• 가. 제약회사인 청구법인은 2014년도 중 영업사원에 대한 사기진작과 기업충성도 향상으로 영업력 극대화를 제고하기 위하여 영업부 각 지점과 본사 마케팅팀 및 영업관리팀 직원 등 174명의 자가 차량 사용에 대한 차량유지비 지원을 위해 이들에게 주유상품권(이하 “쟁점주유상품권”이라 한다)을 각각 지급하는 한편,
  법인의 운영비(부장~주임 각 700,000원, 사원 600,000원), 회의비(부장~차장 각 400,000원, 과장~사원 200, 000원), 신규 개척비(영업부직원 동일 300,000원) 등의 명목으로 본사 재경팀에서 기프트카드(이하 “쟁점기프트카드”라 한다)를 일괄 구매하여 본부장을 통하여 각 영업사원에게 동 카드를 지급한 후 개인별 수령증을 받아 본사에 제출하도록 하였으나, 매월 동 쟁점주유상품권 및 쟁점기프트카드 지급액 3,979,920,000원(이하 “쟁점근로소득”이라 한다)에 대한 세액 718,756,190원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 원천징수를 하지 아니하였다가, 2020.3.10. 수정신고를 하고 2020.3.31. 쟁점세액을 납부하였다.



• 나. 이후 2020.9.1. 청구법인은 2020.3.10.자 원천세 수정신고 및 2020.3.31.자 동 수정신고에 따른 납부가 「국세기본법」 제26조의 2 제1항 제3호, 같은 법 제46조 제2항 및 동 시행령 제12조의 3 제2항 제1호의 규정 등에 따라 원천세 부과제척기간의 만료를 이유로 하여 처분청에 원천세 수정신고환급을 청구하였으나, 처분청은 2020.10.28. 아래의 내용과 같이 이를 거부처분하였다.

(1) 청구주장

• (가) 청구법인의 쟁점주유상품권 및 쟁점기프트카드 지급액에 대한 원천징수의무는 국세 부과제척기간이 만료가 되어 납세의무가 소멸되었다.
  
  
  • 1) 원천징수하는 소득세의 경우 당시의 「국세기본법」 제21조 제2항 제1호의 규정에 의거 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립되고, 제22조(납세의무의 확정) 제2항 제3호의 규정에 따라 납세의무가 성립하는 때에 그 세액이 확정된다고 규정하고 있는바, 2014.12.31. 이전 수정신고의 경우 같은 법 제46조 제1항 및 제2항²⁾의 규정에 따라 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 부족한 금액과 가산세를 반드시 납부해야만 적법한 신고로 그 확정력이 인정된다.
    한편, 제26조(납부의무의 소멸) 제2호에서 제26조의 2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때에 납세의무가 소멸된다고 규정하고 있다.
    
    
    *2) 제46조(추가자진납부)
    ① 세법에 따라 과세표준신고액에 상당하는 세액을 자진납부하는 국세에 관하여 제45조에 규정된 과세표준수정신고서를 제출하는 납세자는 이미 납부한 세액이 과세표준수정신고액에 상당하는 세액에 미치지 못할 때에는 그 부족한 금액과 이 법 또는 세법에서 정하는 가산세를 과세표준수정신고서 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.
    ② 제1항에 따라 국세를 추가하여 납부하여야 할 자가 납부하지 아니한 경우에는 제48조 제2항 제1호를 적용하지 아니한다. (2014.12.23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)
  
  
  • 2) 같은 법 제26조의 2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제12조의 3 제2항 제1호의 규정에 따라 원천징수하는 소득세의 부과제척기간은 5년인 것으로, 국세청 행정해석(징세 46101-477, 1999.11.16., 원천세과-1411, 2008.7.15., 서면1팀-1560, 2007.11.12.)도 원천징수의무자에 대하여 부과하는 국세의 부과제척기간은 「국세기본법」 제26조의 2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제12조의 3 제2항 제1호의 규정에 의하여 원천징수세액의 법정납부기한 다음 날로부터 5년이 적용된다고 일관되게 해석하고 있다.
    당시 청구법인은 매월 근로소득세를 원천징수ㆍ납부하고 있었으므로 2014년 중 매월 지급한 쟁점주유상품권과 쟁점기프트카드의 부과제척기간 기산일은 지급일의 다음 달로서, 원천징수이행상황신고서를 제출하고 납부한 날의 다음 날이므로 최종 2014년 12월 지급분에 대해서도 2015.1.11.부터 기산하여 이로부터 5년이 되는 날인 2020.1.11.에 부과제척기간 만료일이 된다.
  
  
  
  • 3) 처분청은 이 사건의 2014년 귀속 근로소득세의 부과제척기간 만료일은 2020.3.10.이라는 의견이나, 이는 국세청 해석(징세 46101-118, 1999.1.12., 징세 46101-719, 1999.3.29.) 등에 의한 것으로 보이는 바, 동 해석은 “「소득세법」에 의한 근로소득에 대하여 근로소득세를 원천징수의무자에게 과세하는 경우에 국세부과의 제척기간의 기산일은 당해 근로소득세액을 연말정산하는 시기의 다음 달 10일의 다음 날로 본다.”는 예규다. 그러나 이 사건은 현재까지 처분청이 원천징수의무자인 청구법인에게 원천세를 과세한 사실이 없으므로 동 해석에 따른 처분청 의견은 맞지 않다.
    따라서 청구법인이 2020.3.10. 수정신고하고 2020.3.31. 이를 납부한 근로소득 원천징수세액은 2020.1.11. 부과제척기간 만료 후 과오납부한 것에 해당하므로 이는 환급되어야 하고, 설령, 처분청의 의견대로 이 사건의 부과제척기간 만료일을 2020.3.10.로 본다 하더라도 2014.12.31. 이전 수정신고분의 경우 같은 법 제46조 제1항 및 제2항의 규정(강행 규정)에 따라 과세표준 수정신고서 제출과 동시에 세액을 반드시 납부해야만 적법한 신고로 그 확정력이 인정되었으므로, 이 사건의 납부일이 처분청 의견의 부과제척기간(2020.3.10.)이 만료된 이후인 2020.3.31.에 납부되었기에 과오납부한 것에 해당되므로 처분청의 이 사건 환급거부처분은 취소되어야 한다.


• (나) 처분청의 환급거부처분에서 “2014년 귀속 근로소득세의 부과제척기간 만료일은 2020.3.10.이며, 부과제척기간 내 수정신고한 세액의 국세징수권 소멸시효는 수정신고일의 다음 날부터 기산된다.”는 의견에 대하여
  
  
  • 1) 청구법인은 당초 원천징수이행상황신고서 수정신고 시 매월 신고분에 대하여 각각 수정신고 하여야 하나, 본세 및 가산세에 미치는 영향이 없어 단순히 연말정산분에 대하여만 신고ㆍ납부한 사실이 있다.
  
  
  
  • 2) 청구법인이 원천징수하는 근로소득세는 매월 신고ㆍ납부하는 것으로 각 귀속 월별로 매월 상기 추가지급금액을 신고했어야 하나 현재까지 처분청이 부과처분한 사실이 없이 2020년 3월 연말정산분에 대하여 수정신고한 사실만 있고, 국세징수권의 소멸시효 대상금액은 본세’(각 월별 본세 금액이며, 이는 5억원 미만)에 해당하며 「국세기본법」 제27조 제1항 제2호에 해당하므로 소멸시효는 5년에 해당한다.
  
  
  
  • 3) 국세징수권의 소멸시효기산일은 현재 조항이 삭제되었으나 「국세기본법 시행령」 제12조의 4 제2항(개정 전, 2007.2.28.)의 규정에 따라 원천징수 법정 신고납부일의 다음 날로 보아 최종 월인 2014년 12월분의 경우에도 2015.1.11.이 기산일이며 이로부터 5년이 되는 소멸시효는 2020.1.11.에 완성된다.
    따라서 2020.3.10. 수정신고하고 2020.3.31. 납부한 근로소득 원천징수세액은 국세징수권의 소멸시효 완성 후 과오납하였으므로 이는 환급되어야 한다.

(2) 처분청 의견

청구법인은 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 납부기한(2015.3.10.)이 지난 후 5년이 도과한 2020.9.1. 처분청에 환급청구를 하였는바, 이는 적법하지 아니하므로 처분청의 거부통지에 불복하여 제시한 이 건 심판청구는 적법하지 아니하고, 또한 청구법인은 부과제척기간 내에 적법하게 수정신고 하였으며, 이에 대한 국세징수 소멸시효가 완성되지 않았으므로 처분청의 경정청구 거부처분은 적법하다.

• 1) 「국세기본법」 제45조의 2 제1항에서는 법정신고기한까지 제출한 최초신고 또는 수정신고의 결정 또는 경정을 구하는 청구는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 할 수 있다고 규정되어 있는바, 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 법정신고기한은 2015.3.10.이고, 이로부터 5년이 되는 날은 2020.3.10.이며, 청구법인이 주장하는 바에 따라 법정신고기한을 2015.1.10.로 본다면 도과기간은 더욱 늘어나게 되는데, 청구법인이 법정신고기한으로부터 5년이 지난 2020.9.1.에 환급을 신청하였으므로 이는 부적법한 청구다.



• 2) 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 부과제척기간 기산일은 2015.3.11.이고, 만료일은 기산일로부터 5년이 되는 날인 2020.3.10.이다.
  원천징수하는 소득세의 경우 「국세기본법」 제21조 및 제22조에 따라 납세의무가 성립하는 때에 그 세액이 확정되고, 「소득세법」 제128조 제1항에 의하면 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 납부하여야 하며, 「소득세법」 제134조 제2항에서는 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때 같은 법 제137조에 따른 연말정산분을 원천징수하도록 되어 있는바, 2014년 귀속 원천징수분 소득세의 법정납부기한은 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 원천징수분 소득세 징수일이 속하는 다음 달 10일인 2015.3.10.로 보아야 한다.
  「국세기본법 시행령」 제12조의 3 제2항 제1호에서 원천징수의무자 또는 납세조합에 대하여 부과하는 국세의 경우 부과제척기간의 기산일은 법정납부기한의 다음 날로 규정하고 있고, 다수의 국세청 유권해석에서 원천징수의무자에게 부과하는 근로소득세의 부과제척기간 기산일은 당해 근로소득세액을 연말정산하는 시기의 다음 달 10일의 다음 날로 보고 있는바, 원천징수의무자가 납부하는 소득세의 법정납부기한은 연말정산하는 시기의 다음달 10일로 보아야 하고(국세청 서면2015-징세-1058, 징세 46101-118 외), 따라서 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 부과제척기간 만료일은 2020.3.10.이므로 청구법인의 수정신고는 적법하다.



• 3) 부과제척기간 내에 수정신고한 세액의 국세징수권 소멸시효는 수정신고일의 다음 날부터 기산되는 것이다.
  「국세기본법」 제45조에 의하면 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 부과제척기간이 끝나기 전에 과세표준수정신고서를 제출할 수 있고, 같은 법 제22조의 2 제1항에 따라 수정신고의 효력이 발생하며, 청구법인은 원천징수하는 소득세의 경우 같은 법 제22조의 2 제1항 규정을 적용받을 수 없다고 주장하나, 국세청 유권해석에 따르면 원천징수의무자의 원천징수의무가 부과제척기간 이내에 성립한 경우, 소득귀속자의 부과제척기간이 만료되더라도 원천징수의무는 소멸하지 아니한다고 되어 있다(국세청 서면법령기본-21482, 2015.2.17.).
  「소득세법」 제70조 및 제73조에 따르면 근로소득만 있는 자에 대해서는 종합소득세 확정신고의 의무가 없고, 「국세기본법」 제45조의 2 제1항 및 제5항에서 근로소득만 있는 자의 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우, 법정신고기한이 지난 후는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후로 본다고 되어 있는바, 근로소득만 있는 자의 경우 원천징수의무자가 연말정산 또는 원천징수 납부의무를 이행한 때에 소득세 신고의무가 확정된 것으로 볼 수 있고, 이에 따라 「국세기본법」 제45조의 수정신고 및 같은 법 제22조의 2 수정신고의 효력도 적용된다고 볼 수 있다.
  대법원 판례[(대법원2003두8180, 2004.9.3.) 판결]에서 신고ㆍ납세방식의 조세는 납세의무자가 그 과세표준과 세액을 신고하는 때에 세액이 확정되어 신고와 함께 세액을 납부할 의무가 있는 것으로서, 납세의무자가 신고만 하고 납부하지 아니하여 과세관청이 아무런 경정 없이 신고내용과 동일한 세액을 납부하도록 하는 것은 징수처분에 지나지 않아 여기에 과세관청의 처분이 있었다고 볼 것은 아니라고 판시하고 있는바, 원천징수 소득세는 성립과 동시에 확정되는 세목으로 이에 대한 국세의 이행청구는 징수처분의 성격만을 가지는 것으로 볼 수 있을 것이다.
  결국, 청구법인은 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세를 부과제척기간 이내인 2020.3.10. 수정신고 하였고, 수정신고에 대한 국세징수권 소멸시효의 기산일은 수정신고일의 다음 날인 2020.3.11.부터 적용되는 것이므로 청구주장은 부당하다.

이 사건의 쟁점은 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세 수정신고ㆍ납부액이 부과제척기간과 국세징수권 소멸시효가 도과되어 납부된 과오납금이므로 이를 환급하여야 한다는 청구주장의 당부다.

• (가) 먼저, 이 건 심판청구가 부적법하다는 처분청의 의견에 대하여 보면, 「국세기본법」 제55조에서 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자는 그 처분의 취소ㆍ변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 55-0…3에서 법 제55조 제1항에서 필요한 처분을 받지 못한 경우라 함은 처분청이 국세의 환급신청 등에 관한 사항을 명시적 또는 묵시적으로 거부하는 것을 말한다고 하고 있으며, 「국세기본법」 제51조에서는 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있는데, 이는 과세관청이 과오납금을 국세환급금으로 결정하지 않는 경우에 이의 환급을 청구할 수 있다는 것으로, 과세관청이 오납금을 국세환급금으로 결정하지 않는 경우에 납세의무자는 「국세기본법」 제45조의 2 소정의 경정청구를 하거나, 같은 법 제51조 제1항 후단의 규정에 의한 환급청구를 할 수 있어(국심 2007서5238, 2008.10.15. 조세심판관합동회의 결정, 같은 뜻임) 이에 대한 과세관청의 거부처분은 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당한다 할 것이다.
  이 건에 있어 청구법인은 쟁점세액의 국세부과제척기간이 도과되거나 국세징수권 소멸시효가 완성된 후 법률상 원인 없이 잘못 신고ㆍ납부된 과오납금임을 이유로 경정청구 관련 규정이 아닌 「국세기본법」 제51조의 규정에 따라 과오납금의 환급을 구하고 있으므로, 이에 대한 거부처분은 「국세기본법」 제55조에서 규정하고 있는 필요한 처분을 받지 못한 경우에 해당한다고 보이는 점, 쟁점세액이 오납금에 해당하는지 여부와 관련하여 청구법인의 신고ㆍ납부행위가 국세부과제척기간이 도과되거나 국세징수권 소멸시효가 완성된 후에 이루어졌는지, 국세부과 제척기간 등의 기산일 산정에 필요한 원천징수분 근로소득세의 납부기한이 언제인지 등에 대하여 본안에서 다툴 실익이 존재하는 점 등을 고려하면, 결국 이 건 심판청구는 심리대상이 존재하므로 적법하다고 판단된다.



• (나) 다음으로, 쟁점세액이 국세부과 제척기간 등이 도과되어 신고ㆍ납부된 오납액인지 여부에 대하여 보면, 「국세기본법」 제21조 제3항 제1호에서 원천징수하는 소득세의 경우 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립하고, 같은 법 제22조 제4항 제2호에서 납세의무가 성립할 때에 그 세액이 확정된다고 규정하고 있으며, 같은 법 제26조의 2 제1항과 같은 법 시행령 제12조의 3 제2항 제1호에서 원천징수의무자 등에 대하여 부과하는 국세의 경우 부과제척기간은 해당 원천징수세액 등의 법정납부기한의 다음 날(기산일)부터 5년으로 하고, 같은 법 제27조 제4항에서 원천징수의무자 등으로부터 징수하는 국세의 경우 납세고지한 원천징수세액 등에 대해서는 국세징수권 소멸시효 기산일을 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날로 한다고 규정하고 있으며(2007.2.28. 삭제된 구 「국세기본법 시행령」 규정에서는 고지나 신고 구분 없이 해당 원천징수세액의 법정납부기한의 다음 날로 규정하였다), 같은 법 제26조 제2호 및 제3호에서는 법 제26조의 2에 따라 국세를 부과할 수 있는 기간에 국세가 부과되지 아니하고 그 기간이 끝난 때나 법 제27조에 따라 국세징수권의 소멸시효가 완성된 때에 납부의무가 소멸된다고 규정하고 있는바,
  처분청이 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 부과제척기간 만료일이 2020.3.10.이라는 의견으로 제시하는 「소득세법」 제134조 제2항과 제137조 규정은 연말정산에 따라 과세연도 전체 기준으로 종합소득금액과 산출세액이 재계산되어 추가로 납부(또는 환급)되는 세액(제137조 제1항 본문 괄호 참고)과 관련된 것인데, 동 규정에 따라 해당연도 근로소득금액에 근로소득공제가 적용되어 종합소득과세표준 금액이 재계산되고, 근로소득 간이세액표에 따라 월별로 납부된 원천징수세액이 종합소득과세표준에 따라 재계산된 산출세액과 정산(산출세액 산정 후 공제세액 등 조정)되는 것일 뿐, 동 규정에 따른 연말정산이 있었다 하여 월별로 이미 근로소득이 지급되어 원천징수의무가 확정되고, 법정납부기한(지급월의 다음 달 10일)이 정해진 부분이 연말정산 시기로 변경되거나 수정된다고 보기는 어려우므로, 이 건에 있어 2014년 1월부터 2014년 12월까지 이미 지급시기와 금액이 확정되어 있는 쟁점금액에 대한 원천징수세액의 법정납부기한은 지급된 월의 다음 달 10일이라 할 것이고, 쟁점금액 중 최종 지급된 2014년 12월분을 기준으로 하면 해당 월의 지급액에 대한 원천징수 소득세의 법정납부기한은 익월인 2015. 1.10.이라 할 것이므로, 쟁점금액에 대한 월별 원천징수 소득세액이 5억원 미만인 쟁점세액의 국세부과제척기간의 기산일은 2014.2.11.부터 2015.1.11.까지이고, 종료일은 이로부터 5년이 되는 2019.2. 10.부터 2020.1.10.까지로 봄이 타당한 점,
  처분청은 2014년 귀속 원천징수분 근로소득세의 부과제척기간 만료일이 2020.3.10.이고, 부과제척기간 내 수정신고한 세액의 국세징수권 소멸시효는 수정신고일의 다음날부터 기산된다는 의견이나, 쟁점세액의 부과제척기간 만료일은 위에 기술한 바와 같이 적어도 2020.1.10.로 청구법인의 추가 원천징수이행상황신고가 부과제척기간 내에 이루어졌다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인이 「국세기본법」 소정의 수정신고를 했다고 보기도 어렵고, 납세고지가 아닌 신고하는 원천징수세액의 국세징수권 소멸시효 기산일은 국세부과제척기간과 같이 법정납부기한의 다음날로 봄이 합리적인 점(현행 「국세기본법」 제27조 제4항 제1호에서 원천징수의무자 등으로부터 징수하는 국세의 경우, 납세고지한 원천징수세액 등에 대하여는 그 고지에 따른 납부기한의 다음 날을 국세징수권 소멸시효 기산일로 규정하고 있으나, 신고나 수정제출에 있어서는 규정이 없고, 다만, 개정 전 규정에서는 신고나 납세고지 구분 없이 원천징수세액의 법정납부기한의 다음 날을 기산일로 정하였다) 등에서 결국, 청구법인이 2020.3.10. 원천징수이행상황(수정)신고서를 제출하고, 2020.3.31. 납부한 쟁점세액은 국세부과제척기간이 도과되거나 국세징수권 소멸시효가 완성된 후 법률상 원인 없이 신고ㆍ납부된 오납액에 해당한다고 보이므로, 처분청이 청구법인의 쟁점세액에 대한 환급신청을 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

국세과오납부금액에 대한 환급청구의 처분성에 대하여 법원과 조세심판원은 아래와 같이 달리 판단하고 있다.

법원은 “「국세기본법」 제51조 및 제52조 국세환급금 및 국세가산금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청구권이 확정된 국세환급금 및 가산금에 대하여 내부적 사무처리 절차로서 과세관청의 환급절차를 규정한 것에 지나지 않고 그 규정에 의한 국세환급금(가산금 포함) 결정에 의하여 비로소 환급청구권이 확정되는 것은 아니다. 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환급거부결정 등은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다. 국민의 재판청구권은 국민으로 하여금 행정소송이 아닌 것에 대하여도 행정소송을 제기할 수 있도록 보장한 취지가 아니며, 이를 항고소송으로 본다면 오히려 국민은 다른 쟁송방법을 선택할 수 없게 되어 권리주장이 크게 제약되는 결과를 초래하고, 아무리 행정소송이 민사소송보다 신속한 권리구제방법이라고 하더라도 이러한 이유만으로는 행정소송이 아닌 것에 대하여 행정소송을 허용할 수 없다.”고 하여 국세환급금청구권을 민법상 부당이득반환청구권으로 보고 그 청구소송을 민사소송이라고 일관되게 판시³⁾하였다가,
대법원 전원합의체 판례⁴⁾에서 부가가치세 환급청구와 관련하여 납세의무자에 대한 국가의 부가가치세 환급세액 지급의무는 그 납세의무자로부터 어느 과세기간에 과다하게 거래 징수된 세액 상당액을 국가가 실제로 납부받았는지와 관계없이 법령의 규정에 의하여 직접 발생하는 것으로서, 그 법적 성질은 정의와 공평의 관념에서 수익자와 손실자 사이의 재산상태 조정을 위해 인정되는 부당이득반환의무가 아니라 부가가치세 법령에 의해 그 존부나 범위가 구체적으로 확정되고 조세정책적 관점에서 특별히 인정되는 공법상 의무라고 보아야 하므로 그 지급청구는 민사소송이 아니라 「행정소송법」 제3조 제2호에 규정된 당사자소송(當事者訴訟)⁵⁾의 절차에 따라야 한다고 하여 당사자 소송의 범위를 일부 확대하였다.

조세심판원은 국세환급금(환급가산금 포함)의 결정 또는 거부처분이 심판청구 대상인지 여부에 대하여 1993.3.4. 이전에는 과세관청의 국세환급금결정이나 환급거부처분이 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 될 수 없다는 대법원 판례의 입장을 취하여 국세환급금(환급가산금 포함)의 결정 또는 거부처분을 심판청구대상이 아니라고 보아 본안심리를 하지 아니하였다가(각하), 국세심판제도가 「국세기본법」 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 자에 대하여 그 처분의 취소변경이나 필요한 처분을 하도록 함으로써 위법 부당한 조세행정활동으로 부터 납세자의 권익을 보호하는데 그 취지가 있다고 하였다.
「국세기본법」 제51조 및 제52조에서 납세의무자가 국세, 가산금, 체납처분비 등으로 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급할 세액이 있는 때에는 즉시 과오납액, 초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 하고 환급가산금을 가산하여야 한다고 명시적으로 규정하고 있음에도 이를 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 될 수 없다는 대법원 판례의 입장을 취하여 국세심판으로 다툴 수 없도록 하는 것은 국세 등의 환급과 관련하여 국가에게 의무를 부여하고 있는 위 「국세기본법」 관련 규정이 국가에게 재량을 허용한 것처럼 해석될 소지가 있어 불합리하다는 것이다.
조세심판원은 이 경우 납세자에게 권리구제 측면에서 심히 불이익한 결과를 초래하게 된다는 판단으로 국세심판관합동회의 의결을 거쳐 국세환급금(환급가산금 포함)의 결정 또는 거부처분을 본안심리의 대상으로 보아 심리하여 인용결정하였다.
조세심판원은 이 사건에서도 국세부과제척기간 등의 기산일 산정에 필요한 원천징수분 근로소득세의 납부기한이 언제인지 등에 대하여 본안에서 다툴 실익이 존재하는 점 등을 고려하여 대상심판결정은 심리대상이 존재하므로 적법하다고 판단한바 타당한 결정이라고 본다.

• 가. 처분청은 「국세기본법」 제45조의 2에 따른 이 사건의 법정신고기한이 2015.3.10.이고, 부과제척기간은 이로부터 5년이 되는 날이 2020.3.10.이며, 법정신고기한이 2015.1.10.로 5년이 지난 2020.9.1. 환급청구는 부적합한 청구로 보아 거부처분하였으나,
  청구법인은 처분청에 「국세기본법」 제45조의 2에 따른 경정청구를 제기한 것이 아니라 같은 법 제51조(국세환급금의 충당과 환급) 제1항 및 제5항에 따라 오납금에 대한 환급청구를 한 것이므로 적법한 청구로 보이고, 위 규정은 납세의무자가 잘못 납부(오납)한 국세 등의 환급을 요구하는 경우 국세환급금으로 즉시 환급하도록 규정하고 있으며, 원천징수이행상황신고서는 「국세기본법」상 과세표준신고서가 아니므로 같은 법 제45조의 2에 의한 경정청구를 할 수가 없다고 보인다.⁷⁾
  *7) 국기, 질의회신 (징세과-3503, 2008.7.30.)


• 나. 처분청은 이 사건의 2014년 부과제척기간 기산일은 2015.3.11.이며, 그 만료일은 2020.3.10.이고 그 부과제척기간 기산일이 다음 날인 2015.3.11.이라는 의견이나, 이는 원천징수의무자에게 부과 징수하는 경우에 한하는 것(국세청 서면 2015징세1058)이므로 이 사건은 청구법인이 환급청구일 현재까지 처분청이 청구법인에게 아무런 부과 징수한 바 없으므로 청구법인에게 위 국세청 예규를 적용할 수 없다고 보인다.



• 다. 또한, 처분청은 「국세기본법」 제45조에 의한 부과제척기간 내에 수정신고한 세액의 징수권 소멸시효는 수정신고일의 다음 날부터 기산하는 것이라는 의견이나, 이 사건은 청구법인이 근로자에게 수입금액(쟁점근로소득금액)을 매월 지급하는 때에 납세의무의 성립 및 확정이 되므로 2014년 12월 지급분의 경우도 지급할 때 납세의무가 성립 및 확정되고, 다음 달 해당 세액을 2015.1.10.까지 납부하여야 하는바, 이 사건의 부과제척기간 기산일은 2015.1.11.이고 이로부터 5년이 되는 날인 2020.1.10.이 지나서 한 청구법인의 수정신고는 국세 부과제척기간 이내가 아닌 것으로 수정신고의 효력이 없어 보인다.
  법원[(대법원2009다11808, 2009.9.10.) 판결]도 국세부과제척기간이 경과 후에 한 수정신고는 다른 구제수단이 없는 경우에 해당하여 중대하고 명백한 하자로 인하여 당연무효로 판결한 바 있다.
  따라서 국세부과제척기간을 지나서 잘못 수정신고ㆍ납부한 쟁점세액은 환급되어야 마땅해 보이므로 이를 ‘인용’결정한 대상심판결정은 타당하다고 본다.