학교법인이 보유하고 있는 수익용 기본재산 중 토지보유 현황을 보면 보유토지 전체 중 임야가 92.4%에 해당하고 그 수익률은 3.5%에 불과한 실정이다. 이 같은 저수익 자산을 고수익 자산으로 대체취득하는 투자활동을 적극적으로 보장하여야 함에도 불구하고 비사업용 부동산으로 판정하여 16~55%의 법인세²⁾(법인세법 제55조의 2)를 부과하고, 교육사업에 3년 미만 사용한 교육용 기본재산의 처분이익은 수익사업 소득으로 간주하여 법인세를 부과하고 있다. 그러나 저수익 재산을 고수익 재산으로 대체하기 위해 처분한 수익용 기본재산 등에서 발생한 이익 중 다른 수익용 기본재산을 대체취득하는 부분에 대하여 학교법인(대학)은 법인세 및 지방세(주민세)를 비과세하여야 한다. 다만, 부동산시장에 대한 파급효과를 고려하여 최소한 관할청의 승인하에 해당 토지나 건물에 대하여 1회에 한해 허용하는 조건이어야 할 것이다. 특히, 학교법인의 수익용 기본재산 중 토지 및 임야 등의 처분에 대하여는 법인세법 제55조 2의 제4항의 4(신설)에 사립학교법에 의한 학교법인의 수익용 기본재산을 고유목적에 사용하거나, 수익용 기본재산으로 재취득하기 위한 처분으로 발생하는 소득을 신설하여 동법 제55조 2에서 규정하고 있는 토지등 양도소득에서 제외하여 사립대학의 재정을 견고히 함으로써 우리 교육의 질적 향상이 이루어져야 한다.
학교법인은 세법상 비영리법인, 공익법인으로 분류되어 비과세 혜택을 받고 있으나, 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 법인세법 시행령 제3조 제1항의 사업 외의 수익사업에서 생긴 소득(법인세법 제4조 제3항) 등에 대해서는 원칙적으로는 법인세가 과세된다. 다만, 회계연도말에 고유목적사업준비금을 설정하여 5년 이내에서 고유목적사업비로 사용할 것을 전제로 하여 전액 손비가 인정되어 실질적으로 법인세가 감면되는 혜택을 누리고 있다.
또한 법인세법 제55조의 2(토지등 양도소득에 대한 과세특례)에서 보면, 토지등 자산의 양도로 인한 양도소득에 대해서도 원칙적으로는 법인세가 과세되고 있으나, 학교 등의 고유목적사업비로 사용하는 용도로 고유목적사업준비금을 설정하는 것에 한하여 손비가 인정되어 법인세 감면혜택을 받을 수 있다. 이에 반하여 양도차액을 교비회계에 전출하지 않고 학교법인 내에서의 수익용 기본재산을 취득하는 용도로 사용하는 경우에는 고유목적사업비로 사용한 것으로 인정되지 않아 결과적으로는 법인세가 과세되어 납부하고 있다.
따라서 법인세법 시행령 제56조(고유목적사업준비금의 손금산입) 제6항의 11(신설)에 사립학교법 및 대학설립ㆍ운영규정에 따라 주무부장관이 승인한 수익용 기본재산의 대체취득 금액을 추가하여 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보도록 개정하여야 한다. 2) 2021년 토지 등 부동산의 양도세율이 사업용인 경우 6~45%, 비업용인 경우 16~55%이며 보유기간이 1년 미만인 경우 50%이상이고 1~2년까지는 40%가 적용된다.

조세특례제한법 제74조(고유목적사업준비금의 손금산입특례)에 따라 사업연도말에 수익사업에서 발생한 각 사업연도소득(이월결손금을 차감한 금액임)에 대하여 고유목적사업준비금을 설정하는 경우에는 전액 손비가 인정되어 법인세가 감면된다. 단, 동 준비금은 5년 이내에 고유목적사업비로 사용하는 것을 전제로 한다. 학교기업의 세제문제는 학교가 설치하고 교비재원으로 학생과 교수의 직업훈련ㆍ현장실습교육ㆍ연구개발이라는 학교법인의 목적사업을 수행하고 있지만 세제혜택을 받지 못하고 있기 때문에 그 해결방안을 찾아야 할 것이다.
학교기업의 과세제도 특징을 보면, 목적사업에 대해서는 사립대학과 동일하게 용도구분에 의한 비영리사업자로 비과세되고 있으나, 법인세법상의 수익사업에 대해서는 영리법인과 동일하게 과세되고 있다. 또한 학교기업의 설치ㆍ운영에 관한 규정에 의한 학교기업의 사업가능 종목과 교과과정의 연계 여부에 의한 판단 여부가 중요하게 부각될 것이다. 그러나 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) 제1항에서는 수익사업의 범위에서 제외하는 사업들을 열거하였다. 따라서 산업교육기관이 현장실습 등을 목적으로 설치하는 학교기업사업도 수익사업의 범위에서 제외할 수 있는 조세법 근거들이 마련되어야 할 것이다.

현재 개인이「정치자금법」에 따라 정당에 기부한 기부금인 정치자금에 대해서 조세특례제한법 제76조(정치자금의 손금산입특례 등)에 따르면 기부한 정치자금의 10만원까지는 100/110을 세액공제하고 있으며, 10만원 초과액은 소득공제 또는 손금산입하고, 상속세 또는 증여세는 부과하지 않고 있다. 그러나 개인이 사립학교에 기부한 금액에 대해서는 기부금 전액을 소득공제하고 있으나, 세액공제는 허용하고 있지 않는 실정이다. 다시 말해 개인의 경우 사립대학에 대한 기부금을 전액 소득공제하고 있는데도 그 비중이 그다지 크지 않아 기부금 유치에 한계가 있다. 즉, 사립대학에 대한 기부문화 미정착으로 인하여, 사립대학의 자체 재원확충에 어려움이 상존하고 있는 실정이다.
대학 기부금의 획기적인 증가를 위해서는 대학기부금에 대한 세액공제 제도가 절실하며 현재 경제상황을 비추어 볼 때 대학등록금의 인상조치가 어려운 상황이다. 이에 대학의 부족한 재정을 충족하는 합리적인 방안으로 현행 조세특례제한법 제76조(정치자금의 손금산입특례 등)의 사례와 같이 대학기부금에 대하여도 정치자금세액공제와 같이 세액공제뿐만 아니라 손금산입도 가능하도록 하는 특단의 별도 조치가 절실하다.

현행 세법에서는 사립대학 구조조정 개선을 위한 학교법인의 해산ㆍ합병에 따른 증여세 및 법인세, 피합병 학교법인으로부터 취득하는 재산에 관한 등록세 및 취득세, 피합병 학교법인으로부터 취득하는 재산에 대하여 재산세 및 종합토지세가 과세되고 있는 실정이다. 따라서 대학별 자체적인 구조개선 방안을 적극 독려할 수 있는 장치 이외에 사립대학의 인수ㆍ합병과 같이 법인을 구조적으로 재편하는 방식을 포함한 근본적인 수단들을 이용하는 구조개선을 추진하도록 유도할 수 있는 제도적 장치가 현행 법령 및 제도에서는 충분히 마련되어 있지 않다.
기존에 고등학교 이하 각급 학교를 설치ㆍ경영하는 학교법인에서 적용한 바 있는 “학교법인의 해산ㆍ합병에 따른 증여세 부과특례 조항”(2006.12.31.까지 일몰규정으로 존속되다가 삭제)을 사립대학의 학교법인이 새롭게 적용받도록 부활시켜서, 이에 따른 증여세ㆍ지방세 등을 감면받을 수 있도록 추진할 필요가 있다.

학교법인의 예금이자소득은 이자소득을 수령할 때 원천징수되어 이를 수익사업의 범주에 포함하여 법인세를 신고한 후 환급의 절차를 거쳐 환급받고 있으나, 예금이자 소득의 원천징수는 실제 조세징수의 효과가 없음에도 불구하고 대학당국과 세무당국의 불필요한 행정부담을 가중시키고 있으며, 예금이자에 대한 원천징수금액 만큼 적기에 효율적인 자금집행을 하지 못하는 애로사항이 발생한다. 학교법인의 예금이자소득에 대하여는 원천과세 대상으로서 이를 고유목적사업준비금에 전입한 경우에 한하여 법인세환급의 절차를 거쳐 환급하는 것이 현행의 제도이다. 따라서 이 원천징수분에 대한 이자를 향유하는 주체가 국가이든 또는 금융기관이든 불필요한 부담을 사립학교에 지우는 셈이 된다. 따라서 환급이 예상되어 있는 대학의 이자소득에 대하여는 비영리법인의 연합회 또는 중앙회 예탁금의 이자수입처럼 원천징수 적용대상에서 제외하여 사학기관이 본연의 고유목적사업인 교육업무에 보다 집중할 수 있도록 해야 할 것이다.

이상 대학의 5가지 법인세 세제문제라도 시급히 개선되어야 한다.우리나라의 고등교육에 대한 수요는 세계에서 유례를 찾아볼 수 없을 정도로 매우 높아 2008년 대학진학률은 83.8%였으나 매년 감소하여 지난해(2020년)에는 78.9%, 올해는 79.2%를 나타내었다.
이와 같이 대학진학률이 최저기록을 경신하는 현실 속에 대학입학 학령인구의 급격한 감소는 학생들은 대학 진학이 쉽지만, 공급자인 대학은 신입생 충원에 어려움을 겪고 있음을 의미한다. 특히 등록금 인하와 동결이 거의 약 11년간 지속되어 오고 교수 충원 기준율의 상향조정과 장학금 지급률의 기준까지 상향된 재정적 환경 속에 대학 학령인구의 급감으로 대학 특히 사립대학은 설립 이래 가장 어려운 시기를 보내고 있다. 요즘 대외적 경제사정이 여의치 않아 대학발전기금의 모금이 여려운데다 대학들이 주로 등록금에 의존하여 경영할 수밖에 없기 때문에 대학들은 재정적인 어려움을 호소하고 있다. 이러한 시기에 교육 연구경쟁력을 높이고 대학운영의 적자폭을 줄이고자 운영의 합리화에 박차를 가하고자 한다. 사립대학 교육의 질적 향상을 위해서는 세제상의 불합리한 법률적 문제는 없어야 될 것이다.
사학의 세제적 문제에 대해서는 여러 해에 걸쳐 개정안을 건의해 왔지만, 여전히 반영되고 있지 않은 문제점들이 상존하기에 이를 발굴하여 법률적 대안을 제시하였다.