원고는 2002년 외국법인인 A가 60%를, 내국법인인 B, 외국법인인 C가 각 20%를 출자하여 설립한 비상장 주식회사로, 원고의 주주들인 A, B, C(이하 통칭하여 ‘이 사건 채권자들’이라 한다)는 원고에 대하여 후순위채권을 보유하고 있었다.

원고와 이 사건 채권자들은 2011년 원고에 대하여 보유하고 있는 이 사건 후순위채권을 현물출자하기로 계약을 체결하고, 구 상법이 정하고 있는 현물출자 절차에 따라 현물출자를 실시하였다(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다).

원고는 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다)이 정하는 비상장주식에 대한 보충적 평가방법에 따라 원고 주식의 1주당 가액을 xxxx원으로 산정하고, 이를 1주당 발행가액으로 하여 이 사건 현물출자에 대하여 합계 xxxx주의 신주를 발행하였다(이하 ‘쟁점 주식’이라 한다).

원고는 2008~2010사업연도 중 법인세 신고시 국외지배주주로부터 차입한 금액과 국외지배주주의 지급보증에 의하여 제3자로부터 차입한 금액 중 일정비율을 초과하는 금액에 대하여 구 국조법 제14조에 따른 배당간주이자 손금불산입액(이하 ‘쟁점 손금불산입액1’이라 한다)을 신고하였다.

또한 OO지방국세청장은 2010년 원고에 대한 법인제세 통합 조사를 실시한 결과, 원고의 2008~2009사업연도 법인세 소득금액 계산시 추가로 구 국조법 제14조에 따라 배당간주이자 손금불산입을 하였다(이하 ‘쟁점 손금불산입액2’라 하고, 쟁점 손금불산입액1과 통칭하여 ‘쟁점 손금불산입액들’이라 한다).

이후 OO지방국세청장은 2014년 원고에 대한 주식변동조사를 실시하였는데, 쟁점 주식에 대한 구 상증세법상 비상장주식의 보충적 평가방법 적용과 관련하여, 원고가 최근 3개 사업연도(2008~2010)의 1주당 순손익액을 산정하면서, 각 사업연도 소득금액에 상증세법 기본통칙 63-59…9 제2항에 따라 차감하도록 되어 있는 쟁점 손금불산입액들을 차감하지 아니하여 쟁점 주식이 과다하게 평가되었다고 보고, 이와 관련된 과세자료를 피고에게 통보하였다.

이에 따라 피고는, 원고가 이 사건 현물출자시 시가 ××××원[원고의 순손익액 계산시 쟁점 손금불산입액들을 차감하여 평가한 1주당 시가(××××원)와 쟁점 주식 ××××주를 곱한 금액] 상당의 쟁점 주식을 발행하여 ××××원[이 경우 1주당 발행가액은 ××××원(××××원 ÷ 쟁점 주식 ××××주)] 상당의 이 사건 후순위채권을 상환함으로써 그 차액인 ××××원 상당의 채무를 면제받은 것으로 보고, 2014. 10. 원고에 대하여 2011사업연도 법인세 ××××원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

이 사건의 쟁점은, 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 비상장주식의 시가를 산정함에 있어서 순손익액 계산시 국조법 제14조의 규정에 따라 배당으로 간주된 이자의 손금불산입 금액을 해당 사업연도 소득금액에서 차감해야 하는지 여부이다.

앞서 설명한 대로, 이 사건의 쟁점은 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 비상장주식의 시가를 산정함에 있어서 순손익액 계산시 국조법 제14조의 규정에 따라 배당으로 간주된 이자의 손금불산입 금액을 해당 사업연도 소득금액에서 차감해야 하는지 여부이다.

이에 대해 1심 법원(서울행정법원)은, 구 상증세법 시행령 제56조 제4항에 따른 순손익액을 계산함에 있어 가산하거나 차감하여야 할 항목을 정한 같은 항 제1호, 제2호의 규정이 열거규정이라는 전제 하에, 법령이 아닌 통칙에 규정된 ‘국조법 제14조의 규정에 따라 배당으로 간주된 이자의 손금불산입 금액’을 차감하는 것은 조세법률주의의 원칙에 어긋난다고 보았다.

그러나 위와 같은 1심 판결은 대법원 판례의 입장과 정면으로 배치된다. 법원은 이미 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제1호, 제2호를 예시적 규정에 불과하다고 보고, 위 규정에 열거되지 않은 항목이라도 주식의 가치에 영향을 미칠 수 있는 항목은 가산하거나 차감하여 손순익액을 산정하고 있다[(대법원2011두22280, 2013.11.14.) 판결, (대법원2008두4275, 2011.07.14.) 판결].

즉, 대법원은 기업의 손순익액 산정을 위한 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제1호, 제2호 규정을 예시적 규정으로 보고 있다. 이를 구체적으로 살펴보도록 한다.

위 사안에서는 2002년 내지 2004년 BB의 순손익액을 산정하는 것이 문제되었는데, 먼저, 법인세법상 각 사업연도의 소득 산정 시, 연구 및 인력개발준비금과 중소기업투자준비금 중 2002년에 793,894,040원， 2003년에 793,894,050원， 2004년에 1,460,560,719원의 금액이 환입되어 법인세 신고 시 익금에 산입되어야 한다는 점에 대하여서는 논란의 여지가 없었다. 이는 구 조세특례제한법 제4조 제2항 제1호, 제9조 제2항 제1호의 명문의 규정에 따라 익금 산입되어야 할 성질의 것이기 때문이다.
위 준비금은 일정한 정책적 목적을 달성하기 위하여 먼저 설정 사업연도의 소득금액 계산 시 이를 가공의 손금으로 산입하였다가 나중에 환입되는 사업연도에 그 환입액을 가공의 익금으로 산입하는 방법으로 일정 기간 동안 조세부과를 유예해 주기 위한 것에 불과하여 그 설정과 환입에 따른 손금이나 익금은 당해 법인의 손익이나 그 주식의 가치에 아무런 영향을 미칠 수 없음이 분명하였다.
문제는, 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호는 법인세법상 각 사업연도의 소득에서 차감할 항목을 정하고 있었는데, 위 ‘익금 설정한 준비금 환입액’은 열거된 항목에 없었다는 점이다. 게다가 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호는 문언 상 “손금에 산입하지 아니한 금액”을 차감한다고 규정하고 있어, 문언만으로는 도저히 ‘환입액으로서 익금 산입한 금액’을 다시 차감한다고 해석하기 어려웠다.
그럼에도 불구하고, 대법원은 순손익액 산정을 위한 구 상증세법 제56조 제4항의 규정은 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 취지이므로 같은 법 제2호에 명문의 규정 없이도 ‘익금에 산입되었던 환입액’을 차감하여야 한다고 판단했다[(대법원2011두22280, 2013.11.14.) 판결].

위 사안에서는 2002. 9. 14. 상속개시 당시 OO 주식회사의 순손익액을 산정하는 것이 문제되었는데, 법인세법상 1999 내지 2001 사업연도의 소득 산정 시, ‘퇴직급여충당금 과소계상액’은 장부에 계상되지 않은 금액이어서 반영될 수 없었다는 점에 대하여는 논란의 여지가 없었다.
문제는, (1) 법인세법상 각 사업연도의 소득에서 차감할 항목을 정한 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호에는 위 ‘퇴직급여충당금 과소계상액’이 열거된 항목에 없었다는 점이다. 게다가 (2) 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호는 문언 상 “손금에 산입하지 아니한 금액”을 차감한다고 규정하고 있어, 문언만으로는 도저히 ‘퇴직급여충당금 과소계상액’을 다시 차감한다고 해석하기 어려웠을 뿐만 아니라, (3) ‘퇴직급여충당금 과소계상액’은 법인세법의 조세정책 목적 상 익금불산입하거나 손금불산입한 금액이 아니라 단순히 장부에 누락한 금액에 불과하여 기왕에 이루어진 세무조정에 대한 반대조정의 일환으로 보기도 어려운 상황이었다.
이에 따라 원심은 구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제2호를 제한적 열거규정으로 해석하여 순손익액 계산 시 ‘퇴직급여충당금 과소계상액’을 차감할 수 없다고 판단하였으나, 대법원은 구 상증세법 시행령 제56조 제4항의 취지가 “평가기준일 현재의 주식가치를 정확히 파악하려는 데 있는 점”에 있으므로, 정확한 주식가치 파악을 위하여는 명문의 규정 없이도 ‘퇴직급여충당금 과소계상액’을 차감하여야 한다고 판단한 것이다[(대법원2008두4275, 2011.07.14.) 판결].

구 상증세법 시행령 제56조 제4항 제1호 및 제2호는 상당히 구체적으로 다양한 항목을 열거하고 있기 때문에, 조세법률주의 및 문리해석의 입장에서는 위 조항을 열거조항으로 해석하여야 한다는 주장도 가능하다. 그러나 위 조항만으로 다양한 형태로 발생되는 조세정책 목적상 익금불산입하거나 손금불산입한 금액을 모두 반영하기는 어렵다.

이러한 이유로 서울고등법원 및 대법원은 개별 사안에서의 구체적 타당성을 위해 위 조항을 예시규정이라고 판단하고, 비상장주식의 적절한 순손익액 계산을 위해서는 위 조항에 열거되어 있지 않은 항목이라도 반영하여야 한다고 판단한 것이다.

즉, 세법상 도출되는 순손익에는, 조세정책상 익금불산입하거나 손금불산입한 항목들이 다수 포함되어 있으므로, 이러한 효과들을 되돌려 해당 법인의 진정한 순손익을 계산하기 위해서는, 위 조항에서 언급된 사항 이외에도 다른 항목들도 당연히 반영하여야 한다.

구 국조법 제14조에 따라 손금불산입된 이자는 기업회계상 손비에 해당하나 법인의 소득을 산정함에 있어 과세정책상 손금불산입된 항목에 불과하여 정확한 주식가치 산정을 위하여서는 반드시 차감해야 하는 항목이라는 점에서, 2심(서울고등법원) 판결 및 3심(대법원) 판결의 결론이 타당하다고 생각된다.