(조세금융신문=이상현 기자)  주택재개발조합 법인이 조합원들의 낡은 주택 취득 날짜를 관리처분계획인가일로 소급해 계산, 늘어난 비용만큼  이미 납부한 법인세 일부를 돌려달라고 국세청에 (경정)청구했지만 국세청이 거절, 행정심판을 통해 돌려받은 사례가 최근 소개됐다.

국세청은 이 법인이 취득한 부동산의 취득시기를 관리처분계획인가일로 보기 어렵다고 본 반면 심판 당국은 심판청구 법인의 주장대로 관리처분계획인가일을 취득일로 볼 수 있다는 점은 인정했다. 다만 그에 따른 법인 측 소급 감정가액 계산은 문제가 있으니, 국세청이 다시 계산해서 과세하라는 취지로 ‘재조사’ 결정을 내렸다.

조세심판원(원장 이상률)은 4일 “주택재개발조합 등은 관리처분계획인가를 받은 날에 조합의 개발이익 등을 반영, 조합원의 권리가액을 정하고 있고 이에 따라 조합원들에게 청산금을 정산하고 있는 점 등을 고려, 지난 6월 하순 국세청에게 ‘해당 시점 기준으로 취득가액을 재조사해 법인세액을 다시 산정(경정)하라’고 결정(조심 2021부5760 , 2022.06.21)했다”면서 이 같이 밝혔다.

주택재개발조합 법인인 A사는 일정 구역 토지에 근린생활시설 4개동과 조합원분을 포함한 일반아파트 수백 세대를 짓는 재개발조합으로, 지난 2006년 4월28일 조합설립인가를 받았다. 2010년 5월13일 주택재개발사업에 대한 시행인가를 받았으며, 2015년 7월20일 관리처분계획인가를 받아 2018년 9월21일 입주자모집공고를 통한 일반분양 후 같은 해 12월1일 공사 착공, 만 3년 만인 지난 2021년 12월 29일 준공인가를 받았다.

A법인은 조합원으로부터 현물출자로 취득한 부동산 가액을 사업시행인가일(2010.5.13.) 기준으로 감정평가한 금액(종전감정가액)을 장부에 계상했고, 공사진행률에 따라 2018∼2019사업연도 법인세를 신고납부했다.

그 뒤 준공 10개월 전인 지난 2021년2월1일 부동산 취득가액을 종전감정가액에서 관리처분계획인가(2015.7.20.) 기준으로 소급감정한 금액으로 바꾼 가액으로 증액, 종전감정가액과의 차액 상당분을 재계산해서 2018∼2019사업연도의 분양원가에 비용으로 추가(손금산입), 같은해 4월21일 국세청에 “비용 인정분을 이미 납부한 2018, 2019사업연도 법인세에서 돌려 달라”는 취지의 경정청구를 제기했다.

국세청은 그러나 해당 부동산 취득시기를 관리처분계획인가일로 보기 어렵다고 봤다. 또 설혹 A법인 주장대로 관리처분계획인가일을 취득시기로 보더라도 바뀐 감정가액은 평가기준일로부터 5년 6개월 이후 이뤄진 소급감정평가로 객관적이고 합리적인 방법으로 평가됐다고 인정하기 어렵다고 난색을 표했다. 국세청은 결국 두 달 뒤인 같은 해 6월21일 경정청구를 거부하는 처분을 A법인에 통보했다.

A법인은 이에 불복, 국세청 이의신청 등 법정 절차를 거친 뒤 같은 해 9월10일 국무총리 조세심판원에 조세심판청구를 제기했다.

A법인의 청구건을 심리하게 된 조세심판원은 우선 주택재개발 사업에서 재개발조합 법인이 관리처분계획인가일을 기준으로 소급감정한 평가액을 조합원의 옛 주택 취득가액으로 인정할 수 있는 지 부터 법리를 살폈다.

결론부터 말하자면, 조세심판원은 A법인의 손을 들어줬다.

심판원은 “주택재개발조합 등은 관리처분계획인가를 받은 날에 조합의 개발이익 등을 반영, 조합원 권리가액을 정하고 있고 이에 따라 조합원들에게 청산금을 정산하고 있다”면서 A법인 주장대로 관리처분계획인가를 받은 날을 기준으로 취득가액을 산정할 수 있다는 점을 분명히 했다.

현행 ‘법인세법’ 제40조와 같은 법 시행령 제68조 제1항 제3호에 따르면, 상품 등 외 자산의 취득시기는 ▲대금청산일 ▲소유권이전등기일 ▲사용수익일 중 빠른 날이라고 규정하고 있다.

또 ‘ 도시 및 주거환경정비법’ 제49조 제6항에 따르면, 종전 토지 소유자 등은 관리처분계획 인가고시가 있는 때부터 종전의 토지 또는 건물을 사용수익할 수 없다고 규정하고 있다. 계획인가 시점부터 소유권이 옛 주택 소유자들로부터 재개발조합으로 넘어갔다고 보는 것이다.

심판원은 이에 따라 A법인이 관리처분계획인가를 받은 날부터 조합원들의 부동산에 대해 재산권을 행사(사용수익)할 수 있다고 봤다. 심판원은 “쟁점부동산의 대금청산 및 소유권이전등기가 위 관리처분계획인가일 이후 이뤄졌으므로 A법인이 관리처분계획인가일인 2015년 7월20일 쟁점 부동산을 취득했다고 보는 게 맞다”고 결정 취지를 밝혔다.

심판원은 다만 “국세청은 A법인 조합원들의 권리가액 등을 참고해 관리처분계획인가일을 기준으로 법인세를 다시 계산하라”고 주문했다.

구체적으로 “현행 ‘법인세법’ 제41조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제72조 제2항 제3호 나목에 따라 해당 주택의 취득가액을 재조사, 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다”고 결정문에 명시했다. A법인이 경정청구 때 제시한 자체 조합원주택 취득가액을 그대로 인정하지 않고, 국세청이 다시 알아내서 세금을 물릴 근거자료를 새로 마련하라는 취지다.

심판원은 A법인이 문제의 주택 취득가액 계산 때 적용했던 재감정 평가방법에 대해 조목조목 문제점을 짚었다.

A법인은 “바뀐 감정평가 때 사업구역 내 근처의 다른 땅값 평가사례에 따르면서 관리처분계획인가일 시점의 개별공시지가(산출단가)가 며칠새 급변했다”고 밝혔다.

또 “사업시행인가일로부터 관리처분계획인가일까지 소비자물가 상승률이 컸고, 사업구역 내 비교표준지의 개별공시지가도 크게 오르는 등 재개발사업에 미친 요인들을 고려해 감정가액을 변경한 것이 적정하다”고 심판원에 의견을 피력했다.

국세청은 이에 대해 “변경감정평가가 기존 토지의 물건이 존재하지 않아 개별적 특성이 강한 부동산을 현장실사 없이 감정한 것”이라며 “종전감정평가 감정내용에 지가변동률 등 일부 사항만을 수정 반영한 간이평가로 보인다”고 심판청구 심리과정에서 거듭 주장했었다.

국세청은 A법인이 변경감정평가 때 근거로 제시한 인근 평가사례 총 11필지 토지 중 ‘상속세 및 증여세법’상 평가기준일(2015.7.20.) 전·후 6개월 이내에 평가한 가액에 해당하지 않는 토지가 5필지라는 점도 제시했다. 게다가 비교한 근처 땅의 평가목적이 수용, 담보, 경매 등으로 A법인 조합주택에 대한 감정평가 목적과 다른 점, 근처 비교대상 토지는 대부분 상업용지라는 점 등도 비교대상 필지 선정이 자의적이며 주관적이고 비합리적인 증거로 제시했다.

심판원은 국세청의 이런 판단 대부분을 인정했다.

A법인이 “관리처분계획인가일을 조합원 주택 취득일로 봐야 한다”고 주장한 점을 인정하되, 단순히 주변 공시지가가 급등했다는 이유로 조합원주택가격도 덩달아 크게 폭등했다고 보고 소급해 감정가액을 크게 올려 잡은 것을 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 시가로 볼 수는 없다는 것.

심판원은 “현행 ‘법인세법’상 소급감정을 배제하는 규정을 두고 있지는 않지만, 변경감정가액이 객관적이고 합리적으로 평가된 시가인지 여부는 불분명한 측면이 있다”면서 “쟁점부동산의 실지 취득가액이 얼마인지에 대한 재산정이 필요해 ‘재조사’ 결정을 내린 것”이라고 설명했다.

[조세금융신문(tfmedia.co.kr), 무단전재 및 재배포 금지]