직접외국납부세액이란 외국정부(지방자치단체 포함)에 납부하였거나 납부할 다음의 세액(가산세 제외)을 말한다(법령 §94 ① 본문).
① 초과이윤세 및 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액
② 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세의 부가세액
③ 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세와 동일한 세목에 해당하는 것으로서 소득 외의 수익금액 기타 이에 준하는 것을 과세표준으로 하여 과세된 세액 직접외국납부세액은 내국법인이 직접 납부한 법인세이므로 조세조약에 관계없이 공제한다.
외국납부세액은 내국법인의 각 사업연도의 과세표준금액에 포함된 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 것으로 확정된 금액을 말한다(법기통 57－94…2). 따라서 납부한 외국납부세액뿐만 아니라 납부할 외국납부세액까지도 외국납부세액공제 대상이 된다.

다음의 경우에는 직접외국납부세액으로 보지 않으므로 외국납부세액공제를 받을 수 없다(법령 §94 ① 단서).
① 「국제조세조정에 관한 법률」(이하 “국조법”) 제12조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 않고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액 예를 들어, 국내모회사가 외국자회사에 정상가격을 초과하여 판매한 것에 대하여 외국자회사 소재지국에서 정상가격 초과분을 손금부인하여 과세소득이 증가한 경우 그에 대한 대응조정으로 국내모회사의 소득은 감액조정을 한다. 그 감액조정된 금액을 외국자회사에 돌려주지 않은 경우 국조법 제13조는 그 금액을 익금에 산입하지 아니한다고 규정한다. 그런데 외국자회사 소재지국에서 돌려받지 못한 금액을 국내모회사의 배당으로 과세하는 경우에 국내모회사가 외국에서 납부한 외국납부세액은 외국납부세액공제를 받을 수 없다. 왜냐하면 국내에서는 감액조정된 소득을 반환하지 않은 금액을 익금으로 보지 않으므로 국내에서는 과세되지 않아 국제적인 이중과세의 문제가 발생하지 않기 때문이다. ② 해당 세액이 조세조약에 따른 비과세ㆍ면제ㆍ제한세율에 관한 규정에 따라 계산한 세액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 세액
외국에서 조세조약에 위배하여 과세한 세금은 해당 국가에서 불복 또는 소송절차를 거쳐 환급받아야 할 금액이므로 외국납부세액공제를 적용하지 아니한다.

국외원천소득이 있는 내국법인이 우리나라와 조세조약을 체결한 상대국에서 당해 국외원천소득에 대해서 법인세를 감면받은 국외원천소득이 내국법인에게 계상되어 있는 경우, 감면받은 세액상당액을 당해 조세조약이 정하는 범위 내에서 외국납부세액으로 간주하는바, 이 간주외국납부세액은 외국납부세액공제의 대상이 되는 외국납부세액으로 본다(법법 §57 ③). 외국납부세액을 손금산입하는 방법을 선택한 경우 직접외국납부세액은 손금산입이 가능하나, 간주외국납부세액은 손금산입되지 아니한다.
간주외국납부세액공제제도는 일반적으로 개발도상국이 자국의 경제발전을 위하여 외국인투자자에 대하여 조세감면을 하는 경우, 감면세액을 사실상 감면받지 않고 원천지국에서 실지로 납부한 것으로 간주하여 외국납부세액에 포함시킴으로써 개발도상국의 조세감면효과를 실질적으로 외국투자자에게 귀속시키기 위한 것이다.

• 가. 일반적인 경우
  간주외국납부세액공제는 소득에 대하여 감면 등을 허용하는 국가와 조세조약이 체결되어 있고 조세조약상에 간주외국납부세액공제규정이 있는 경우에만 간주외국납부세액공제를 받을 수가 있다.
  또한 국외원천소득에 대한 면세가 상대국가의 특별 법률에 의하여 감면되는 경우에만 간주외국납부세액공제 대상이 된다.
  예컨대 내국법인이 조세조약이 체결ㆍ발효되어 있는 상대국가의 원천으로부터 취득하는 소득에 대하여 상대국가에 의하여 면세(비과세, 감면을 포함한다)받는 경우 당해 면세받은 금액에 대한 간주외국납부세액공제는 국외원천소득에 대한 면세가 상대국가의 특별 법률에 의한 감면이어야 하고, 상대국가와의 조세조약에 간주외국납부세액공제가 규정되어 있는 경우에 한하여 적용한다(법인 46012－1806, 1997.7.3.).
  그러나 최근 대법원은 한ㆍ중 조세조약 제10조 제2항 (가)목은 ‘배당의 수익적 소유자가 배당을 지급하는 회사의 자본 25% 이상을 직접 소유하는 회사(조합은 제외)인 경우’에는 이중과세를 최소화하고 국제투자를 촉진할 필요성이 일반적인 경우보다 크다고 보아 일반적인 경우에 적용되는 제한세율인 총배당액의 10%보다 낮은 5%의 한도 내에서만 배당소득에 대한 원천지국 과세를 인정하고 있는데, 이 사건 조항 후문은 그와 같은 경우에 실질적으로 투자유치의 효과를 거둘 수 있도록 일률적으로 10%의 세율이 적용되는 것으로 간주하여 외국납부세액을 산정하도록 하고 있으므로 한 중 조세조약 체약국의 의사에 따라 그 적용대상과 시한(2005.1.1. 이후 10년간 적용)이 명확히 한정되어 있는 만큼, 원천지국의 국내 법률에서 거주지국 투자회사가 받는 배당소득에 대한 세율이 변경되었다고 하여 그에 따라 이 사건 조항 후문의 의미가 달라진다고 보기 어렵다고 판결한 바 있다(대법원 2017두 61393, 2018.3.13., 판결, 대법원 2017두 62808, 2018.3.15., 판결 등 다수).


• 나. 당초부터 외국과세당국으로부터 과세되지 않는 배당금의 경우
  내국법인이 외국자회사로부터 수취하는 배당금 등을 내국법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 익금에 산입함에 있어 당해 익금에 산입되는 배당금이 당초부터 외국 과세당국으로부터 법인세가 과세되지 않는 경우에는 조세조약상의 간주외국 납부세액공제의 규정은 적용하지 아니한다. 다만, 동 배당금이 외국의 세법에 따라 법인세 과세대상이나 조세조약상의 규정에 의한 ‘조세경감 면제 또는 경제개발촉진을 위한 여타 조세유인조치에 관한 법률규정’ 등에 따라 법인세가 면제되는 경우에는 간주외국납부세액의 공제가 적용된다(법기통 57－0…3).

법인이 해외에 진출하는 방법에는 지점방식과 자회사방식이 있다. 지점은 내국법인의 한 부서이므로 외국지점에서 얻은 소득은 본점의 소득에 합산하고 외국지점이 납부한 세액은 본점에서 외국납부세액공제를 받을 수 있다. 반면에, 외국자회사는 별도 법인이므로 외국자회사의 소득은 모회사의 소득에 합산하지 않고 배당금을 받는 경우에 수입배당금액을 모회사의 소득에 포함하고 외국자회사가 납부한 법인세는 모회사가 직접외국납부세액으로 공제받을 수 없다. 이에 따라 지점방식의 진출보다 자회사방식의 지출이 조세부담면에서 불리하다는 문제가 있어서 1995년 말에 간접외국납부세액공제규정을 신설하여 1996.1.1.부터 적용하고 있다.
간접외국납부세액은 조세조약에 관계없이 적용한다. 그러나 2023.1.1.부터는 외국자회사 수입배당금액의 익금불산입규정이 적용되며, 해당 규정이 외국납부세액공제규정보다 우선한다. 따라서 외국자회사의 수입배당금액에 대하여는 외국자회사 수입배당금액의 익금불산입의 요건에 해당하지 않아 수입배당금액의 익금불산입규정이 적용되지 않는 경우에만 외국납부세액공제를 적용한다(법법 §57 ⑦).

• 가. 간접외국납부세액의 계산방법
  내국법인의 각 사업연도 소득금액에 외국자회사로부터 받은 이익의 배당이나 잉여금의 분배액이 포함되어 있는 경우 그 외국자회사의 소득에 대하여 부과된 외국법인세액 중 그 수입배당금액에 대응하는 것으로서, 다음과 같이 계산한 금액을 세액공제되는 외국납부세액으로 본다(법법 §57 ④).

  외국납부 세액공제액 = 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액 ×	수입배당금액
  	외국자회사의 해당사업연도 소득금액* - 외국자회사의 해당사업연도 법인세액

  * 간접외국납부세액공제 계산 시 ‘외국자회사의 해당 사업연도 소득금액’은 이월결손금을 차감한 법인세 과세표준을 의미한다(세원－456, 2010.10.19.).
  내국법인이 간접외국납부세액을 계산함에 있어 각각의 계산 항목(외국자회사의 해당 사업연도 법인세액, 수입배당금, 외국자회사의 해당 사업연도 소득금액)은 수입배당금의 재원이 된 해당 잉여금 등이 발생하는 각 사업연도별로 모두 외화로 계산하며, 세액공제 또는 손금산입되는 외국법인세액으로 보는 금액은 잉여금이 발생한 각 사업연도별 외국자회사의 법인세액을 자회사가 납부한 때를 기준으로 「법인세법 시행규칙」제48조에 따라 원화로 환산한다.
  간접외국납부세액 공제대상인 외국자회사란 내국법인이 직접 외국자회사의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 10%(「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 하는 외국법인의 경우에는 5%를 말한다) 이상을 해당 외국자회사의 배당기준일 현재 6개월 이상 계속하여 보유(내국법인이 적격합병, 적격분할, 적격물적분할, 적격현물출자에 따라 다른 내국법인이 보유하고 있던 외국자회사의 주식등을 승계받은 때에는 그 승계 전 다른 내국법인이 외국자회사의 주식등을 취득한 때부터 해당 주식등을 보유한 것으로 본다)하고 있는 법인을 말한다(법령 §94 ⑩). 2023 개정
  
  □ 간접외국납부세액공제 적용대상 해외자회사 요건 완화(법법 §57 ⑤, 법령 §94 ⑨)
  

  종 전	개 정
  □ 간접외국납부세액공제 ○ 적용대상 해외자회사 - 지분율 25%(해외자원개발사업을 하는 해외법인은 5%) 이상, 배당확정일 현재 6개월 이상 보유	□ 해외자회사 요건 완화 - 지분율 10%(해외자원개발사업을 하는 해외법인은 5%) 이상, 배당기준일 현재 6개월 이상 보유
  <신 설>	□ 주식 취득시기 명확화 • 6개월 보유기간 계산 시 적격구조조정(합병ㆍ분할ㆍ현물출자)으로 해외자회사 주식을 승계받은 경우는 승계받기 전 법인의 취득일을 기준으로 판단 ※ 해외자회사 배당금에 대해 익금불산입이 적용되지 않는 경우에 한해 적용

  <개정이유>
  해외자회사 배당금에 대한 이중과세 조정 합리화 * 배당소득 익금불산입 대상 해외자회사 요건과 일치 <적용시기>
  2023.1.1. 이후 배당받는 분부터 적용


• 나. 외국자회사의 해당 사업연도 법인세액
  “외국자회사의 해당 사업연도 법인세액”은 다음의 세액으로서 외국자회사가 외국납부세액으로 공제받았거나 공제받을 금액 또는 해당 수입배당금액이나 제3국(본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소 등을 둔 국가 외의 국가를 말한다) 지점 등 귀속소득에 대하여 외국자회사의 소재지국에서 국외소득 비과세ㆍ면제를 적용받았거나 적용받을 경우 해당 세액 중 50%에 상당하는 금액을 포함하여 계산한다. 수입배당금액(외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액을 포함한다)은 이익이나 잉여금의 발생순서에 따라 먼저 발생된 금액부터 배당되거나 분배된 것으로 본다(법령 §94 ⑧).
  ① 외국자회사가 외국손회사*로부터 지급받는 수입배당금액에 대하여 외국손회사의 소재지국 법률에 따라 외국손회사의 소재지국에 납부한 세액
  ② 외국자회사가 제3국의 지점 등에 귀속되는 소득에 대하여 그 제3국에 납부한 세액 * 외국손회사란, 다음의 요건을 모두 갖춘 법인을 말한다(법령 94조 10항).
  ① 해당 외국자회사가 직접 외국손회사의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 10%(「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 경영하는 외국법인의 경우에는 5%를 말한다) 이상을 해당 외국손회사의 배당기준일 현재 6개월 이상 계속하여 보유하고 있을 것 2023 개정 ② 내국법인이 외국손회사의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 10%(「조세특례제한법」제22조에 따른 해외자원개발사업을 경영하는 외국법인의 경우에는 5%를 말한다) 이상을 외국자회사를 통하여 간접 소유할 것. 이 경우 주식의 간접소유비율은 내국법인의 외국자회사에 대한 주식소유비율에 그 외국자회사의 외국손회사에 대한 주식소유비율을 곱하여 계산한다.


• 다. 잉여금이 누적되어 있는 경우 배당에 사용된 잉여금의 구분
  외국자회사가 이익을 전부 배당하지 않고 유보한 후에 배당을 하는 경우 어떤 잉여금에서 배당이 되었는지를 구분해야 한다. 「법인세법」은 수입배당금액(외국자회사가 외국손회사로부터 지급받는 수입배당금액을 포함한다)은 이익이나 잉여금의 발생순서에 따라 먼저 발생된 금액부터 배당되거나 분배된 것으로 본다고 규정하고 있다(법령 §94 ⑧).

외국납부세액공제를 받는 경우에는 세액공제대상이 되는 간접외국납부세액을 외국자회사의 배당확정일이 속하는 사업연도에 익금에 산입한 후에 외국납부세액공제를 하여야 한다(법법 §15 ② 2호).

간접외국납부세액의 공제시기는 외국자회사로부터 배당을 받은 날이 속하는 사업연도의 법인세 납부 시 공제한다.

내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 외국법인으로부터 받는 수입배당금액이 포함되어 있는 경우로서 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아닌 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담하는 등 다음의 어느 하나의 요건을 갖춘 경우에는 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 내국법인에게 부과된 외국법인세액 중 해당 수입배당금액에 대응하는 것으로서 외국납부세액을 세액공제 또는 손금산입의 대상이 되는 외국법인세액으로 본다(법법 §57 ⑥; 법령 §94 ⑬).
① 외국법인의 소득이 그 본점 또는 주사무소가 있는 국가(이하 “거주지국”이라 한다)에서 발생한 경우 : 거주지국의 세법에 따라 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아닌 그 주주 또는 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담하는 경우 ② 외국법인의 소득이 거주지국 이외의 국가(이하 “원천지국”이라 한다)에서 발생한 경우 : 다음의 요건을 모두 갖춘 경우
㉮ 거주지국의 세법에 따라 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아닌 그 주주 또는 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담할 것
㉯ 원천지국의 세법에 따라 그 외국법인의 소득에 대하여 해당 외국법인이 아닌 그 주주 또는 출자자인 내국법인이 직접 납세의무를 부담할 것

내국법인의 각 사업연도의 소득금액에 위 “1)”의 일정한 요건을 갖춘 외국법인의 수입배당금액이 포함되어 있는 경우 그 외국법인의 소득에 대하여 출자자인 내국법인에게 부과된 외국법인세액 중 다음의 계산식에 따라 해당 수입배당금액에 대응하는 금액을 공제대상 외국납부세액으로 한다(법령 §94 ⑭).

외국납부세액공제액은 다음과 같이 계산한다. 이 경우 여러 국가에서 외국납부세액을 납부한 경우에는 국가별로 구분하여 외국납부세액공제액을 각각 계산(국별한도방식)하여야 한다(법령 §94 ⑦).

법인세 산출세액은 해당 사업연도의 산출세액을 말하나 「법인세법」제55조의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세액 및 「조세특례제한법」제100조의 32에 따른 투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례를 적용하여 계산한 법인세액은 제외한다(법법 §57 ① 1호).

국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 과세표준 계산에 관한 규정을 준용해 산출한 금액으로 한다. 외국자회사 수입배당금액 익금불산입을 적용하는 경우 수입배당금액의 95%를 익금불산입하므로 5%가 과세표준에 포함되어 있다. 이 경우 해당 수입배당금액의 5%를 국외원천소득에서 제외해야 한다. 이는 「법인세법」제57조 제7항에서 「법인세법」제18조의 4에 따른 수입배당금액에 대해서는 공제한도규정인 제1항을 적용하지 않아야 하기 때문이다(법법 §57 ⑦). 2023 신설
이월결손금ㆍ비과세소득 소득공제는 다음과 같이 차감하여 국외원천소득금액을 계산한다(법령 §94 ⑥).
• 이월결손금 등 ┌ 발생된 국가가 분명한 경우 : 해당 국가의 소득금액에서 차감
                      └ 발생된 국가가 불분명한 경우 : 소득금액비율로 안분하여 차감
어느 국가의 소득금액이 결손인 경우의 기준 국외원천소득금액 계산은 각국별 소득금액에서 그 결손금액을 총소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율로 안분계산하여 차감한 금액으로 한다(법집 57－94－2).
외국납부세액의 세액공제방법이 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액(국외원천소득이 발생한 국가에서 과세할 때 손금에 산입된 금액은 제외한다)으로서 국외원천소득에 대응하는 다음의 비용(이하 “국외원천소득 대응 비용”이라 한다)을 뺀 금액으로 한다. 연구개발 관련 비용 등 기획재정부령으로 정하는 비용에 대하여 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택하여 계산하는 경우에는 그에 따라 계산한 금액을 국외원천소득대응비용으로 하고, 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택한 경우에는 그 선택한 계산방법을 적용받으려는 사업연도부터 5개 사업연도 동안 연속하여 적용해야 한다(법령 §94 ②).
① 직접비용 : 해당 국외원천소득에 직접적으로 관련되어 대응되는 비용. 이 경우 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용은 제외한다. ② 배분비용 : 해당 국외원천소득과 그 밖의 소득에 공통적으로 관련된 비용 중 다음의 배분방법에 따라 계산한 국외원천소득 관련 비용(법칙 §47 ③)
㉮ 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 동일한 경우의 공통손금 : 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
㉯ 국외원천소득과 그 밖의 소득의 업종이 다른 경우의 공통손금 : 국외원천소득과 그 밖의 소득별로 개별 손금액에 비례하여 안분계산

내국법인이 「조세특례제한법」제2조 제1항 제11호의 연구개발활동에 따라 발생한 비용(연구개발 업무를 위탁하거나 공동연구개발을 수행함에 따른 비용을 포함하며, 이하 “연구개발비”라 한다)에 대하여 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택하여 계산하는 경우에는 그에 따라 계산한 금액을 국외원천소득대응비용으로 하고, 기획재정부령으로 정하는 계산방법을 선택한 경우에는 그 선택한 계산방법을 적용받으려는 사업연도부터 5개 사업연도 동안 연속하여 적용해야 한다(법령 §94 ②; 법칙 §47). 이 경우 “기획재정부령으로 정하는 계산방법”이란 다음의 방법을 말한다. 다만, “②”에 따라 계산한 금액이 “①”에 따라 계산한 금액의 50% 미만인 경우에는 “①”에 따라 계산한 금액의 50%를 국외원천소득 대응 비용으로 한다(법칙 §47 ②).

• ① 매출액 방법 : 해당 사업연도에 내국법인의 전체 연구개발비 중 국내에서 수행되는 연구개발활동에 소요되는 비용이 차지하는 비율(이하 “연구개발비용비율”이라 한다)의 구분에 따른 다음의 계산식에 따라 국외원천소득 대응 비용을 계산하는 방법

  구분	계산식
  가. 연구개발비용비율이 50% 이상인 경우	A ×  50 ×  C 100 B+C+D
  나. 연구개발비용비율이 50% 미만인 경우	( A ×  50 ×  C ) +  ( A ×  50 ×  C ) 100 C+D 100 B+C+D

  비고 : 위의 계산식에서 기호의 의미는 다음과 같다.
  A : 연구개발비
  B : 기업회계기준에 따른 내국법인의 전체 매출액[내국법인의 「법인세법」제93조 제8호 가목 및 나목에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 “권리등”이라 한다)를 사용하거나 양수하여 내국법인에게 그 권리등의 사용대가 또는 양수대가(이하 “사용료소득”이라 한다)를 지급하는 외국법인으로서 내국법인이 의결권이 있는 발행주식총수 또는 출자총액의 50% 이상을 직접 또는 간접으로 보유하고 있는 외국법인(이하 이 항에서 “외국자회사”라 한다)의 해당 내국법인에 대한 매출액과 내국법인의 국외 소재 사업장(이하 이 항에서 “국외사업장”이라 한다)에서 발생한 매출액은 해당 내국법인의 전체 매출액에서 뺀다] C : 해당 국가에서 내국법인에게 사용료소득을 지급하는 모든 비거주자 또는 외국법인의 해당 사용료소득에 대응하는 매출액(내국법인이 해당 매출액을 확인하기 어려운 경우에는 사용료소득을 기준으로 내국법인이 합리적으로 계산한 금액으로 갈음할 수 있다)의 합계액 (내국법인의 국외사업장의 매출액을 포함한다). 다만, 외국자회사의 경우 그 소재지국에서 재무제표 작성 시에 일반적으로 인정되는 회계원칙에 따라 산출한 외국자회사의 전체 매출액(해당 외국자회사에 대한 내국법인의 매출액이 있는 경우 이를 외국자회사의 전체 매출액에서 뺀다)에 내국법인의 해당 사업연도 종료일 현재 외국자회사에 대한 지분비율을 곱한 금액으로 한다. D : 해당 국가 이외의 국가에서 C에 따라 산출한 금액을 모두 합한 금액


• ② 매출총이익 방법 : 해당 사업연도에 내국법인의 연구개발비용비율의 구분에 따른 다음의 계산식에 따라 국외원천소득 대응 비용을 계산하는 방법

  구분	계산식
  가. 연구개발비용비율이 50% 이상인 경우	A ×  75 ×  F 100 E+F+G
  나. 연구개발비용비율이 50% 미만인 경우	( A ×  25 ×  F ) +  ( A ×  75 ×  F ) 100 F+G 100 E+F+G

  비고 : 위의 계산식에서 기호의 의미는 다음과 같다.
  A : 연구개발비
  E : 기업회계기준에 따른 내국법인의 매출총이익(국외사업장의 매출총이익과 비거주자 또는 외국법인으로부터 지급받은 사용료소득은 제외한다)
  F : 해당 국가에 소재하는 비거주자 또는 외국법인으로부터 내국법인이 지급받은 사용료소득과 내국법인의 해당 국가에 소재하는 국외사업장의 매출총이익 합계액 G : 해당 국가 이외의 국가에 소재하는 비거주자 또는 외국법인으로부터 내국법인이 지급받은 사용료소득과 내국법인의 해당 국가 이외의 국가에 소재하는 국외사업장의 매출총이익 합계액

국외사업장이 2개 이상의 국가에 있는 경우에는 종전에는 일괄한도방식과 국가별한도방식 중 선택하여 외국납부세액공제 한도를 계산하였으나 2015.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 국가별한도방식만 적용한다(법령 §94 ⑦). 외국납부세액공제를 계산함에 있어 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 어느 국가의 소득금액이 결손인 경우의 기준국외원천소득금액 계산은 각국별 소득금액에서 그 결손금액을 총소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율로 안분계산하여 차감한 금액으로 한다(법기통 57－94…1). 이를 예시하면 다음과 같다.

*1 산출세액 : 120 *2 법인세 과세표준금액 : 400

국외원천소득에 대하여 「조세특례제한법」 기타 법률에 의한 면제 또는 세액감면을 받는 경우에는 다음과 같이 계산한 금액을 한도로 해당 사업연도의 법인세액에서 공제한다(법법 §57 ① 1호).
위 계산식에서 「조세특례제한법」 및 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액감면(이하 “감면”이라 한다)의 대상이 되는 국외원천소득에 곱하는 감면비율은 당해 법인이 실제로 감면받은 세액을 기준으로 산정하는 것으로서 외국납부세액공제와 감면 중 납세자가 유리한 방법을 선택함에 따라 해당 감면을 적용받지 아니하거나, 최저한세의 적용으로 감면이 배제되는 금액은 동 면제 또는 감면비율을 산정할 때에는 제외된다(서이 46012－12332, 2002.12.27.).

외국납부세액공제 한도금액을 초과하는 외국법인세액 중 ‘①’의 금액에서 ‘②’의 금액을 뺀 금액에 대해서는 외국납부세액공제 한도초과액의 이월공제규정을 적용하지 않는다. 이 경우 해당 외국법인세액은 세액공제를 적용받지 못한 사업연도의 다음 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다(법령 §94 ⑮). 2023 신설 (밑줄 친 부분 신설)
① 국외원천소득 대응 비용을 차감하지 않고 산출한 국외원천소득을 기준으로 계산한 공제한도금액
② 국외원천소득 대응 비용을 차감하고 산출한 외국납부세액공제 한도금액

□ 국외원천소득 대응비용과 관련된 외국납부세액 한도 초과액의 손금산입 허용(법령 §94 ⑮; 소령 §117 ⑩)
<개정이유> 외국납부세액공제 합리화
<적용시기> 2023.1.1. 이후 납부하였거나 납부할 외국법인소득세액부터 적용

외국법인세액은 외국에서 외화로 납부하게 되기 때문에 법인세 산출세액에서 공제하려면 이를 원화로 환산하여야 한다. 외국납부세액을 외화로 환산할 때 적용할 환율은 외국법인세액을 납부한 때의 기준환율 또는 재정환율1)에 의하고(법칙 §48 ①), 당해 사업연도 종료일 이후 그 사업연도의 과세표준금액에 포함된 국외원천소득에 대한 외국정부의 법인세결정통지를 받은 때는 결정통지를 받은 날의 환율을 적용하여 외국납부세액공제세액계산서를 제출하여야 한다(법인 22601－2555, 1988.9.9.).

당해 사업연도 중에 확정된 외국법인세액이 분납 또는 납기미도래로 인하여 미납되었을 경우 그 미납세액에 대한 원화환산은 그 사업연도 종료일 현재 기준환율 또는 재정환율에 의하며, 사업연도 종료일 이후 확정된 외국법인세액을 납부하는 경우 미납된 분납세액에 대하여는 확정일 이후 최초로 납부하는 날의 기준환율 및 재정환율에 의하여 환산할 수 있다(법칙 §48 ②).

국내에서 공제받은 외국납부세액을 외국에서 환급받아 국내에서 추가로 세액을 납부하는 경우의 원화환산은 위 “(1)”에 따른 외국세액을 납부한 때 또는 위 “(2)”에 따른 그 사업연도 종료일 현재나 확정일 이후 최초로 납부하는 날의 외국환거래법에 따른 기준환율 또는 재정환율에 따른다. 다만, 환급받은 세액의 납부일이 분명하지 아니한 경우에는 해당 사업연도 동안 해당 국가에 납부한 외국납부세액의 위 “(1)” 또는 “(2)”에 따라 환산한 원화 합계액을 해당 과세기간 동안 해당 국가에 납부한 외국납부세액의 합계액으로 나누어 계산한 환율에 따른다(법칙 §48 ③).