TOP

예규판례해설

예규판례에 대한 전문가 해설을 확인하세요.

세무 > 예규판례 > 예규판례해설

이전
보관
메일
인쇄
제목 법인세 결산 실무자가 알아야 할 주요 예규 해설
저자 박교원  - 세무사 세무법인 한백택스 등록일 2019.12.04
세목 법인세 관련문서번호 사전법령법인-285, 2019.07.16
1. 들어가는 말
연말까지 두 달 정도 남은 현재 법인의 세무 실무자는 법인 결산 관련 개정세법, 계정 및 장부 정리를 미리 검토하고 법인세 실무를 준비하고 있을 시기이다.

이에 못지않게 중요한 것이 법인세 관련 주요 최신 예규 등 해석 사례일 것이라 판단하여 최근 생산된 예규 등에 대해 실무자 입장에서 살펴보고자 한다.
2. 직전 사업연도에 중소기업으로서 결손인 경우, 당해 사업연도의 중간예납세액 납부의무가 면제되는지 여부
(1) 사례분석
경영컨설팅 전문서비스 법인으로 직전 사업연도에 중소기업으로서 결손 등으로 가산세를 포함하여도 「법인세법」 제63조의 2 제1항 제1호에 따른 계산식에 따라 계산한 금액이 30만원 미만에 해당한다.

(중소기업)
직전 사업연도당해 사업연도
결손중간예납세액 30만원 미만인 경우
중간예납세액 납부의무 면제 여부?

이와 같이 직전 사업연도에 중소기업으로서 결손 등으로 법인세 산출세액(가산세 포함)이 없는 경우 2018.12.24. 신설된 「법인세법」 제63조 제1항 제2호(직전 사업연도의 중소기업으로서 제63조의 2 제1항 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액이 30만원 미만인 내국법인은 중간예납세액 납부의무를 면제)에 따라 중간예납세액 납부의무가 면제되는지 여부
(2) 관련 규정 검토
1) 중간예납
각 사업연도의 기간이 6개월을 초과하는 법인이 그 사업연도 개시일부터 6월간을 ‘중간예납기간’으로 하여 그 기간에 대한 법인세를 사업연도 중간에 미리 납부한다.
2) 중간예납대상 법인
사업연도가 6월을 초과하는 법인은 중간예납의무가 있으나 다음의 법인은 중간예납의무가 없다.
  • 사립학교법인, 산학협력단, 국립대학법인(서울대학교, 울산과학대학교, 인천대학교)
  • 직전 사업연도 중소기업으로 직전 사업연도 산출세액 기준 계산 금액이 30만원 미만인 법인
    영세 중소기업의 부담 완화를 위해 직전 사업연도 중소기업으로 직전사업 연도 산출세액 기준 계산 금액이 30만원 미만인 법인에 대해 중간예납의무 면제 대상으로 추가하여 2019.1.1. 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용한다(2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것).
  • 신설법인의 최초 사업연도
    합병 또는 분할에 의하여 신설된 법인은 최초 사업연도에도 중간예납을 하여야 한다.
  • 세무서장이 중간예납기간 중 휴업 등의 사유로 사업수입금액이 없는 것을 확인한 법인(법인세법 제63조의 2 제5항)
  • 청산법인, 국내사업장이 없는 외국법인(법인세법 기본통칙 63-0…2)
3) 중간예납세액 계산방법
중간예납세액은 다음 어느 하나의 방법을 선택하여 계산한다(법인세법 제63조의 2).
  • 직전 사업연도의 산출세액을 기준으로 하는 방법
    중간예납세액 = (A - B - C - D) × 6 / E
    • A: 해당 사업연도의 직전 사업연도에 대한 법인세로서 확정된 산출세액(가산세를 포함하고, 법인세법 제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의 32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외)
    • B: 해당 사업연도의 직전 사업연도의 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액은 제외한다)
    • C: 해당 사업연도의 직전 사업연도에 법인세로서 납부한 원천징수세액
    • D: 해당 사업연도의 직전 사업연도에 법인세로서 납부한 수시부과세액
    • E: 직전 사업연도 개월 수, 이 경우 개월 수는 역에 따라 계산하되, 1개월 미만의 일수는 1개월로 한다.
  • 해당 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 하는 방법(가결산방법)
    중간예납세액 = (A - B - C - D)
    • A: 해당 중간예납기간을 1사업연도로 보고 법인세법 제2장제1절에 따라 계산한 과세표준에 법인세법 제55조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 법인세액
    • B: 해당 중간예납기간에 감면된 법인세액(소득에서 공제되는 금액은 제외한다)
    • C: 해당 중간예납기간에 법인세로서 납부한 원천징수세액
    • D: 해당 중간예납기간에 법인세로서 납부한 수시부과세액
4) 중간예납의 납부기한까지 중간예납세액을 납부하지 아니한 경우
반드시 가결산방법에 의해 중간예납세액을 계산하여야 하는 경우를 제외하고 직전 사업연도의 산출세액을 기준으로 하는 방법에 의해 중간예납세액을 계산한다.
5) 가결산방법에 의해 중간예납세액을 계산하는 경우
다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 가결산방법에 따라 중간예납세액을 계산한다.
결손 등으로 인하여 직전 사업연도의 법인세 산출세액이 없이 가산세로서 확정된 세액이 있는 법인의 경우에는 가결산방법에 따라 해당 중간예납세액을 계산하여 납부하여야 한다.
  • 직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액이 없는 경우
    직전 사업연도의 법인세 산출세액은 있으나 중간예납세액ㆍ원천징수세액 및 수시부과세액이 산출세액을 초과함으로써 납부한 세액이 없는 경우에는 “직전 사업연도의 법인세로서 확정된 산출세액이 없는 경우”로 보지 아니한다.
    이 경우 법인세 중간예납세액의 산정기초가 되는 ‘직전 사업연도의 법인세’라 함은 중간예납기간 종료일까지 신고(「국세기본법」에 의한 수정신고를 포함한다) 또는 결정ㆍ경정에 의하여 확정된 세액이나(법인세법 기본통칙 63-0…3) 중간예납세액의 납부기한까지 직전사업연도의 법인세가 경정된 경우에는 그 경정으로 인하여 감소된 세액을 차감하여 계산한다.
    유동화전문회사 등 법인세법상 소득공제대상 법인은 제외한다.
  • 해당 중간예납기간 만료일까지 직전 사업연도의 법인세액이 확정되지 아니한 경우
  • 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인의 분할 후 최초의 사업연도인 경우
(3) 검토 내용
결손 등으로 인하여 직전 사업연도의 법인세 산출세액이 없이 가산세로서 확정된 세액이 있는 법인의 경우에는 가결산방법에 따라 해당 중간예납세액을 계산하여 납부하여야 한다.

2018.12.24. 법률 제16008호로 개정된 것에 따르면 직전 사업연도 중소기업으로 직전 사업연도 산출세액 기준 계산 금액이 30만원 미만인 법인은 중간예납의무가 없는데 이 경우 「법인세법」 제63조의 2 제1항 제1호의 계산식에 따라 계산된 법인세로서 확정된 산출세액에는 가산세를 포함하며 「법인세법」 제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」 제100조의 32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외하여야 한다.

사례에 따르면 법인은 직전 사업연도에 중소기업으로서 결손 등으로 가산세를 포함하여도 직전 사업연도의 산출세액을 기준으로 하는 방법에 따라 계산한 금액이 30만원 미만에 해당하므로 개정된 세법에 따른 중간예납 의무 대상에서 제외됨에 타당할 것으로 판단된다.

따라서, 내국법인이 직전 사업연도에 중소기업으로서 직전 사업연도에 결손 등이 발생한 경우를 포함하여 「법인세법」 제63조의 2 제1항 제1호의 계산식에 따라 계산된 법인세로서 확정된 산출세액이 30만원 미만인 경우에는 「법인세법」 제63조 제1항 제2호에 따라 당해 사업연도의 법인세 중간예납세액을 납부할 의무가 없다(사전법령법인-439, 2019.08.29).
3. 공동경비 배부 시 사업연도를 나누어 각 기간의 매출액 비율로 배부할 수 있는지지
(1) 사례분석
1) 현황
A법인은 제품의 제조 및 수입판매를 영위하는 법인이며, A법인의 관계사인 B법인은 수입판매를 영위하는 법인으로 A법인과 B법인 모두 6월 말 법인이다.
A법인과 B법인은 사업의 효율적인 운영을 위하여 제품 판매, 재무, 마케팅, 법무, 인사 등을 수행하는 인력 및 사무실을 공동으로 사용하고 있다.
공동비용은 급여, 상여, 퇴직급여, 복리후생비, 교육훈련비, 감가상각비, 여비교통비, 접대비, 차량유지비, 임차료, 관리비, 지급수수료, 세금과 공과, 통신비, 소모품비, 보험료, 잡비 등이다.
A법인과 B법인은 공동경비를 「법인세법」 제26조 및 같은 법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목에 따라 해당 사업연도의 매출액 총액을 공동경비 배부기준으로 선택하여 적용 중이다.


업계의 경쟁이 심화되고 제품 판매 수익이 악화됨에 따라 A법인은 제품의 제조 및 수입판매를 중단하고, 대신 수입판매권리를 제3자에게 부여하고 그에 대한 대가로 소정의 사용료를 수취하는 사업으로 전환하기로 결정하여 C법인에 제품을 수입 및 판매할 수 있는 권리를 부여하는 계약을 체결하였고, A법인이 제품의 직접 판매활동을 중단한 이후에도 브랜드의 상표권은 A법인이 소유하는바, C법인이 판매하는 제품에 대하여 C법인으로부터 일정금액의 로열티를 수령하는 계약도 동시에 체결하였다.
사업구조 변경으로 상품 및 제품판매에 따른 매출이 발생하나, 수입 판매권 대여에 따른 사용료 수익에 따른 매출이 발생하는바, 사용료 수익은 C법인이 판매하는 상품매출액에 일정금액으로 계산되어 과거의 상품 및 제품 매출액보다 현저하게 적은 금액이 된다.
 

2) 질의 내용
이와 관련하여 내국법인이 관계사와 인력 및 사무실을 공동으로 사용하면서 공동경비를 해당 사업연도의 매출액 총액으로 배부하던 중 사업구조의 변경으로 매출액이 현저히 감소한 경우 사업구조 변경 전 기간과 변경 후 기간으로 나누어 각 기간의 매출액 비율로 공동경비를 배부할 수 있는지 여부
(2) 관련 규정 검토
1) 과다경비 등의 손금불산입
다음의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다( 법인세법 제26조).
  • 인건비
  • 복리후생비
  • 여비(旅費) 및 교육ㆍ훈련비
  • 법인이 그 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 경영함에 따라 발생되거나 지출된 손비
  • ①부터 ④까지에 규정된 것 외에 법인의 업무와 직접 관련이 적다고 인정되는 경비로서 대통령령으로 정하는 것
2) 공동경비의 손금불산입
법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음의 기준에 따른 분담금액을 초과하는 금액은 해당 법인의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다(법인세법 시행령 제48조).
  • 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율
  • ① 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 비출자공동사업자라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음에 따른 기준
    • 비출자공동사업자 사이에 법인세법 시행령 제2조 제5항 각 호의 어느 하나의 관계(특수관계가 있는 경우)가 있는 경우(「법인세법 시행령」 제48조 제1항 제2호 가목)
      직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액(한 공동사업자가 다른 공동사업자의 지분을 보유하고 있는 경우 그 주식의 장부가액은 제외) 총액 중 법인이 선택하는 금액(선택하지 아니한 경우에는 직전 사업연도의 매출액 총액을 선택한 것으로 보며, 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 적용하여야 한다)에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율
      다만, 공동행사비 및 공동구매비 등에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 다음에 해당하는 기준에 따를 수 있다.
      구 분기 준
      공동행사비 등 참석인원 수에 비례하여 지출되는 손비 참석인원비율
      공동구매비 등 구매금액에 비례하여 지출되는 손비 구매금액비율
      공동광고선전비 국외 공동광고선전비수출금액(대행수출금액은 제외하며, 특정제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 수출금액을 말한다)
      국내 공동광고선전비기업회계기준에 따른 매출액 중 국내의 매출액(특정 제품에 대한 광고선전의 경우에는 해당 제품의 매출액을 말하며, 주로 최종 소비자용 재화나 용역을 공급하는 법인의 경우에는 그 매출액의 2배에 상당하는 금액 이하로 할 수 있다)
      무형자산의 공동사용료해당 사업연도 개시일의 기업회계기준에 따른 자본의 총합계액
    • ㉮ 외의 경우
      비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비로 한다. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 ㉮의 비율에 따른다(「법인세법 시행령」 제48조 제1항 제2호 나목).
3) 매출액과 총자산가액의 범위 등
공동경비 손금불산입 관련 비출자공동사업자 사이에 특수관계가 있는 경우 손금 산입기분에 적용되는 매출액 및 총자산가액은 기업회계기준에 따른 매출액 및 총자산가액으로 한다(법인세법 시행규칙 제25조).
이 경우 매출액은 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자업자, 투자매매업자 또는 투자중개업자의 경우에는 법인세법 시행령 제42조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 산정한 금액으로 할 수 있다.
<법인세법 시행령 제42조 제1항 제1호 및 제2호에 따라 산정한 금액>
  • 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자매매업자 또는 투자중개업
    • 매출액 + 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제6조 제1항 제2호의 영업과 관련한 보수 및 수수료의 9배에 상당하는 금액
  • 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자업자
    • 매출액 + 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제20항에 따른 집합투자재산의 운용과 관련한 보수 및 수수료의 9배에 상당하는 금액
(3) 검토 내용
법인이 해당 법인 외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 법령에서 정한 분담금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다.

비출자공동사업자 사이에 특수관계가 있는 경우 직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액과 총자산가액 총액 중 법인이 선택하는 금액에서 해당 법인의 매출액(총자산가액 총액을 선택한 경우에는 총자산가액을 말한다)이 차지하는 비율을 공동경비에 비해 분배기준으로 할 수 있다.

사례에서 A법인과 B법인은 공동경비를 해당 사업연도의 매출액 총액을 공동경비 배부기준으로 선택하여 적용 중이다.

내국법인이 특수관계에 해당하는 사업자와 출자 없이 동일한 조직을 공동으로 운영함에 따라 발생되거나 지출된 손비에 대한 분담기준을 선택한 경우에는 「법인세법 시행령」 제48조 제1항에 따라 선택한 사업연도부터 연속하여 5개 사업연도 동안 그 선택한 방법을 계속 적용하여야 한다.

또한 분담기준을 변경할 수 있는 사유 및 변경방법 등을 법령에서 별도로 규정하고 있지 않다.

따라서, 내국법인이 특수관계인인 다른 내국법인과 인력 및 사무실을 공동으로 사용하면서 발생한 비용을 「법인세법 시행령」 제48조 제1항 제2호 가목에 따라 해당 사업연도의 매출액 비율로 배부하던 중 사업구조의 변경으로 해당 내국법인의 매출액이 현저히 감소한 경우 사업구조를 변경한 사업연도에 발생하는 공동경비는 사업구조 변경 전 기간과 변경 후 기간으로 사업연도를 나누어 배부될 수 없고 연간 매출액을 기준으로 배부되어야 한다(사전법령법인-285, 2019.07.16.).
4. 법인세 관련 과소신고 가산세 적용여부
(1) 사례분석
1) 현황
국세기본법 제13조 제2항에 따른 ‘법인으로 보는 단체‘인 종중이 토지를 매도한 후 이를 양도소득세 과세대상 토지로 잘못 판단하여 양도소득세를 신고ㆍ납부하였다.
2) 쟁점
이 경우, 기납부한 양도소득세를 취소하고 매매차익에 대한 법인세를 납부하고자 할 때, 법인세 관련 과소신고 가산세 적용여부

(종중) 토지 양도
양도소득세 신고 및 납부기납부한 양도소득세 취소
매매차익에 대한 법인세 납부 시
가산세 적용 여부
(2) 관련 법령 검토
1) 가산세 감면 등
정부는 국세기본법법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 국세기본법 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다(국세기본법 제48조).
2) 정당한 사유
납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 ‘정당한 사유’가 있는 때에는 「국세기본법」 제48조 제1항에 의하여 해당 가산세를 부과하지 아니하는바, 이때의 ‘정당한 사유’란 납세자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 이를 정당화할 수 있는 사정이 있거나, 그 의무이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 할 만한 사정이 있을 때를 말하는 것으로 이에 해당되는지 여부는 개별적 사안에 따라 판단한다(징세과-1388, 2009.03.11.).
3) 법령의 부지ㆍ착오 등
특별부가세는 자산의 양도에 의하여 과세요건이 성립하는 법인세의 일종으로서 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당되는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 또 개정 법률이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 모두 소멸하는 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 종전의 법률 부칙의 경과 규정도 모두 실효된다고 보아야 한다.
정리회사가 자기 나름의 해석에 의하여 특별부가세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지는 오해에 불과하고, 그 밖에 특별부가세 납부의무를 게을리한 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.
세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원2002두10780, 2004.06.24.).
4) 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립
기술료 분배금이 분쟁으로 중재 절차가 진행되는 동안 법인세법시행령이 개정되어 과세대상으로 변경된 상황에서 과세관청인 피고 등도 원고가 중재판정결과 일시에 수령한 이 사건 기술료 분배금의 세무처리와 관련하여서는 그것이 과세대상인지 여부와 익금으로 귀속될 연도 등에 관하여 확실한 견해를 가지지 못하였던 것으로 보이므로, 이러한 사정이라면 납세의무자인 원고가 과세대상 여부나 귀속년도 등을 정확하게 인식하지 못한 것이 무리가 아니라고 보인다.
법인세법상 무신고가산세 및 무납부가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세 의무자인 법인으로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부를 의무 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원2006두7133, 2006.08.24.).
(3) 검토 결과
국세기본법에 의한 법인으로 보는 단체인 종중은 비영리법인으로 법인세법 제4조 제3항에서 열거하고 있는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득과 토지 등의 양도차익에 대해서 법인세를 신고 및 납부해야 한다.
비영리법인이 토지를 매도한 후 이를 양도소득세 과세대상 토지로 잘못 판단하여 납세자의 귀책사유로 매매차익에 대한 법인세로 신고하여야 할 것을 양도소득세로 신고한 것은 법령의 부지ㆍ착오 등에 의한 것으로 이는 「국세기본법」 제48조 제1항 소정 가산세 감면의 정당한 사유에 해당하지 아니한다(서면징세-1508, 2019.08.06)[징세과-5744].
예규판례
빠른 답변보증! 서비스별 Q&A 바로가기
전화문의 평일 : 09:00~18:00
토/일요일, 공휴일 휴무
회원가입/세금계산서 문의 02-2231-7027 택스넷 이용/서비스 문의 02-2262-5726 도서 구입 문의 02-2231-7027~9 세무상담실 02-2237-9020