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국세에서 가장 많이 활용하는 조세특례에 대한 사항을 정리해 둔 법이 조세특례제한법이라면 지방세에서는 지방세특례제한법(이하 ‘지특법’)을 두어 여러 가지 특례를 규정해 두고 있는데, 여기서 말하는 “지방세 특례”란 지특법 제2조 제1항 제6호에 의해 세율의 경감, 세액감면, 세액공제, 과세표준 공제(중과세 배제, 재산세 과세대상 구분전환을 포함한다) 등을 말합니다. 따라서 이번호에서 설명해 드릴 사후관리에는 세액감면을 포함한 중과세 배제 등을 포괄하는 것이나 주로 감면으로 구성되어 있는 만큼 감면 위주로 설명해 드리고자 합니다.

지특법상 받은 감면을 왜 관리해야 할까요?
적법하게 감면받은 세액은 일정 요건을 만족하지 못하는 경우 그 감면받은 세액을 그대로 추징받아 환수조치 될 수 있습니다. 전혀 예상치 못한 추징으로 만만치 않은 감면세액과 그에 따른 가산세도 부담할 수 있기에 사후관리를 특히 신경써야 할 것입니다. 그럼 이제 본격적으로 지특법상 감면 및 그에 대한 사후관리 팁도 살펴보겠습니다.

지특법상 감면 유형

지특법에서의 감면 조항의 일반적인 사항을 유형별로 알아보겠습니다. 아래에서 보시는 것과 같이 지특법 조문에 직접 추징사유가 명시된 것이 있고 그렇지 않은 것이 있으니 유의해서 살펴보십시오. 추징 사유가 없다고 추징하지 않겠다는 것이 아님에 유의하여 주십시오.

<해당 사업을 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는
취득세 및 재산세를 20xx년 xx월 xx일까지 면제(또는 취득세 및 재산세의 100분의 xx을 경감>
1. 조항에 직접 추징 규정을 마련 ① 해당 부동산을 취득한 날부터 x년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 ② 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 ③ 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여거나 다른 용도로 사용하는 경우
2. 조항에 직접 추징 미규정
제178조(감면된 취득세의 추징) 적용 ① 부동산에 대한 감면을 적용할 때 이 법에서 특별히 규정한 경우를 제외하고는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

※ 개별 조문별 문리해석이 원칙이므로 해당 조문의 구성 및 추징사유를 정확히 확인해야 함.

추징에 대한 ‘정당한 사유’ 판결례 분석

‘정당한 사유’에 대한 행정소송을 분석해 보면 (대법원92누8750, 1993.02.26.)에서 판시한 바와 같이 정당한 사유란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것임을 알 수 있는 것입니다. 따라서 추징 사유가 발생하였다 하여 모든 사안을 추징하여야 할 것은 아니고 종합적인 검토 대상인 것임에 유의해야 합니다.

○ 납세자 승소 사례


○ 납세자 패소 사례

사례로 보는 지특법 감면 추징 적용 쟁점해설

○ 적격합병에 따른 감면 후 피합병법인의 임대

[사례] - 2019.7. 합병을 통해 지특법 제57조의2 제1항에 따른 취득세 감면 - 2021.5. 일부 면적을 타업체에 임대 - 피합병·합병법인 모두 목적사업에 부동산임대업 없으나 피합병법인은 공장을 전체 직접 이용 중
[질의] - 합병 이후 법인세법에 따른 추징사유에 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우가 임대를 준 경우도 해당 하는지 여부
[해설] - 지특법 제57조의2 제1항에서 「법인세법」 제44조 제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50을 경감하되,
· 해당 재산이 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호(각 호 생략)에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에「법인세법」 제44조의3 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있으며, - 「법인세법」제44조의3 제3항에서 적격합병을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액, 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다고 규정하고 있으며,
· 추징사유로 제1호에서 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우로 규정하고 있습니다. - 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 바(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결), - 제시된 사실관계와 같이 사업을 폐지하지 아니하고 타 법인에게 임대를 준 것은 사업의 폐지라는 사업의 연속성이 단절된 상태와는 다른 것으로서 사업의 폐지에 준하는 상태로 보아 추징 사유에 해당하는 것으로 보는 것은 어려울 것으로 보입니다.
☞ 추징사유를 엄격하게 해석할 것을 당부드립니다.
[관련법령] ■ 지방세특례제한법
제57조의2(기업합병ㆍ분할 등에 대한 감면) ① 「법인세법」 제44조제2항 또는 제3항에 해당하는 합병으로서 대통령령으로 정하는 합병에 따라 양수(讓受)하는 사업용 재산을 2021년 12월 31일까지 취득하는 경우에는 「지방세법」 제15조제1항에 따라 산출한 취득세의 100분의 50(법인으로서 「중소기업기본법」에 따른 중소기업 간 합병 및 법인이 대통령령으로 정하는 기술혁신형사업법인과의 합병을 하는 경우에는 취득세의 100분의 60)을 경감하되, 해당 재산이 「지방세법」 제15조제1항제3호 단서에 해당하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 금액을 빼고 산출한 취득세를 경감한다. 다만, 합병등기일부터 3년 이내에 「법인세법」 제44조의3제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우(같은 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 경감된 취득세를 추징한다. <개정 2015. 12. 29., 2018. 12. 24.> 1. 「지방세법」 제13조제1항에 따른 취득 재산에 대해서는 같은 조에 따른 중과기준세율(이하 “중과기준세율”이라 한다)의 100분의 300을 적용하여 산정한 금액 2. 「지방세법」 제13조제5항에 따른 취득 재산에 대해서는 중과기준세율의 100분의 500을 적용하여 산정한 금액
■ 법인세법
제44조의3(적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례) ③ 적격합병(제44조제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 제외한다)을 한 합병법인은 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 양도받은 자산의 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다. 이하 제4항에서 같다), 승계받은 결손금 중 공제한 금액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하고, 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받아 공제한 감면·세액공제액 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2017.12.19, 2018.12.24> 1. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우 2. 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우 3. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 대통령령으로 정하는 근로자(이하 이 호에서 "근로자"라 한다) 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우
○ 임대차를 종료할 수 없는 사정이 ‘정당한 사유’에 해당하는지

[사례] - A법인은 과밀억제권역내에서 2년 이상 임차로 사업 영위 중 - 2020년 7월 31일 김포 소재 토지와 건물을 본점으로 사용하고자 경매로 낙찰 받아 경매 대금을 완납 - 경매 당시 해당 경매 물건 전체에는 임차인이 사업을 영위 중이었고 임대차 만기는 취득일로부터 6개월이 경과한 2021년 3월 31일이었고 중간에 임대차를 종료할 수 있는 상황이 아님. - A 법인은 위 임차인의 임대차기간이 종료한 2021년3월31일 이후 본점을 서울에서 김포로 이전하여 사업을 개시 - A법인은 2021년 5월 13일 위 물건에 대한 취득세 경정 청구를 신청(지특법 제79조에 의한 법인의 본점이전 감면)
[질의] - A법인이 토지와 건물 취득 후 6개월 이내 사업을 개시하지 못할 정당한 사유로 인정되어 지특법 제79조에 따른 법인의 본점 이전 감면을 받을 수 있는지?
[해설] - 지방세특례제한법 제79조 제1항에서 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세를 면제하며 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다고 규정하고
지특법시행규칙 제7조 제1항에서 법 제79조 제1항 본문에 따라 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전(移轉)하여 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산의 범위는 법인의 본점 또는 주사무소로 사용하는 부동산과 그 부대시설용 부동산으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로 한다고 규정하고, 그 제3호에서 대도시 외의 지역에서 그 사업을 시작한 날부터 6개월 이내에 과밀억제권역 내에 있는 종전의 본점 또는 주사무소를 폐쇄할 것이라고 규정하고 있습니다. - 제시된 사실관계와 같이 기존 사업장의 임대기간의 만료로 인하여 6개월 이내에 기존 사업장을 폐쇄하지 못한 것이 정당한 사유에 해당되는지 여부는
· 임대차계약 해지시 불이익이 발생되어 불가피하게 직접 사용하지 못하였다 하더라도 임대차계약은 법인의 내부적인 사유에 기인한 것이지 법령의 금지·제한이 있었다거나 행정관청의 규제사항이 있었다고 보기는 어려우므로 경정처분을 거부한 것은 타당하다고 보여집니다.
☞ 추징사유는 특별한 혜택이므로 내부적인 사유는 과세청에게 그 사정을 설명하기 매우 어렵다는 점을 사전 검토하여야 합니다! 오히려 이러한 경우 불복으로 진행하는 것이 바람직합니다.
[관련법령] ■ 지방세특례제한법
제79조(법인의 지방 이전에 대한 감면) ① 과밀억제권역에 본점 또는 주사무소를 설치하여 사업을 직접 하는 법인이 해당 본점 또는 주사무소를 매각하거나 임차를 종료하고 대통령령으로 정하는 대도시(이하 이 절에서 “대도시”라 한다) 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 해당 사업을 직접 하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 2021년 12월 31일까지 면제하고, 재산세의 경우 그 부동산에 대한 재산세의 납세의무가 최초로 성립하는 날부터 5년간 면제하며 그 다음 3년간 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 감면한 취득세 및 재산세를 추징한다. 1. 법인을 이전하여 5년 이내에 법인이 해산된 경우(합병ㆍ분할 또는 분할합병으로 인한 경우는 제외한다)와 법인을 이전하여 과세감면을 받고 있는 기간에 과밀억제권역에서 이전 전에 생산하던 제품을 생산하는 법인을 다시 설치한 경우 2. 해당 사업에 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 ② 대도시에 등기되어 있는 법인이 대도시 외의 지역으로 본점 또는 주사무소를 이전하는 경우에 그 이전에 따른 법인등기 및 부동산등기에 대해서는 2021년 12월 31일까지 등록면허세를 면제한다. ③ 제1항 및 제2항에 따른 대도시 외의 지역으로 이전하는 본점 또는 주사무소의 범위와 감면 등의 적용기준은 행정안전부령으로 정한다.

마치면서

지금까지 지방세 감면 및 추징에 대한 유형 및 사례 등을 알아보았습니다.
실제 과세관청으로부터 발생한 추징은 모두 사후관리에 대한 충분한 검토 없이 발생한 것이 대부분으로, 감면을 받았다면 준수해야 할 요건들이 있으므로 반드시 이에 대한 관리가 필요하다 하겠습니다.


지방세 감면은 일정 요건을 만족하는 경우에만 세제부담을 특별히 감면해 주는 것입니다. 사후관리 미충족으로 추징사유에 해당하면 미리 받은 세금을 환수받게 되므로 충분한 관리가 없다면 낭패를 보기 십상입니다. 따라서 무엇보다 감면되었다고 방치하기보다 세심하게 관리하는 자세를 필요로 한다는 것 잊지 않으셨으면 좋겠습니다.

이제는 위드코로나를 준비하는 단계인 듯합니다. 많이들 지치셨을 테지만 올 한해의 하반기도 힘차게 마무리하시길 바라며 이번 포스팅을 마칩니다. 감사합니다~