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1. 법인세

비영리법인의 정관을 보면 일반적으로 정관에 목적사업과 수익사업을 구분하여 열거하거나 사업 전부를 목적사업으로 열거하는 경우가 있습니다. 비영리법인 정관에 목적사업으로 열거되어 있고 해당 사업이 영리목적이 아니고 실제 발생한 경비를 충당할 수 있는 실비수준으로 수입이 발생하는 경우 목적사업으로 생각하는 경우가 많이 있습니다. 하지만 법인세법상 수익사업의 범위는 법에 열거되어 있으며, 실제 수익성이 있느냐를 기준으로 수익사업 여부에 대해 판단하지 않습니다. 법인세법 제4조 및 법인세법 시행령 제3조에서는 과세소득의 범위에 대해 열거하고 있습니다. 비영리법인이 계약 등에 의하여 그 대가를 받지 않는 연구 및 개발용역의 경우에는 수익사업으로 보고 있지 아니하며, 비영리법인이 국가 등으로부터 출연금의 형태로 지원받는 보조금 등을 법인세법 제4조 제3항의 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않는 고유목적사업의 수행에 사용하는 경우에는 당해 출연금은 비영리법인의 수익사업에 해당되지 않습니다. <관련법령>

1) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
3. 제55조의 2에 따른 토지등 양도소득 ② 제1항 제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의 14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것
2. 「소득세법」 제16조 제1항에 따른 이자소득
3. 「소득세법」 제17조 제1항에 따른 배당소득
4. 주식·신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입
5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.
6. 「소득세법」 제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입
7. 그 밖에 대가를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것
2) 법인세법시행령 제3조 【수익사업의 범위】

① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. 1. 축산업(축산관련서비스업을 포함한다)·조경관리 및 유지 서비스업 외의 농업
2. 연구개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 보조금에 대한 법률 등에 따라 목적사업과 관련하여 정부기관 등으로부터의 국고보조금을 지원받아 주관기관 또는 참여기관으로서의 연구 및 개발용역을 수행하는 경우에는 계약 등에 의하여 그 대가를 받는 연구 및 개발용역의 경우에 해당하지 않으므로 수익사업으로 볼 수 없어 법인세 과세대상이 아닙니다.

그리고 보조금에 대한 법률 등에 따라 국고보조금을 지원받은 주관기관 및 참여기관이 직접 수행하기 어려운 연구 및 개발용역에 대해 다른 기관 등에게 위탁을 주어 해당 용역을 수행할 수 있습니다.

그러므로 여기서 그 대가여부에 대한 판단은 연구결과물에 대한 귀속이 누구냐에 따라 달라질 수 있으며, 그 연구결과물이 해당 연구 및 개발용역을 수행한 기관에 있을 경우 해당 정부지원금은 연구 및 개발용역에 따른 대가로 볼 수 없으므로 수익사업에 해당하지 않습니다. 하지만 연구결과물이 해당 연구 및 개발용역을 수행한 기관에 있지 않고 자금을 지원한 정부기관 등에만 귀속된다면 이는 대가를 받는 연구 및 개발용역에 해당하므로 수익사업에 해당될 수 있습니다.

2. 부가가치세

부가가치세법 제29조 제5항에서는 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금의 경우에는 부가가치세 과세표준에 포함되는 공급가액에 포함하지 않고 있으므로 대가관계가 없다면 부가가치세 과세대상이 아닙니다.

하지만 대가를 받는 연구 및 개발용역의 경우 부가가치세 과세대상 여부를 판단해야 합니다.

우리나라 세법에서는 국민의 복지, 후생, 공익, 문화 활성 기타 조세정책적인 목적으로 일정한 재화 및 용역을 공급하는 사업자에 대하여는 부가가치세를 면제하여 주고 있어 부가가치세 납세의무가 발생하지 않습니다. 이러한 면세되는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세법 제26조에 열거되어 있습니다.

이처럼 부가가치세가 면세되는 학술연구용역에는 어떠한 것이 있는지 살펴보도록 하겠습니다.

■ 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역

개인, 법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그 밖의 단체가 독립된 자격으로 제공하는 학술연구용역과 기술연구용역은 부가가치세를 면세합니다. 여기서 학술연구용역과 기술연구용역이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말합니다. 신제품을 개발하거나 제품의 성능이나 질·용도 등을 개선시키는 연구용역에 대하여는 면세하나 새로운 사업의 타당성 조사, 실시설계 또는 이들을 포함한 종합계획을 작성하는 용역, 학술 및 기술의 연구결과를 단순히 응용 또는 이용하여 제공하는 용역은 부가가치세가 면제되는 학술 또는 기술연구용역에 해당하지 않습니다.

■ 학술 등 연구단체

학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역에 대해 부가가치세가 면제됩니다. 이 규정을 실무에 적용함에 있어 학술 등 연구를 주된 목적으로 하는 단체인지 여부와 그 대가가 실비인지 여부에 대한 사실판단이 필요합니다.

■ 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 어느 하나에 따른 사업 또는 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역에 해당하는 경우에는 부가가치세가 면제됩니다.

1) 요건(부가가치세과-3945, 2008.10.31.)

① 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서
② 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령이 정하는 사업을 하는 단체가
③ 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 및 용역

2) 실무 적용

이 규정을 실무에 적용함에 있어서 해당 비영리법인에서 공급하는 재화 또는 용역이 “공익을 목적으로 하고 있는 단체가 고유의 사업목적을 위하여 일시적 공급 또는 실비로 공급하는 재화 및 용역”인지 여부가 논란이 되므로 각 상황에 따라 엄격하게 판단해야 합니다. <관련법령>

1) 부가가치세법 제26조 【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】
① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 15. 저술가·작곡가나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자가 직업상 제공하는 인적 용역으로써 대통령령으로 정하는 것
16. 예술창작품, 예술행사, 문화행사 또는 아마추어 운동경기로서 대통령령으로 정하는 것
17. 도서관, 과학관, 박물관, 미술관, 동물원, 식물원, 그밖에 대통령령으로 정하는 곳에 입장하게 하는 것
18. 종교, 자선, 학술, 구호, 그밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
19. 국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것
20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
2) 부가가치세법 제29조 【과세표준】
⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다. 4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금

3) 부가가치세법시행령 제42조【저술가 등이 직업상 제공하는 인적 용역으로서 면세하는 것의 범위】
법 제26조 제1항 제15호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(여러 개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호의 용역으로 한다. 2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단, 그밖의 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음 각 목의 인적용역 가. 「형사소송법」 및 「군사법원법」 등에 따른 국선변호인의 국선변호, 「국세기본법」에 따른 국선대리인의 국선대리 및 기획재정부령으로 정하는 법률구조 나. 기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역
4) 부가가치세법시행령 제45조 【종교·자선·학술·구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】 법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체(종교단체의 경우에는 그 소속단체를 포함한다)로서 「상속세 및 증여세법 시행령」 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역 2. 학술 및 기술 발전을 위하여 학술 및 기술의 연구와 발표를 주된 목적으로 하는 단체(이하 “학술등 연구단체”라 한다)가 그 연구와 관련하여 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역
5) 부가가치세법시행규칙 제32조 【학술연구용역과 기술연구용역의 범위】
영 제42조 제2호 나목에서 "기획재정부령으로 정하는 학술연구용역과 기술연구용역"이란 새로운 학술 또는 기술 개발을 위하여 수행하는 새로운 이론·방법·공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다.

6) 부가가치세법시행규칙 제34조 【종교·자선·학술·구호 등의 공익 목적 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 면세하는 것의 범위】
① 영 제45조 제1호에서 "기획재정부령으로 정하는 사업"이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화, 예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다. <관련예규>

1) (사전법령부가-76, 2015.07.23.)
해당 전동차 부착형 오염물질 제거장치 연구용역이 기존의 나노기술, 집진기술, 유동해석기술 등 연구결과를 응용 또는 이용하여 공급하는 용역에 해당하는 경우에는부가가치세법 제26조 제1항 제15호 및 같은 법 시행령 제42조 제2호 나목에 따라 부가가치세가 면제되는 학술연구용역과 기술연구용역에 해당하지 아니하는 것임.

2) (제도46015-12055, 2001.07.11.)
정부로부터 허가를 받아 설립된 학술연구단체인 사단법인 ○○학회가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역은 부가가치세법 제12조 제1항 제16호 및 동법시행령 제37조 제1호의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것이나, 당해 용역이 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급되는 용역인지 여부는 각각의 용역 공급에 대한 구체적인 거래관계 등으로 종합하여 사실 판단할 사항인 것임.

3) 부가, (국심2005서4161, 2006.06.08.)
청구법인은 매장문화재 발굴을 위하여 민법 제32조의 규정에 의하여 문화재청장의 허가를 받아 설립된 비영리내국법인에 해당하나, 지표조사·시굴조사 및 발굴조사의 일련의 매장문화재 발굴조사과정중 지표조사는 사업면적 3만㎡ 이상의 건설공사 등 대규모 개발사업에는 의무적으로 수행하도록 규정되어 있을 뿐만 아니라 조사 용역료도 개발사업자가 부담하도록 문화재보호법에 규정되어 있어 고유목적사업을 위하여 실비 또는 무상으로 공급하는 용역으로 보기는 어려우며, 청구법인이 학술연구단체에 해당하는지를 살펴보면, 청구법인의 정관상 사업내용에 학술사업과 연구보고서 발간이 포함되어 있으나 주된 사업내용은 매장문화재 발굴조사로서 이를 학술연구단체로 보기는 어려우므로 청구법인이 비록 비영리내국법인이기는 하나 매장문화재 발굴용역을 면세로 보기는 어려운 것으로 보인다.따라서 청구법인이 제공하는 발굴용역은 부가가치세법상 과세대상이 되는 용역의 공급으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4) (대법원96누17769, 1997.08.26.) 판결
부가가치세법 제12조 제1항 제16호는 종교·자선·학술·구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것을 부가가치세가 면제되는 용역의 하나로 들고 있고, 이에 따라 같은 법 시행령 제37조 제1호는 법 제12조 제1항 제16호에서 대통령령이 정하는 용역은 주무관청에 등록된 종교·자선·학술·구호·기타 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 용역 등을 말한다고 규정하고 있는바, 공익을 목적으로 하는 단체인지 여부는 그 고유의 목적이 사회일반의 복리증진인지 여부에 따라 판단하여야 하고 그 단체가 수행하는 개별적인 업무가 특정인을 상대로 하는지 불특정인을 상대로 하는지에 따라 판단할 것은 아니며, 공급하는 용역이 일시적이면서 실비 또는 무상공급이어야 하는 것은 아니고 일시적인 공급이거나 실비 또는 무상공급이면 된다. 1964. 7. 6. 보사부장관의 허가를 받아 설립한 비영리법인이 1992. 7. 20. 노동부로부터 산업안전보건법에 따른 작업환경측정기관으로 지정을 받은 이래 과학기술처가 공고하는 기술용역대가의 기준에 따라 작업환경측정기술협의회에서 인건비·장비감가상각비·관리비 등을 고려하여 책정한 수수료를 받고 작업환경측정용역을 공급하여 왔다면, 위 용역이 부가가치세법 제12조 제1항 제4호, 같은 법 시행령 제29조, 같은 법 시행규칙 제11조의2가 정하는 의료보건용역에 해당한다고 할 수는 없으나, 같은 법 제12조 제1항 제16호, 같은 법 시행령 제37조 제1호가 정하는 공익을 목적으로 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급하는 용역에는 해당하므로 위 용역은 부가가치세 면제대상임.