 규정에 의하여 산정한 개별토지의 가격)에 의하여 평가할 수 있도록 하고 있다.
또한 시설투자목적 등 자본적 지출에 충당할 목적으로 받은 국고보조금은 이를 취득자산에서 차감하는 형식으로 표시하고 당해 자산의 내용연수에 걸쳐 상각금액과 상계하며, 당해 자산을 처분하는 경우에는 그 잔액을 당해 자산의 처분손익에 차감 또는 부가하도록 하고 있다.
한편, 유형자산의 인식시점 이후에는 원가모형이나 재평가모형 중 하나를 회계정책으로 선택하여 유형자산 분류별로 동일하게 적용하도록 하고, 감가상각방법과 내용연수 등은 주석에 기재하도록 하고 있다.

5) 부채의 계정과목 분류 및 평가 부채는 유동부채와 비유동부채로 분류하는데 고유목적사업준비금을 결산서에 인식하는 경우 해당 고유목적사업준비금은 유동부채 및 비유동부채와는 별도로 구분하여 표시하도록 하고 있다.

6) 자본계정의 분류 자본계정과목은 자본금의 개념이 없기 때문에 기본금, 자본잉여금, 기타포괄손익누계액, 이익잉여금(결손금)으로 구분하고 기본금은 다시 병원설립을 위하여 출연한 법인기본금과 병원증축 등을 위해 출연한 금액 중 미등기금액 또는 이익잉여금의 기본금대체액(정부로부터 받는 출연금 포함) 기타기본금으로 구분하도록 하고 있다. 다만, 의료법인이나 비영리법인이 개설하지 않은 개인이 개설한 종합병원의 경우에는 총자산에서 총부채를 차감한 순액으로 표시하도록 하고 있다.

(3) 손익계산서의 계정과목 분류 및 인식 병원회계의 수익과 비용은 그것이 발생한 기간에 배분되도록 처리하고, 다만 수익은 실현시기를 기준으로 계상하고 미실현수익은 당기의 손익계산에 산입 하지 아니함을 원칙으로 하도록 하고 있다. 또한, 연구가 1년 이상 진행되는 경우 당해 연구용역에 대한 수익은 진행기준에 따라 인식하도록 하고 있다. 손익계산서의 구조는 다음과 같다.

Ⅰ. 의료수익 Ⅱ. 의료비용	(1)입원수익 (2)외래수익 (3)기타의료수익 (1)인건비 (2)재료비 (3)관리운영비
Ⅲ. 의료이익(손실) Ⅳ. 의료외수익 Ⅴ. 의료외비용	의료부대수익, 이자수익 등 의료부대비용, 이자비용 등
Ⅵ. 법인세차감전순이익(순손실) Ⅶ. 법인세비용(소득세등)	실제 납부할 세액과 이연법인세 변동액
Ⅷ. 고유목적사업준비금설정전 당기순이익 Ⅸ. 고유목적사업준비금 전입액 Ⅹ. 고유목적사업준비금 환입액
Ⅺ. 당기순이익(손실)

1) 의료수익 입원환자 진료에 따른 제반 의료수익은 입원수익으로 하고 외래환자진료에 따른 제반 의료수익은 외래수익으로 기표한다. 입원수익과 외래수익은 환자 종류별로 보험ㆍ급여ㆍ산재ㆍ일반ㆍ자보수익 등으로 구분 가능하며, 사전에 정한 할인율에 따라 특정기관 및 개인에게 진료비를 에누리 또는 할인해 준 금액, 극빈환자 등을 위한 자선진료에 따른 무료 또는 감면액, 연구용환자에 대한 진료비감면액을 차감하여 계상한다. 기타의료수익은 건강진단, 수탁검사, 직원급식, 제증명료, 구급차운영, 기타의료활동 따른 의료수익에서 발생한 것으로 기표한다.

2) 의료비용 의료비용 중 인건비는 근로에 대한 대가로 지급하는 일체의 급여, 제수당 등과 퇴직급여를 포함하는데 의사급여ㆍ간호직급여ㆍ약무직급여ㆍ의료기사급여ㆍ영양직급여ㆍ사무직급여ㆍ기술직급여ㆍ기능직급여ㆍ보조직급여 등으로 나누어 계상한다.
재료비는 재고자산의 약품과 진료재료 소모분을 원가로 계상하는 것과 급식재료비를 포함한다.
관리운영비는 복리후생비, 여비교통비, 통신비, 전기수도료, 세금과공과, 보험료, 환경관리비, 지급임차료, 지급수수료, 수선비, 차량유지비, 교육훈련비, 도서인쇄비, 접대비, 행사비, 연료비, 선교비, 의료사회사업비, 소모품비, 자체연구비, 감가상각비, 무형자산상각비, 임차자산개량상각비, 광고선전비, 대손상각비, 피복침구비, 외주용역비, 잡비 및 의료분쟁비용 등으로 구분하고, 의료분쟁비용은 의료사고 보상금, 의료사고 처리수수료 등으로 구분하여 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다.

3) 의료외수익 의료외수익은 의료부대수익, 이자수익, 배당금수익, 임대료수익, 단기매매증권처분이익, 단기매매증권평가이익, 연구수익, 외환차익, 외화환산이익, 투자자산처분이익, 유형자산처분이익, 대손충당금환입, 기부금수익, 잡이익, 자산수증이익, 채무면제이익 및 보험차익 등을 기표한다.
의료부대수익은 주차장직영수익, 매점직영수익, 일반식당직영수익, 영안실직영수익 및 기타 시설직영수입 등으로 구분하며, 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다. 임대료수익은 임대한 병원시설에 따라 영안실임대수익 및 매점임대수익 등으로 구분할 수 있으며, 연구수익은 연구가 1년 이상 진행되는 경우 진행기준에 따라 인식한다.

4) 의료외비용 의료외비용은 의료부대비용, 이자비용, 기타의 대손상각비, 기부금, 단기매매증권처분손실, 단기매매증권평가손실, 연구비용, 외환차손, 외화환산손실, 투자자산처분손실, 유형자산처분손실, 재고자산감모손, 고유목적사업비, 잡손실 및 재해손실 등으로 구분한다.
의료부대비용은 주차장직영비용, 매점직영비용, 일반식당직영비용, 영안실직영비용 및 기타 시설직영비용 등으로 구분하고 세부내역을 주석으로 기재하여야 한다. 의료부대사업에 직접 소요된 인건비, 재료비, 관리운영비 등은 의료비용과 구분하여 기재해야 하고, 의료비용과 공통으로 발생하는 인건비, 재료비, 관리운영비는 은 의료기관의 특성을 고려하여 합리적인 기준에 따라 배분한다. 이 경우 공통인건비는 인력 수, 총 급여 및 투입시간 등의 기준으로 배분하고, 공통재료비는 재료의 투입량, 직접재료비, 사용면적(병실수), 사용인원 등의 기준으로 배분하는 한편, 공통관리운영비는 매출액, 점유면적, 서비스시간, 사용인원, 관련 유형자산 가액 등을 기준으로 배분한다.

5) 법인세비용(소득세등) 법인세비용은 법인세 등에 의거 당기 과세소득에 대해 당기 부담할 법인세 및 부가되는 세액합계에 당기이연법인세변동액을 가감하여 산출된 금액으로 계상한다. 한편, 개인이 운영하는 종합병원의 경우에는 당기 부담할 소득세 부담액과 부가되는 세액합계액을 기표한다.

6) 고유목적사업준비금 전입액과 환입액 법인의 고유목적사업인 연구용진료ㆍ건물증축ㆍ의료장비구입ㆍ대학운영 등을 위하여 준비금을 설정하여 결산서에 반영한 경우 준비금 전입액으로 의료비용 및 의료외비용과는 별도로 구분하여 표시하고, 고유목적사업준비금의 세부사용내역을 주석으로 기재하여야 한다. 환입액은 고유목적사업준비금 미사용분 및 의료발전준비금환입액을 기표한다.

(4) 기본금변동계산서와 현금흐름표 기본금변동계산서는 일반기업회계기준의 자본변동표와 유사한 재무제표로 기본금, 자본잉여금, 기타포괄손익누계액, 이익잉여금(결손금), 이익잉여금처분액 및 차기이월이익잉여금(결손금)으로 구분하여 표시하도록 하고 있다.
병원회계의 현금흐름표은 일반기업회계기준의 현금흐름표와 양식이 동일하며 영업활동으로 인한 현금흐름, 투자활동으로 인한 현금흐름, 재무활동으로 인한 현금흐름, 현금의 증가, 기초의 현금 및 기말의 현금으로 구분하도록 하고 있다. 현금흐름표상의 현금은 별다른 규정은 없으나 재무상태표상의 현금 및 현금성자산으로 보아야 한다.

03 의료기관의 세무

(1) 상속세 및 증여세 납세의무 「의료법」에 따른 의료법인이 운영하는 사업은 공익법인 등에 해당한다. 따라서 상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액 불삽입하여 상속세 및 증여세납세의무가 없다.
예컨대, 공익법인에 해당하는 의료법인이 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용하는 경우 증여세가 과세되지 아니하는 것이다. 이 경우 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 당해 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하거나, 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 당해 재산을 수익사업용 또는 수익용으로 운용하는 것을 말한다.(서면인터넷방문상담4팀－4210, 2006.12.28.)
개인의료기관을 운영하는 자가 의료기관의 전재산을 무상으로 출연하여 의료법인을 설립하는 경우 같은 법 제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이나, 출연재산 중 양도소득세 과세대상 재산에 담보된 채무를 의료법인이 인수하는 경우 당해 채무액에 상당하는 부분은 「소득세법」 제88조의 규정에 의하여 양도소득세가 과세된다.(재산상속46014－41, 2000.1.13.)

(2) 법인세 납세의무 「의료법」 제50조는 "의료법인에 대하여 이 법에 규정된 것 외에는 「민법」 중 재단법인에 관한 규정을 준용한다."라고 규정하고 있고, 「의료법 시행령」 제20조는 "의료법인과 법 제33조 제2항 제4호에 따라 의료기관을 개설한 비영리법인은 의료업(법 제49조에 따라 의료법인이 하는 부대사업을 포함한다)을 할 때 공중위생에 이바지하여야 하며, 영리를 추구하여서는 아니 된다" 라고 규정하고 있어, 영리성이 없음에도 불구하고 법인세법에서는 의료업에서 발생한 소득에 대하여 과세를 하고 있는 입장이다.
즉, 의료법인은 특별법에 따라 설립된 비영리법인이며 동 비영리법인이 한국표준사업분류에 의한 각 사업 중에서 수입이 발생하는 것은 사업소득으로 과세를 하고 있으며, 기타 일시 우발적으로 발생하는 이자소득, 배당소득, 고정자산으로 인하여 생기는 수입 등 열거된 소득에 대하여 법인세 납세의무가 있다.
만약 사회복지법인이 영위하는 의료업이 사회복지사업법에 의한 사회복지사업에 해당하지 아니하는 경우에는 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제4호의 규정에 의한 ‘비영리법인의 비수익사업’에 해당하지 않는다.(서면인터넷방문상담2팀－1651, 2004.8.9.)

1) 수익사업소득의 범위 의료법인의 의료업과 부대사업에서 발생하는 소득에 대하여는 수익사업소득으로 법인세 납세의무가 있으나 업무와 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액에 대하여는 비수익사업소득에 속하여 법인세 납세의무가 없다. 따라서 손익계산서의 의료외수익 중 기부금수익, 자산수증이익에 대하여는 비수익사업으로 보아 법인세 납세의무가 없는 것으로 보아야 한다. 다만, 수익사업과 관련하여 부수적으로 발생하는 부수수익에 대하여는 법인세 납세의무가 있는 바 보험차익 중 수익사업용 자산의 멸실 등으로 생긴 것, 채무면제이익 중 수익사업과 발생한 채무에 대한 것이 이에 해당한다 할 수 있다. 즉, 「의료법」에 의한 의료법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속한다.(법인세과－1035, 2011.12.28.)
한편, 국고보조금을 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가 관계없이 무상으로 지원받고 이를 기부금으로 처리하고 이를 수익사업에 사용하였다면 의료법인의 고유목적사업인 의료업이 수익사업이기 때문에 과세대상 수익사업으로 보아야 할 것이다.

2) 국고보조금을 수령한 경우 의료기관이 국고보조금을 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가와 관계없이 무상으로 지원받고 이를 기부금으로 처리한 후 수익사업에 사용하였다면 의료법인의 고유목적사업인 의료업이 수익사업이기 때문에 과세대상 수익사업으로 보아야 할 것이다. 즉, 비영리법인이 국가 등으로부터 출연금품의 형태로 지원받는 보조금 등을 「법인세법」 제3조 제2항의 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않는 고유목적사업의 수행에 사용한 경우에는 당해 출연금품은 비영리법인의 수익사업 소득에 해당되지 아니하는 것이나, 국가 등으로부터 지원받는 출연금품을 「법인세법」 제3조 제2항의 수익사업의 수행에 사용된 경우에는 수익사업소득에 해당한다.(서면인터넷방문상담2팀－1188, 2006.6.22.)
한편, 의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은 법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분경리하여야 한다. 다만, 당해 비영리법인이 같은 법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’ 등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」 제2조의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출ㆍ사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」 제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있다.(서면인터넷방문상담2팀－472, 2006.3.7.)
특별법에 의해 설립된 의료법인이 의료기기의 취득에 소요된 차관(OECF)의 원금 및 이자를 상환하기 위해 국가 등으로부터 받은 국고보조금은 「법인세법」 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 ‘수익사업에서 생기는 소득’으로 보지 아니하므로 당해 국고보조금에 대해서는 법인세가 과세되지 않는다.(법규과－345, 2006.1.27.)

3) 고유목적사업준비금 특례 「법인세법」 제29조에서는 이자와 배당소득 등에 대하여 100%, 기타 수익사업소득에 대하여 50%를 한도로 고유목적준비금을 설정할 수 있도록 하고 있다. 다만, 다음에서 정하는 지역에 「의료법」에 의한 의료기관을 개설하여 의료업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 2019년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조를 적용하는 경우 그 법인의 수익사업에서 발생한 소득의 100% 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.(「조세특례제한법」 제74조 제4항)

경기도	동두천시, 오산시, 이천시, 안성시, 김포시, 광주시, 양주시, 포천시, 여주군, 연천군, 가평군, 양평군
강원도	강릉시, 동해시, 태백시, 속초시, 삼척시, 홍천군, 횡성군, 영월군, 평창군, 정선군, 철원군, 화천군, 양구군, 인제군, 고성군, 양양군
충청북도	제천시, 청원군, 보은군, 옥천군, 영동군, 증평군, 진천군, 괴산군, 음성군, 단양군
충청남도	공주시, 보령시, 아산시, 서산시, 논산시, 계룡시, 금산군, 연기군, 부여군, 서천군, 청양군, 홍성군, 예산군, 태안군, 당진군
전라북도	군산시, 정읍시, 남원시, 김제시, 완주군, 진안군, 무주군, 장수군, 임실군, 순창군, 고창군, 부안군
전라남도	목포시, 여수시, 순천시, 나주시, 광양시, 담양군, 곡성군, 구례군, 고흥군, 보성군, 장흥군, 강진군, 해남군, 영암군, 무안군, 함평군, 영광군, 장성군, 완도군, 진도군, 신안군
경상북도	김천시, 안동시, 영주시, 상주시, 문경시, 경산시, 군위군, 의성군, 청송군, 영양군, 영덕군, 청도군, 고령군, 성주군, 칠곡군, 예천군, 봉화군, 울진군, 울릉군
경상남도	진해시, 통영시, 사천시, 밀양시, 거제시, 의령군, 함안군, 창녕군, 고성군, 남해군, 하동군, 산청군, 함양군, 거창군, 합천군
제주도	서귀포시

4) 고유목적사업준비금의 사용 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는다.(법인세과－498, 2009.4.24.) 또한, 의료법인이 병원건물에 해당되지 아니하는 직원 기숙사 및 연수원을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당되지 아니하는 것으로 보고 있다.(법인세과－1121, 2010.11.30.)
한편, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 「조세특례제한법」 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니한다.(법인세과－1317, 2009.11.27.)

(3) 부가가치세 납세의무 1) 의료보건 용역의 면세 의료보건 용역은 부가가치세가 면세된다. 따라서 「국민건강보험법」 제41조 제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 용역을 제외한 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역은 부가가치세가 면세된다.

2) 의료부대수익의 부가가치세 과세여부 의료외수익 중 의료부대수익에 대하여는 부가가치세가 과세되는 경우가 있는데 이에 대하여 살펴보면 다음과 같다.

가. 장례식장에서 제공하는 장의용역
장례식장업자가 장례식장을 방문한 문상객에게 음식용역을 제공하는 것은 부가가치세가 과세되는 용역이었다. 그러나 2013년 6월 28일 대법원 판결에 의하여 장례식장에서의 음식물 제공용역의 공급은 일반인이 아니라 특정 조문객만을 대상으로 빈소 바로 옆 공간이라는 제한된 장소에서 이루어지는 것이 일반적인 점 등에 비추어 보면, 거래의 관행상 장례식장에서의 음식물 제공용역의 공급이 부가가치세 면세 대상인 장의용역의 공급에 통상적으로 부수되고 있음이 인정되었다.(대법원2013두932, 2013.6.28.) 따라서 국세청 예규도 변경되어 예규 변경일 이후 공급하는 분부터 장례식장 영업자가 장례식장을 방문한 문상객에게 음식용역을 제공하는 경우 동 음식용역은 「부가가치세법」 제26조 제2항의 규정에 따라 면세되는 용역에 통상적으로 부수되는 용역으로 보고 있다.(부가가치세제과－640, 2013.10.30.)

한편, 장의업을 영위하는 사업자가 병원으로부터 장례식장(영안실)을 임차하여 장의용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 병원의 부동산 임대용역에 대하여는 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1118, 1998.5.26.)

또한, 지방공사 ○○병원이 병원 부대시설인 장례식장(영안실)을 직영하면서 제공하는 장의용역(빈소설치, 장례식 거행, 시신의 보관 및 염습 등)에 필수적으로 부수되는 장의용품(관, 수의, 상복 등)을 함께 제공하고 받는 대가에 대하여는 부가가치세가 면제된다.(부가46015－2029, 1996.9.25.) 즉, 장의업자가 제공하는 장의용역은 부가가치세를 면제하는 것이고, 동 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되는 장의용품을 함께 공급하는 경우 그 용품의 공급도 부가가치세를 면제하는 것이나, 장의업자가 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되지 아니하는 장의용품을 공급하는 경우 또는 장의용품만을 별도로 공급하는 때에는 그러하지 않는다. 이 경우 장의용품의 공급이 장의용역의 제공에 필수적으로 부수되는지 여부는 거래관행과 거래주체간의 공급의도ㆍ목적 등 행위 또는 거래의 사실관계를 종합적으로 고려하여 개별적으로 판단할 사항이다.(서면인터넷방문상담3팀－25, 2006.1.4.)

나. 병원 구내식당이 공급하는 용역
의료보건용역을 공급하는 사업자가 환자에게 직접공급(직영구내식당)하는 음식물은 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 것으로 부가가치세가 면제되나 임차경영자가 독립적으로 공급하는 경우에는 부가가치세가 과세된다.(부가1265－105, 1980.1.17.)
또한, 외래환자 및 환자의 보호자와 다른 사업자에게 제공하는 음식물은 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1626, 2000.7.10.)

다. 병원 주차장용역
종합병원 및 종합대학교에서 부설주차장을 설치ㆍ운영하고 징수하는 주차료는 면세되는 의료용역 및 교육용역에 필수적으로 부수되는 용역에 해당되지 않으므로 부가가치세가 과세된다.(부가46015－1744, 1994.8.26.)
즉, 법인인 종합병원에서 부가가치세가 면제되는 의료업과 관련하여 진료 및 병문안차 내방하는 차량의 주차를 위해 주차장을 설치, 운영하면서 일정기준에 의해 일부 주차에 대하여 주차료 징수시 당해 주차장 운영수입에 대하여는 부가가치세가 과세되는 것이다.(부가 46015－1458, 1997.6.28.)

라. 임상시험용역
「약사법」 제34조의 2에 따른 임상시험실시기관이 같은 법 제2조 제15호에 따른 임상시험 용역을 의약품 제조업자 등에게 공급하는 경우 「부가가치세법」 제26조 제1항 제5호 및 같은 법 시행령 제35조에 따른 의료보건용역의 공급에 해당하지 않으며, 같은 법 시행령 제42조 제2호 및 같은 법 시행규칙 제32조에 따른 새로운 이론ㆍ방법ㆍ공법 또는 공식 등에 관한 연구용역의 공급에 해당하지 아니한다.(기획재정부 부가가치세제과－236, 2014.3.17.)

의료기관이 제약사에게 공급하는 임상시험용역에 대한 부가가치세 과세는 2014.3.17. 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것이며, 2014.3.17. 이전에 체결된 임상시험용역계약의 일부를 위임하는 계약과 공급이 2014.3.17. 이후인 경우에는 부가가치세 과세대상이다.(기획재정부 부가가치세제과－236, 2014.3.17.)

(4) 지방세 과세특례 1) 의료법인에 대한 지방세 감면 「의료법」 제48조에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50를 경감하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 재산세를 100분의 50을 경감한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 「지방세법」 제11조 제1항의 세율에서 1천분의 10을 경감한다.(「지방세특례제한법」 제38조 제1항)

2) 종교단체가 의료기관을 개설하는 경우 지방세 감면 종교단체(「민법」에 따라 설립된 재단법인으로 한정한다)가 「의료법」에 따른 의료기관 개설을 통하여 의료업에 직접 사용할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 2018년 12월 31일까지 취득세의 100분의 40의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 도청 소재지인 시 지역에서 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 20의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다. 또한, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세를 2017년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지는 100분의 50의 범위에서 조례로 정하는 율을 경감한다.(「지방세특례제한법」 제38조 제4항)

01 종교단체란?

우리나라에는 2011년 말 현재 71개의 종교에 교단(교파)을 합하여 566개의 종교단체가 있으며 이들 각 종교별 교단은 「민법」 제32조의 규정의 의한 사단 또는 재단법인의 형태로 존재하기도 하고 법인격 없는 단체로 존립하기도 하는데 그 정확한 숫자는 알 수 없다.
한편, 종교단체는 다양한 방법으로 사회사업에 참여하고 있는데 라디오나 T.V 그리고 신문사를 보유하고 있기도 하며, 학교ㆍ의료기관ㆍ요양기관 그리고 사회복지법인이나 박물관 등을 보유하고 있는 경우도 있다.

사단법인이나 재단법인 형태의 종교단체는 「민법」 및 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에 의해 설립 및 운영관리에 대하여 규제를 받는다. 그런데 「문화체육관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙」에는 비영리법인이 주무관청에 대하여 매년 사업실적 및 사업계획을 제출하도록 하고 있는 보고의무사항이 2005년 6월 4일에 폐지되었다. 다른 소관 부처 비영리법인의 경우에는 매 사업연도가 끝난 후 2개월 이내에 ① 다음 사업연도의 사업계획과 수입ㆍ지출 예산서 ② 해당 사업연도의 사업실적과 수입ㆍ지출 결산서 ③ 해당 사업연도 말 현재의 재산목록을 제출하도록 되어 있으나 인사혁신처와 문화체육관광부 소관의 비영리법인의 경우에는 동 보고의무 조항이 폐지되어 별도로 사업실적 및 사업계획을 보고할 의무가 없다.
다만, 「민법」 제37조의 규정에 의한 법인사무의 검사 및 감독을 위하여 불가피한 경우에는 법인에게 관계서류ㆍ장부기타 참고자료의 제출을 명하거나 소속공무원으로 하여금 법인의 사무 및 재산상황을 검사하게 할 수는 있다.

02 종교단체의 회계

(1) 사 찰 불교의 대표적인 종단인 조계종의 경우 종단의 회계연도는 매년 1월 1일에 시작하여 12월 31일에 종료하며, 한 회계연도에 속하는 세입세출의 출납에 관한 사무는 다음년도 1월 20일까지 완결하도록 하고 있어 지출원인행위를 기준으로 세입세출을 결산하는 수정현금주의를 택하고 있다.
또한 회계는 단식부기에 의하고 재무제표는 款, 項, 目으로 구분된 세입세출결산서를 사용하고 있고 예산총계주의원칙을 채택하고 있으나, 현물로 수입 또는 출자하는 경우 이를 세입세출예산외로 관리할 수 있도록 하고 있다.
회계는 일반회계와 특별회계, 기금으로 구분하고, 중앙종무기관 산하기관의 본말사와 법인체의 예산과 회계에 관한 사항은 따로 종법으로 정하도록 하고 있다. 특별회계는 특별한 사업을 운영할 때, 특정한 자금을 보유하여 운용할 때, 기타 특정한 세입으로 특정한 세출에 충당함으로써 일반회계와 구분하여 처리할 필요가 있을 때에 설치할 수 있으며, 기금은 중앙종무기관에서는 특정한 목적사업을 위하여 특정한 자금을 운용할 필요가 있을 때에 한하여 종단 보조금, 각종 성금, 희사금 등으로 설치하도록 하고 있으나, 구체적으로 특별회계와 기금을 설치하는 절차 및 승인권자 등이 정하여지지 않았다.
종단이나 사찰의 재산에 관한여 총무원장의 승인을 받지 아니하고 는 매각, 기부, 담보제공, 대여, 인락, 기타 처분을 할 수 없으며, 당해 연도 예산의 범위 내에서 변제할 수 없는 장기채무는 총무원장의 기채승인을 받도록 규정하고 있다.
세입세출예산안은 각 종무기관별로 구분하여 다음 회계년도 개시 60일 전까지 정기중앙종회(예산종회)에 예산편성지침, 세입세출예산 사항별 설명서, 계속비 명세서 등과 함께 제출하도록 하고 있으며, 결산은 각 중앙종무기관의 장이 세입세출의 결산보고서를 작성하여 다음년도 2월 말일까지 총무원 재무부장에게 제출하고, 총무원 재무부장은 중앙종무기관의 세입세출결산서를 총합하여 총괄세입세출결산서와 계속비 결산보고서를 작성하여 종무회의의 의결을 거처 결산 중앙종회에 제출하도록 하고 있다.
각 중앙종무기관이 예산을 집행하고자 할 때에는 지출원인행위와 관련된 서류을 첨부하여 총무원 재무부장에게 청구하고 총무원 재무부장은 이를 접수하여 지출결의서를 작성하여 총무원장의 결재를 받아 사용하도록 하고, 다만, 교육원, 포교원의 지출결의서와 다른 법령이나 규정에 의한 전결사항은 총무원장의 결재를 전결로 대체하도록 하고 있다.
모든 수입과 지출은 적절한 증빙과 장부를 작성하여 보관하도록 하고 있으나 구체적인 증빙의 종류나 장부의 종류, 보존연한 등에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않다.

「사찰예산회계법」은 조계종 종단 산하 모든 사찰의 예산 편성, 집행과 결산 및 이에 따른 회계처리 사항 등을 정하는 데 그 목적이 있다 하겠다. 따라서 회계연도와 단식부기에 의한 회계처리방법 그리고 세입세출결산서 등의 결산 재무제표 등이 모두 「예산회계법」과 동일하나, 다음의 경우와 같이 몇몇 특별히 정하고 있는 사항이 있다.

(1) 사찰예산에 대하여 그 용도를 지정하였는데 ① 사찰의 유지ㆍ관리 및 운영 ② 포교와 사회공익사업 ③ 승려복지사업 ④ 승려와 신도 교육사업 ⑤ 유ㆍ무형 문화재의 보호 및 전승을 위한 사업 ⑥ 기타 불교의 가치 구현을 위한 사업에만 사용하도록 하고 있다.
(2) 회계는 일반회계와 특별회계로 구분하는데 일반(경상)회계는 사찰의 기본적인 유지ㆍ관리 및 최소한의 기본사업 수행을 위해 설치하는 회계로 하고, 특별회계는 특정한 목적사업 수행을 위해 설치하는 회계로서 ① 교구본사 특별회계 ② 적립금 특별회계(문화재구역입장료 30%예치금, 임대보증금, 부동산수익금, 퇴직적립금 등) ③ 불사 특별회계(공사구분, 사업별 구분) ④ 템플스테이 특별회계 ⑤ 승려복지 특별회계 ⑥ 직영상가 특별회계 ⑦ 기타사업 및 목적 등의 특별회계(일반회계와 구분되는 특별사업 또는 기간을 정하여 진행되는 특정사업에 대한 별도회계) 등으로 구분하도록 하고 있다.
(3) 일반회계와 특별회계 사이, 특별회계와 다른 특별회계 사이에는 서로 차입할 수 없으나, 일시적인 금액의 과부족으로 회계 간의 전용이 필요한 때는 차입할 수 있고, 과부족 금액이 해소되는 즉시 원상태로 회복하도록 하며, 차입기간은 해당 회계연도를 넘길 수 없도록 규정하고 있다. 또한, 일반회계에서 특별회계로 전출할 수 있으나 특별회계에서 일반회계, 특별회계에서 다른 특별회계로는 전출할 수 없으나, 사업이 종료된 특별회계의 잔액은 즉시 일반회계로 계상하도록 하고 있어 구분회계를 엄격히 하도록 하고 있다.
(4) 교구본사 이외의 사찰은 11월 말일까지 교구본사에 세입세출예산서를 제출하도록 하고, 교구본사는 교구본사의 세입세출예산서와 교구소속 사찰에서 제출한 세입세출예산서, 교구특별회계예산서를 12월 말까지 총무원에 제출하면 세입세출예산이 확정되는 것으로 규정하고 있다.
(5) 교구본사 이외의 사찰은 1월 말일까지 교구본사에 세입세출결산서를 제출하도록 하고, 교구본사는 교구본사의 세입세출결산서와 교구소속 사찰에서 제출한 세입세출결산서, 교구특별회계결산서를 2월 말일까지 총무원에 제출하면 세입세출결산서로 확정되는 것으로 규정하고 있다.
(6) 모든 사찰은 정기적으로 회계감사를 받도록 하고 있다. 또한 재정사고 및 재산관련 소송이 제기된 사찰은 공인회계사를 통한 회계감사를 시행하도록 하고 있다. 정기회계감사는 본사가 말사에 대하여 11월에서 12월 중에 실시하고 감사보고서를 본사주지와 피감 사찰에 보고 및 통지하도록 하고 있다. 또한 피감 사찰의 자료제출 거부, 의도적 감사 회피행위, 위법 부당한 사실 등이 있는 경우 징계하도록 규정하고 있다.
(7) 이외에 「사찰예산회계법」은 통장 및 통장인장의 관리에 관한 사항, 전산프로그램의 활용에 관한 사항, 회계서류 및 장부의 종류, 영수증의 발급 및 보관과 신용카드 사용에 관한 사항, 임대보증금과 임대수익금 관리에 관한 사항, 문화재구역입장료의 특별회계에 관한 사항, 직영상가 특별회계에 관한 사항, 국고보조금 관리에 관한 사항 등을 규정하고 있다.

(8) 일반회계의 세입예산과목은 다음과 같이 예시하고 있다.

관	항(목)
기본재산수입	경지수입, 임대수입, 산림수입
불공수입	기도수입, 재수입, 위패수입, 인등수입, 등수입
불전수입	불전금, 공양미수입
4.8수입	4.8수입(불전수입, 등수입, 기타수입)
사업수입	사업수입(직영주차장수입, 직영상가수입, 기타사업수입)
법요ㆍ행사수입	법요ㆍ행사수입(방생 및 성지순례수입, 기타행사수입)
교육연수수입	교육연수수입
문화재구역입장료수입	문화재구역입장료수입, 성보박물관수입
기타수입	환수수입, 시주금, 잡수입, 기와수입, 타회계종료이월수입
특별수입	불용품매각수입, 배상금위약금수입, 기타특별수입
신도교무금수입	신도교무금수입
차입금	차입금
전년도이월금	전년도이월금

∙일반회계의 세출예산 과목은 다음과 같이 예시하고 있다.

관	항(목)
법요ㆍ행사수입	헌공비, 법요비, 행사비
종무수행비 및 보시	보시, 특별보시, 잡급비, 퇴직적립금 전출금
관리운영비	일반운영비(일반수용비, 복리후생비, 출장비, 여비 등), 시설비품관리비, 급식비, 업무추진비
분담금	분담금(중앙분담금, 교구분담금, 승려복지분담금, 문화재구역입장료분담금, 교육불사특별분담금)
자산취득비	불구구입비, 비품차량구입비, 부동산매입비
수익사업비	수익사업비(직영주차장운영비, 직영상가운영비, 기타)
목적사업비	교육비, 포교비, 역경비, 사회복지비, 승려복지비
성보관리비	성보관리비(성보유지보수비, 보험료, 성보박물관운영비)
기타지출	회비, 신도교무금, 기타기관지원비, 반환금, 잡지출, 수수료
특별회계전출금	특별회계전출금
차입금상환	차입금상환(차입금상환, 지급이자)
대여금	대여금
반환금	반환금
예비비	예비비
차년도이월금	차년도이월금

(2) 교 회 한국기독교교회협의회(NCCK)에서는 「교회회계와 재무처리기준」을 제62회 정기총회(2013년 11월 18일)에서 제정하였다. 따라서 한국기독교교회협의회 소속의 모든 기독교회는 교회 전체를 하나의 보고실체로 하여 교회에 속한 기도원, 지성전을 포함한 모든 조직 및 동 조직이 영위하고 있는 고유목적사업, 수익사업에 모두 이 기준을 적용하도록 하고 있다. 다만, 이 기준은 2015년도 1월 1일 이후 최초로 시작되는 회계연도부터 적용하도록 하고 있다.
이 「교회회계 및 재무처리기준」(이하 “교회회계기준”이라 함)은 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준(안)」과 보건복지부령 제152호 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 수정ㆍ보완하여 작성하고 제정한 것으로 복식부기회계와 발생주의회계를 근간으로 하고 있지만 직전연도 결산총액이 5억원 이하[당초 제정(안)은 10억원이었음] 인 교회는 단식부기회계에 의할 수 있도록 규정하고 있다. 단식부기회계에서 복식부기회계로 전환할 경우 개시재무상태표는 취득원가 또는 공정가치로 평가하도록 하고, 취득원가 또는 공정가치를 평가하기 어려운 경우에는 국세청장이 정한 기준시가에 의해 평가하도록 규정하고 있다. 이 기준의 구성은 다음과 같다.

제1장 총칙(제1조～제10조)
제2장 재무상태표(제11조～제25조)
제3장 운영성과표(제26조～제40조)
제4장 현금흐름표(제41조～제46조)
제5장 자산ㆍ부채의 평가(제47조～제52조)
제6장 재무제표에 대한 주석(제53조～제56조)
제7장 단식부기회계(제57조～제63조)
제8장 계약과 물품관리(제64조～제69조)
제9장 헌금 등 수입금의 관리(제70조～제71조)
제10장 예산과 결산(제72조～제85조)
제11장 감사(제86조～제93조)
부칙(제1조～제3조)

교회회계기준이 그 토대로 삼고 있는 한국회계기준원의 「비영리조직 회계처리기준(안)」은 2013년 3월에 초안이 발표된 것으로 그 동안 연구 및 의견수렴과 수차례 심의 등의 과정을 거쳐 2017년 7월 20일에 최종적으로 제정되어 공표되었다.

한편, 교회회계기준이 또 다른 토대로 삼아고 있는 「사회복지법인 및 사회복지시설 재무ㆍ회계 규칙」을 교회 회계의 실정에 맞게 수정ㆍ보완하였는데 그 내용은 제7장부터 제11장까지이며, 주요 내용은 다음과 같다.

① 교회의 대표자는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 매 회계연도 개시 1개월 전까지 교회의 예산편성 지침을 정하고, 예산위원회의 결의를 거쳐 예산을 편성한 다음, 교회 제직(諸職)회의(교회 의결기관)의 의결을 거쳐 확정하도록 하고 있다. 예산의 전용은 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 항ㆍ목간 전용할 수 있는데, 결산보고시 과목전용조서를 함께 제출하도록 하고 있다.
② 결산보고서는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 교회의 세입ㆍ세출 결산보고서를 작성하여 제직회의에게 제출하여야 한다. 단식부기로 회계처리하는 경우에는 세입ㆍ세출결산서와 기본재산수입명세서 등 각 계정 명세서와 내부감사보고서, 수익사업이 있는 경우 법인세신고서름 첨부하도록 하고 있다. 복식부기로 회계처리하는 경우에는 이외에 재무상태표와 수지계산서 그리고 각 계정 명세서를 첨부하도록 하고 있다.
③ 교회가 헌금 등을 받을 때에는 교회 명의의 금융기관이나 체신관서의 수입전용계좌를 사용해야하고, 성도의 요구가 있을 때에는 「소득세법 시행규칙」 제101조 제20호의2에 따른 기부금영수증 서식 또는 「법인세법 시행규칙」 제82조 제7항 제3호의3에 따른 기부금영수증 서식에 따라 헌금 등의 영수증을 발급하여야 하며, 영수증 발급목록을 별도의 장부로 작성ㆍ비치하여야 하도록 하고 있다.
④ 지출은 상용의 경비 또는 소액의 경비지출을 제외하고는 예금통장에 의하거나 「전자거래 기본법」 제2조 제5호에 따른 전자거래로 행하여야 하는데, 상용의 경비 또는 소액의 경비지출의 범위는 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 정하도록 하고 있고, 계약에 관한 사무도 각각 그 교회의 대표자(담임목사)가 운영위원회(당회, 구역회, 공동의회 등)의 결의를 거쳐 처리하도록 규정하고 있다.
⑤ 교회의 감사인은 중간감사와 결산감사를 실시하여 결산보고와 감사보고를 공동의회에 보고해야 한다.

03 종교단체의 세무

(1) 상속세 및 증여세 납세의무 1) 종교단체에 출연한 재산의 증여세 과세여부 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업은 공익법인 등에 해당한다. 따라서 상속재산 중 공익법인이 상속인이나 피상속인으로부터 출연받은 재산가액 또는 출연자로부터 공익법인이 무상으로 출연받은 재산의 가액은 상속세 또는 증여세 과세가액 불삽입하여 상속세 및 증여세납세의무가 없다. 다만, 상속세 및 증여세법에서 정한 각종 납세 의무사항과 조세 협력의무를 이행해야 한다.
종교단체가 공익법인 등에 해당하는지 여부는 법인으로 등록했는지에 관계없이 당해 종교단체가 수행하는 정관상 고유목적사업에 따라 판단한다. 한편, 공익법인에 해당하는 종교단체가 재산을 출연받아 그 출연받은 날부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용하는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 직접 공익목적사업에 사용하는 것이란 정관상 고유목적사업에 사용하는 것을 말한다.(재산세과－852, 2010. 11.17.)

2) 종교단체 부동산의 명의신탁 교회재산에 대한 명의신탁을 해지하여 교회명의로 환원시 즉, 개인 명의로 등기된 부동산을 교회 명의로 등기이전한 경우로서 그 이전된 부동산이 당초부터 교회의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이며, 당초부터 개인의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세된다.(상속증여세과－01236, 2015.11.27.)
종교단체가 명의신탁한 재산을 명의신탁해지하여 실질소유자인 종교단체 명의로 환원하는 경우에는 이를 증여로 보지 아니하는 것이며, 부동산을 타인명의로 등기하는 경우에는 「부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률」에 의하여 과징금이 부과될 수 있다.(서면인터넷방문상담4팀－2050. 2004.12.15.)
또한, 종중원 명의로 등기된 토지를 종중 명의로 등기이전한 경우로서 그 이전된 토지가 당초부터 종중의 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세되지 아니하는 것이나 당초부터 종중원 소유임이 확인되는 경우에는 증여세가 과세된다. 해당 토지가 당초부터 종중의 소유인지 또는 종중원의 소유인지 여부는 종중 회칙(규약) 및 회의록과 재산목록 등에 의거 해당 부동산의 사실상 소유자, 소유형태 등 구체적인 사실을 확인하여 판단할 사항임이다.(법규재산2013－454, 2013.12.10.)

(2) 법인세 납세의무 1) 종교단체에서 공급하는 용역에 대한 수익사업 여부 종교단체는 한국표준산업분류에 “9191 종교단체：불교, 기독교, 천주교, 민족종교 및 기타 종교 계통의 중앙종단, 지역종단, 포교소 등을 말한다.”라고 규정하고 있다. 「법인세법」에서는 주무관청에 등록된 종교단체(그 소속단체 포함)가 공급하는 용역 중 「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업에서 발생하는 수입은 수익사업소득의 범위에서 제외되어 법인세 납세의무가 없다.(「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제7호) 다만, 기타 일시 우발적으로 발생하는 이자소득, 배당소득, 고정자산으로 인하여 생기는 수입 등 열거된 소득에 대하여는 법인세 납세의무가 있다.
「부가가치세법」 제26조 제1항 제18호에 따라 부가가치세가 면제되는 용역은 종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 용역을 말한다.
한국표준산업분류에서는 종교단체가 포교시설과 독립하여 출판, 교육, 의료, 복지사업을 수행할 경우는 그 주된 특성에 따라 별도로 구분하고 있으므로 법인세가 과세 제외되는 수익사업소득에 해당하는지는 별도로 수행하는 사업의 특성에 따라 달라질 수 있으므로 각 사안마다 개별적으로 판단해야 할 것으로 보인다.

2) 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입의 과세 비영리내국법인이 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용한 것은 법인세 과세대상에 해당되지 않는다. 따라서 비영리법인으로 등록한 교회가 증여받은 고정자산(고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것 제외)을 처분하여 발생한 수입과 취득한 고정자산을 임대업 등 수익사업에 사용하는 경우 수익사업에서 생기는 소득에 대하여 법인세 납부의무가 있다.(서면2팀－1795, 2006.9.14.)
비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우(법인－3549, 2008.11.24.)와 「국세기본법」 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우(서면2팀－1009, 2006.6.5.)에는 수익사업 소득에서 제외된다. 다만, 교회가 3년 이상 보유한 토지를 신도들의 사후 매장을 위한 묘지로 사용한다고 하더라도, 묘지 운영이 교회의 고유목적인 종교의 보급 기타 교화를 위하여 직접적으로 필요하다고 볼 수 없으므로 당해 토지의 양도는 수익사업으로 보아 법인세가 과세된다.(서면 법규과－841, 2013.7.19.)

3) 부동산임대소득의 경우 사찰의 부동산임대행위는 법인의 고유목적사업도 아니고 영리를 목적으로 하는 부동산임대영업에 해당하여 과세대상이 되고 부동산임대에 관한 수입이 사찰의 고유목적사업에 지출 사용된다고 하여 다를 바 없다.(대법원75누173, 1976.4.13.) 다만, 주무관청에 등록된 종교단체로서 「문화재보호법」의 규정에 의한 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외)를 소유 또는 관리하고 있는 사찰이 경내지 내의 건물을 임대하는 용역은 수익사업 또는 수익에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것으로, 종교단체가 경내지내의 건물을 임대하는 용역인지 등에 따라 수익사업 해당 여부를 판단한다.(법인46012－1998, 1998.7.20.)

4) 지정기부금단체 해당 여부 개인사찰이 불교종단에 사찰등록을 하고 「국세기본법」 제13조 제2항 각호의 요건을 충족하여 ‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받아 고유번호를 부여받은 후 임의로 탈종을 한 경우, 해당 개인사찰은 지정기부금단체에 해당하지 않는다.(법인세과－550, 2012. 09.12.)
개별적으로 주무관청에 등록되지 않는 종교단체라도 소속한 교파의 총회 또는 중앙회 등의 명의로 등기 또는 등록되어 있는 종교단체에 지출한 금품은 기부금특별공제대상이 된다.(소득22601－316, 1991.3.7.)
거주자가 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립되어 주무관청에 등록된 단체에 소속되어 있는 교회 등 개별종교단체에 지출하는 기부금은 기부금특별공제를 받을 수 있는 것이나, 이 경우 기부금영수증 외에 개별 교회가 소속한 교파의 총회나 중앙회 등이 주무관청에 등록되어 있음을 증명하는 서류를 제출하여야 한다.(서면인터넷방문상담1팀－243, 2007.2.15.)

(3) 부가가치세 납세의무 앞서 종교단체의 법인세 납세의무에서 살펴보았듯이 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 종교단체가 종교의 보급 기타 교화에 현저히 기여하는 사업 또는 비영리법인의 사업으로 종교, 자선 등 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비(實費) 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세가 면세된다.(「부가가치세법」 제45조 제1호)

1) 경내지 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역 「문화재보호법」에 따른 지정문화재(지방문화재를 포함하며, 무형문화재는 제외)를 소유하거나 관리하고 있는 종교단체(주무관청에 등록된 종교단체로 한정)의 경내지(境內地) 및 경내지 안의 건물과 공작물의 임대용역도 부가가치세가 면세(「부가가치세법 시행령」 제45조 제3호) 되는데, 경내지 또는 경내건물 및 공작물에 대한 정확한 정의와 범위에 대하여 규정되어 있지 않다. 다만, 「불교재산관리법(1987.11.28. 폐지)」 제4조에 따른 경내건물 및 경내지의 정의는 다음과 같다.

① 경내건물이라 함은 불교의 전법, 포교, 법요집행 및 신자의 교화육성의 목적 실현과 승니지주(僧尼止住)를 위한 건물 및 공작물(부속건물 및 공작물을 포함)을 말한다.
② 경내지라 함은 불교의 전법, 포교, 법요집행 및 신자의 교화육성의 목적 실현과 승니지주(僧尼止住)를 위하여 필요한 다음에 게기하는 토지를 말한다.

1. 경내건물이 지상물로 되어 있는 일획의 토지(입목죽 기타 건물 이외의 정착물을 포함)
2. 삼배로로서 사용되는 토지
3. 불교의 의식행사를 위하여 사용되는 토지(불공용 및 수도용 경목지등을 포함)
4. 정원, 산림 기타 존엄 또는 풍치의 보존을 위하여 사용되는 사찰 또는 불교단체 소유의 토지
5. 역사, 고기 등에 의거하여 밀접한 연고가 있는 토지로 당해 사찰 또는 단체의 관리에 속한 토지
6. 경내건물과 전 각호에 게기한 토지의 재해방지를 위하여 사용되는 토지

재단법인 대한○○○ 유지재단이 ○○시 지방유형문화재 제○○호인 ○○ ○○○성당의 경내지에 위치한 ○○○회관 (○○시 ○○구 ○○동 3－7, 3－4 소재건물)을 임대하고 받는 대가는 부가가치세가 면제된다.(부가1265.1－2481, 1983.11.26.)
주무관청에 등록된 종교단체가 동 종교단체 소재지의 경내입장료를 직접 징수하거나 동 경내입장료징수권을 타인에게 위탁하고 그 수탁자로부터 받는 수입금에 대하여는 부가가치세가 면제된다.(조법1265.2－212, 1983.3.2.)

2) 기타 수익사업에 대한 부가가치세 과세 여부 주무관청에 등록된 종교 등 공익단체의 경우에도 ① 소유부동산의 임대 및 관리사업 ② 자체기금 조성을 위하여 생활필수품, 고철 등과 같이 계속적으로 운영ㆍ관리하는 수익사업과 관련하여 공급하는 재화 또는 용역에 대하여는 면세하지 아니한다.(「부가가치세법 기본통칙」 26－45－2) 즉, 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 개인, 법인, 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체는 부가가치세를 납부할 의무가 있는 것이며, 교회가 비주거용 건물임대용역을 제공하고 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세된다.(서면인터넷방문상담3팀－9, 2006.1.2.)

한편, 종교단체(교회)가 주차장을 설치ㆍ운영하며 그 이용자로부터 대가를 받는 경우에는 부가가치세가 과세되나, 주무관청에 등록된 종교단체(교회)가 당해 교회건물에 설치된 주차장을 이용하는 교인 등으로부터 그 고유의 사업목적을 위하여 자율적인 이용료로 헌금을 받는 경우에는 부가가치세가 면제된다.(부가46015－2376, 1995.12.20.)

또한 「장사 등에 관한 법률」에 의하여 사설납골시설을 설치한 자가 납골시설을 설치한 후 유골을 수장해 주는 대가로 받는 사용료 또는 관리비 등은 부가가치세가 면제된다.(부가46015－534, 2001.03.21.) 즉, 사설납골당 및 납골시설 등을 설치한 자가 제공하는 묘지 및 화장업 관련 용역에 대하여는 사업주체를 가리지 않고 부가가치세가 과세되지 아니한다.(서면인터넷방문상담3팀－1700, 2004.08.20.)

(4) 종교인소득에 대한 소득세 납세의무

종교관련 조사자가 받은 금액	필요경비
2천만원 이하	종교관련종사자가 받은 금액의 100분의 80
2천만원 초과 4천만원 이하	1,600만원＋2천만원을 초과하는 금액의 100분의 50
4천만원 초과 6천만원 이하	2,600만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 30
6천만원 초과	3,200만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 20

1) 종교인소득에 대한 납세의무 개요 「소득세법」은 2015년 12월 15일 개정을 통하여 종교인소득을 신설하고 ① 종교관련종사자(또는 “종교인”이라 함)가 ② 종교의식을 집행하는 등 종교관련종사자로서의 활동과 관련하여 ③ 대통령령으로 정하는 종교단체로부터 받은 소득은 기타소득으로 2018.1.1.부터 과세하도록 규정하고 있다.(「소득세법」 제21조 제1항 제26호) 다만, 종교단체에서 종교인의 선택에 따라 기타소득 또는 근로소득으로 원천징수할 수 있으며, 원천징수하지 아니한 경우 종교인이 다음 해 5월말까지 종합소득세 과세표준확정신고를 하여야 한다. 원천징수를 하지 아니한 종교단체의 경우 종교인소득 지급명세서를 다음해 3월 10일까지 관할 세무서에 제출하여야 하며 제출하지 않은 경우 미제출가산세를 부담한다. 종교인 소득에 대하여 기타소득이나 근로소득으로 원천징수한 종교단체는 다음 해 2월분 소득을 지급할 때 종교인 소득에 대하여 연말정산을 실시하여 종교인의 납세의무를 확정지을 수 있다. 다만, 종교인이 종교인소득 이외에 다른 소득이 있는 경우 추가로 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 한다.

2) 과세대상 소득의 범위 가. 종교관련종사자(종교인)의 범위
종교관련종사자란 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준직업분류에 따른 종교관련종사자를 말한다.(「소득세법」 제12조 제5호 아목)
한국표준직업분류에 따른 종교관련 종사자란 종교적인 업무에 종사하거나 특정 종교의 가르침을 설교하고 전파하는 사람을 말하며, 이 소분류의 직업은 다음의 2개 세분류로 구성되어 있다.

① 성직자 : 종교예식이나 의식을 집행하고 관장하며 신자들에게 정신적, 도덕적 지도를 하는 사람으로 교리의 해설과 설교를 하며, 종교의식을 집행한다.(목사, 신부, 승려, 교무, 그 외 성직자)
② 기타 종교관련 종사자 : 해당 종교의 한 구성원으로 성직자를 보조하고 제반 종교적 활동을 수행한다. 수녀는 천주교회에서 신부를 보조하거나 수녀원 등에서 제반 종교적 활동을 수행한다. 그 외 종교기관이나 종교단체 종사자로 종교적인 업무를 담당하거나 특정 종교의 가르침을 설교하고 전파하는 일을 한다.(수녀 및 수사, 전도사, 그 외 종교관련 종사자)

따라서 종교단체의 행정업무를 담당하는 행정실장 및 직원 등이 지급받는 금원은 종교인소득이 아니라 근로소득에 해당한다.

나. 종교단체의 범위 및 구분회계
종교단체란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자 중 종교의 보급이나 교화를 목적으로 설립된 단체(그 소속 단체 포함)로서 해당 종교관련 종사자가 소속된 단체(이하 “종교단체”라 함)를 말한다.(「소득세법 시행령」 제41조 제14항) 종교단체는 소속 종교관련 종사자에게 지급한 금액 및 물품(비과세 소득금액 및 물품 포함)과 그밖에 종교 활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록ㆍ관리하여야 한다.

① 「민법」 제32조에 따라 설립된 비영리법인
② 「국세기본법」 제13조에 따른 법인으로 보는 단체
③ 「부동산등기법」 제49조 제1항 제3호에 따라 부동산등기용등록번호를 부여받은 법인 아닌 사단ㆍ재단

따라서 소속된 종교단체에서 받지 않고 다른 종교단체에서 종교인이 수령한 금원은 종교인소득이 아닌 것으로 보아야 한다.

다. 종교관련종사자로서의 활동의 범위
종교인 소득은 종교관련종사자로서의 활동과 관련하여 지급받는 금원을 말한다. 이는 종교예식이나 의식을 집행하고 관장하며 신자들에게 교리를 해설 또는 설교하고 전파하는 행위 그리고 종교적인 업무를 담당하거나 성직자를 보조하는 일이 이에 해당한다 할 수 있다. 따라서 이와 같은 활동의 범위에서 벗어난 활동의 대가로 지급받는 금원은 종교인소득이 될 수 없는 것으로 보아야 한다.
다만, 종교관련종사자가 그 활동과 관련하여 현실적인 퇴직 이후에 종교단체로부터 정기적 또는 부정기적으로 지급받는 소득으로서 「소득세법」 제42조의 2 제4항 제4호에 따라 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득에 해당하지 아니하는 소득은 종교인소득에 포함한다.

3) 비과세 종교인소득 기타소득 중 다음 중 어느 하나에 해당하는 소득은 종교인소득으로 비과세된다.(「소득세법 제12조 제5호 아목)

가. 종교관련종사자가 받는 다음의 학자금
종교관련종사자가 소속된 종교단체의 종교관련종사자로서의 활동과 관련있는 교육ㆍ훈련을 위하여 받는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 학교 또는 시설의 입학금ㆍ수업료ㆍ수강료, 그밖의 공납금을 말한다.

① 「초ㆍ중등교육법」 제2조에 따른 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관 포함)
② 「고등교육법」 제2조에 따른 학교(외국에 있는 이와 유사한 교육기관 포함)
③ 「평생교육법」 제5장에 따른 평생교육시설

나. 종교관련종사자가 받는 다음의 식사 또는 식사대

① 소속 종교단체가 종교관련 종사자에게 제공하는 식사나 그 밖의 음식물
② 위 ①에서 규정하는 식사나 그 밖의 음식물을 제공받지 아니하는 종교관련종사자가 소속 종교단체로부터 받는 월 10만원 이하의 식사대

다. 종교관련종사자가 받는 다음의 실비변상적 성질의 지급액

① 일직료ㆍ숙직료 및 그밖에 이와 유사한 성격의 급여
② 여비로서 실비변상 정도의 금액(종교관련종사자가 본인 소유의 차량을 직접 운전하여 소속 종교단체의 종교관련종사자로서의 활동에 이용하고 소요된 실제 여비 대신에 해당 종교단체의 규칙 등에 정하여진 지급기준에 따라 받는 금액 중 월 20만원 이내의 금액 포함)
③ 종교관련종사자가 소속 종교단체의 규약 또는 소속 종교단체의 의결기구의 의결ㆍ승인 등을 통하여 결정된 지급 기준에 따라 종교 활동을 위하여 통상적으로 사용할 목적으로 지급받은 금액 및 물품
④ 종교관련종사자가 천재ㆍ지변이나 그 밖의 재해로 인하여 받는 지급액

라. 종교관련종사자가 받는 다음의 6세 이하 보육수당
종교관련종사자 또는 그 배우자의 출산이나 6세 이하(해당 과세기간 개시일을 기준으로 판단한다) 자녀의 보육과 관련하여 종교단체로부터 받는 금액으로서 월 10만원 이내의 금액

마. 종교관련종사자가 받는 사택제공 이익 등

4) 종교인소득금액 가. 종교인소득 필요경비
종교인소득에 대하여는 다음 표에 따른 금액을 필요경비로 공제한다. 이 경우 종교관련 종사자가 받은 금액은 비과세소득을 제외한 금액으로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 다음 표에 따른 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.(「소득세법 시행령」 제87조 제3호)

종교관련 종사자가 받은 금액	필요경비
2천만원 이하	종교관련종사자가 받은 금액의 100분의 80
2천만원 초과 4천만원 이하	1,600만원＋2천만원을 초과하는 금액의 100분의 50
4천만원 초과 6천만원 이하	2,600만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 30
6천만원 초과	3,200만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 20

나. 종교인소득금액
종교인소득금액은 종교관련종사자가 해당 과세기간에 받은 금액(비과세소득 제외) 중 상기 표에 따른 필요경비를 공제한 금액으로 한다.

종교관련 종사자가 받은 금액	종교인소득금액
2천만원 이하	총수입금액×20%
2천만원 초과 4천만원 이하	총수입금액×50%－600만원
4천만원 초과 6천만원 이하	총수입금액×70%－1,400만원
6천만원 초과	총수입금액×80%－2,000만원

단, 실제 소요된 필요경비가 상기 표에 따른 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입하여 종교인소득금액을 산정한다.

5) 종교인소득의 신고ㆍ납부 방법 가. 종교단체가 원천징수를 하지 않는 경우
종교인소득을 지급하는 종교단체는 예외적으로 원천징수를 하지 않을 수 있으며, 이 경우 종교인소득을 지급받은 종교인은 다음해 5월말까지 종합소득과세표준을 신고하여야 한다.(「소득세법 제155조의 6) 다만, 종교인소득을 지급하고 원천징수를 하지 않은 종교단체는 다음 해 3월 10일까지 지급명세서를 제출하여야 하며, 미제출시 가산세가 부과된다.

나. 종교단체가 원천징수하는 경우

① 원천징수세액의 계산방법
종교인소득을 지급하는 종교단체는 종교인의 선택에 따라 ㉠ 종교인소득 간이세액표 또는 ㉡ 근로소득 간이세액표의 해당 세액에 개인지방소득세 특별징수분 100분의 10에 해당하는 금액을 원천징수하고 지급한다.
- ㉠ 종교인소득 간이세액표의 해당세액은 종교단체가 종교인소득(기타소득)으로 지급시 종교관련종사자가 연간 지급받는 금액 또는 월 지급액에 대하여 필요경비, 기본공제 및 세액공제 수준을 반영하여 원천징수할 세액을 계산한 금액이다. 종교인소득 간이세액표에서 월 급여액은 비과세 소득을 제외한 금액으로 하며, 전체 공제대상 가족 수는 기본공제대상자(본인 포함)에 해당하는 부양가족의 수를 말한다. 만약 공제대상 가족 중 추가공제(경로우대 및 장애인공제)가 있는 경우와 20세 이하의 자녀가 있는 경우 공제대상 가족 수에 해당 가족수를 가산한다.
- ㉡ 근로소득 간이세액표는 원천징수의무자가 근로자에게 매월분 급여를 지급하는 때에 원천징수해야 하는 세액을 연말정산시 추가납부 등에 따른 근로자의 부담을 분산하기 위해 급여수준 및 가족 수별로 정한 표이다. 근로소득으로 원천징수하는 경우에는 근로소득간이세액표에 따른 세액의 80%, 100%, 120% 중에서 선택할 수 있으며(원천징수의무자에게 ‘소득세 원천징수세액 조정신청서'를 제출하여야 함), 원천징수방식을 변경한 이후에는 재변경 전까지 계속 적용한다.(단, 변경한 과세기간에는 재변경 불가)
② 원천징수세액의 신고 및 납부 방법
종교인소득을 원천징수한 종교단체는 다음달 10일까지 원천징수이행상황신고서를 세무서에 제출하고 소득세 원천징수 세액과 지방소득세 특별징수분을 금융기관에 납부한다. 다만, 종교단체의 경우에는 상시고용인원에 관계없이 반기별 납부를 신청하여 승인을 받고 원천징수한 세액을 매 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지(7월 10일, 1월 10일) 신고ㆍ납부할 수 있다.
③ 연말정산 및 지급조서 제출
근로소득이나 기타소득으로 원천징수한 자는 모두 연말정산을 하여야 한다. 즉, 종교인소득을 지급하고 그 소득세를 원천징수하는 자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 종교인소득을 지급할 때(2월분의 종교인소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 종교인소득이 없는 경우에는 2월 말일로 함), 또는 해당 종교관련종사자와의 소속관계가 종료되는 달의 종교인소득을 지급할 때 해당 과세기간의 종교인소득에 대하여 연말정산하여 원천징수하고, 3월 10일까지 원천징수이행상황신고서와 지급명세서 등을 제출한다.
반기별 납부 원천징수의무자인 경우 지급명세서 등은 3월 10일까지 제출하고 원천징수이행상황신고서(상반기 지급분＋연말정산분)는 반기별 원천징수 내역을 포함하여 7월 10일까지 제출한다.
④ 종합소득세 과세표준 확정신고
종교인소득을 연말정산한 후 원천징수되는 기타소득으로서 종교인소득 또는 근로소득만 있는 자는 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 다른 소득이 있는 경우에는 다음해 5월말까지 종합소득과세표준을 확정신고하여야 한다.

6) 종교인의 퇴직소득 종교관련종사자가 현실적인 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득은 퇴직소득으로 보아 2018.1.1. 이후 지급하는 분부터 소득세를 과세한다.(소령 §42의 2 ④ 4호)

(5) 지방세 과세특례 1) 종교단체 또는 향교에 대한 지방세특례 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제하고, 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용(종교단체 또는 향교가 제3자의 부동산을 무상으로 해당 사업에 사용하는 경우를 포함)하는 부동산(건축물의 부속토지를 포함)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함) 및 지역자원시설세를 각각 면제한다. 다만, 다음의 경우에는 면제된 취득세를 추징하며, 재산세는 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제1항, 제2항)

1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우
2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우
3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

사찰림(寺刹林)과 「전통사찰의 보존 및 지원에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 전통사찰이 소유하고 있는 경우로서 같은 조 제3호에 따른 경내지(境內地)에 대해서는 재산세(도시지역분 재산세 포함)를 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제하지 아니한다.(「지방세특례제한법」 제50조 제5항)

대법원2011두15183, 2012.05.24
선교단체 대표자 사택으로 사용한 경우 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.선교단체 대표자 사택으로 사용한 경우 종교사업을 수행함에 있어 필요불가결한 중추적 지위에 있다고 보이지 않고, 그 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.
대법원2009두4708, 2009.05.28
교회의 부목사 사택으로 제공된 부동산들은 교회의 목적 사업에 직접 사용되는 것이라고 할 수 없다.
서울고법2002누6325, 2005.01.13
종교단체가 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우 종교단체의 사업에 직접사용하고 있다 하여 취득세, 등록세를 비과세하기 위하여는 교역자가 당해 종교단체에서 필요불가결한 중추적 지위에 있어야 한다. 이와 달리 납세의무자는 단순한 종무보조업무에 종사함으로서 이와 같은 전제에서 한 처분은 적법하다.
대법원2016두37430, 2016.07.07
직선거리 200m 초과한 경우 부설주차장 설치기준에 불부합하여 종교시설의 부설주차장으로 볼 수 없다.
조심2012지815, 2014.02.17
종교단체로 등록하지 아니한 채 사실상 종교목적 사업을 수행하고 있는 경우에 종교 사업을 목적으로 하는 단체로 볼 수 있다.

2) 사택용 부동산을 취득한 경우 지방세특례 적용 여부 종교단체의 취득세 면제에 대하여 현행 판례는 종교단체가 소속 교역자의 사택용으로 부동산을 취득한 경우에 이를 종교단체가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 것으로 보기 위해서는 적어도 그 교역자가 당해 종교단체의 필요불가결한 중추적 지위에 있음을 요하고 있다.(대법원 97누14644, 1997.12.12.; 대법원 89누2608, 1989.11.14.) 따라서 중추적 지위에 있지 않은 교역자(원로목사, 부목사, 전도사 또는 종무보조업무자 등)가 사용하는 사택은 취득세 및 재산세 면제대상이 아닌 것으로 보아야 한다. (대법원 2011두15183, 2012.05.24.; 대법원 2009두4708, 2009.05.28.; 서울고등법원 2002누6325, 2005.01.13.)

3) 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당하는지 여부 토지를 취득할 때 이미 유예 기간 안에 고유 업무에 사용할 수 없는 법령상ㆍ사실상의 장애 사유를 알고 있었고, 취득 후에 당해 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 것도 동일한 사유 때문이라면 취득 전에 존재한 외부적 사유가 충분히 해소 가능한 것이고 실제 그 해소를 위하여 노력하여 이를 해소하였는데도 예측하지 못한 전혀 다른 사유로 고유 업무에 사용하지 못하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 외부적 사유는 당해 토지를 고유 업무에 사용치 못한 정당한 사유가 될 수 없다.(대법원 2000두10038, 2002.4.26.).

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