제목 [근로소득 연말정산] 근로소득 원천징수 및 연말정산
저자 국세청 등록일 2017.12.27
1. 근로소득 원천징수 의무
1) 원천징수의무자(소법 §127)
국내에서 거주자나 비거주자에게 근로소득을 지급하는 자는 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 하며, 이 경우 원천징수ㆍ납부를 해야하는 자를 원천징수의무자*라 한다.
2) 지급시기와 원천징수(소법 §134, §135)
근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 지급하는 때에 근로소득세를 원천징수하여야 한다. 다만, 근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 일정 기한까지 지급하지 아니한 경우에는 법령에서 정한 날에 지급하는 것으로 보아 근로소득세를 원천징수 한다.
구 분 원천징수시기(특례)
매월분의 근로소득 근로소득을 지급할 때
- 근로소득 간이세액표에 따라 원천징수
연말정산(2인 이상으로부터 받는 경우, 재취직 포함) 해당 과세기간의 다음 연도 2월분 근로소득을 지급할 때(2월분의 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우 2월 말일)
일용근로소득 일용근로자의 근로소득을 지급할 때
근로소득을 지급하여야 할 원천징수의무자가 1월부터 11월까지의 급여액을 해당 과세기간 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우 그 급여액을 12월 31일에 지급한 것으로 봄
원천징수의무자가12월분 급여액을 다음연도 2월 말일까지 지급하지 아니한 경우 그 급여액을 2월 말일에 지급한 것으로 봄
법인이 이익 또는 잉여금의 처분에 따라 지급하여야 할 상여를 그 처분을 결정한 날로부터 3개월이 되는 날까지 지급하지 아니한 경우 그 3개월이 되는 날에 지급한 것으로 본다.
다만, 그 처분이 11월 1일부터 12월 31일까지의 사이에 결정된 경우에 다음연도 2월 말일까지 그 상여를 지급하지 아니한 때에는 2월 말일에 지급한 것으로 봄
「법인세법」에 따라 처분되는 상여의 경우 소득금액변동통지서를 받은 날에 지급한 것으로 봄
법인의 소득금액을 신고함에 있어서 법인세법 시행령 제106조의 규정에 의하여 처분되는 상여의 경우 해당 법인이 법인세과세표준 및 세액의 신고일에 지급한 것으로 봄
국세기본법 제45조 제1항의 규정에 의하여 법인세과세표준금액을 수정신고함에 있어서 법인세법시행령 제106조의 규정에 의하여 처분되는 소득의 경우 수정신고일에 지급한 것으로 봄
3) 원천징수 세율(매월/반기)
원천징수의무자가 매월분의 근로소득에 대한 세율을 적용함에 있어서는 근로소득 간이세액표(소득세법시행령 별표 2)를 적용하여야 한다.
다만, 근로자가 간이세액표에 따른 세액의 80% 또는 120%를 선택하여 조정신청서 또는 소득ㆍ세액공제신고서에 기재하여 원천징수의무자에게 신청하는 경우에는 이후 지급하는 근로소득부터 신청한 비율을 적용한다.(변경한 날부터 해당 과세기간 종료일까지는 반드시 변경한 비율을 적용)
반기별 납부자도 근로자에게 매월 급여 지급시 근로소득 간이세액표를 참조하여 소득세를 원천징수한 후 반기별로 원천세 신고시 6개월분을 납부하여야 한다.
근로소득 연말정산시 적용하는 원천징수세율은 기본세율을 적용하며, 연말정산 시 계산한 결정세액에서 매월ㆍ반기별로 원천징수한 소득세를 차감하여 원천징수한다.
2. 근로소득 원천징수 및 연말정산 절차
1) 근로소득원천징수부 비치ㆍ기록 의무(소령 §196)
매월분의 근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 근로소득원천징수부(소득세법시행규칙 별지 제25호 서식)를 비치ㆍ기록하여야 한다. 이 경우 근로소득원천징수부를 전산처리된 테이프 또는 디스크 등으로 수록ㆍ보관하여 항시 출력이 가능한 상태에 둔 때에는 근로소득원천징수부를 비치ㆍ기록한 것으로 본다.
2) 원천징수이행상황신고서 제출 및 세금 납부(매월/반기)
원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 「국세징수법」에 의한 납부서와 함께 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 하며, 원천징수이행상황신고서(소득세법 시행규칙 별지 제21호 서식)를 원천징수 관할세무서장에게 제출[홈택스(www.hometax.go.kr) 제출 포함]하여야 한다.
직전 과세기간(신규사업자는 신청일이 속하는 반기)의 상시고용인원이 20명 이하인 원천징수의무자(금융 및 보험업을 영위하는 자는 제외한다)로서 원천징수 관할세무서장으로부터 원천징수 대상 소득에 대한 원천징수세액을 매 반기별로 납부할 수 있도록 승인을 받거나 국세청장이 정하는 바에 따라 지정을 받은 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다.
3) 종합소득산출세액 계산(연말정산)
원천징수의무자는 근로소득원천징수부에 따라 해당 과세기간에 지급한 소득자별 근로소득의 합계액에서 「소득세법」 및 「조세특례제한법」에 따른 소득공제를 한 금액을 과세표준으로 하여 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산한다.
4) 징수 및 환급
원천징수의무자는 종합소득산출세액에서 다음의 금액을 공제한 금액을 소득세로 징수한다. 다만, 다음 금액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에 그 초과하는 부분은 이를 근로자에게 환급하여야 한다.
「소득세법」 제134조 제1항에 따라 이미 원천징수한 세액(가산세액 제외)
○ 「소득세법」(외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제)에 따른 공제세액
○ 「조세특례제한법」 에 따른 세액감면ㆍ세액공제 등
5) 지급명세서 제출
원천징수의무자는 근로소득 지급명세서를 그 지급일이 속하는 과세기간의 다음연도 3월 12일까지 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
또한, 기부금 세액공제금액과 의료비 세액공제금액이 있는 근로자에 대해서는 기부금명세서, 의료비지급명세서를 근로소득 지급명세서와 함께 원천징수 관할세무서에 다음연도 3월 12일까지 제출하여야 한다.
3. 특수한 경우의 연말정산
1) 2 이상의 근무지가 있는 경우(소법 §137의2)
2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자 제외)이 주된 근무지와 종된 근무지를 정하고 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.
  • 근무지 신고
    2인 이상으로부터 근로소득을 받는 사람(일용근로자는 제외)은 해당 과세기간 종료일까지 주된 근무지와 종된 근무지를 정하여 근무지(변동)신고서(소득세법 시행규칙 별지 제26호 서식)를 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하여야 한다.
  • 종된 근무지의 원천징수의무자로부터 근로소득 원천징수영수증을 발급받아 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 주된 근무지의 원천징수의무자에게 제출하는 경우 주된 근무지의 원천징수의무자는 주된 근무지의 근로소득과 종된 근무지의 근로소득을 더한 금액에 대하여 연말정산을 하여야 한다.
  • 근로소득 원천징수영수증을 발급하는 종된 근무지의 원천징수의무자는 해당 근무지에서 지급하는 해당 과세기간의 근로소득금액에 기본세율을 적용하여 계산한 종합소득산출세액에서 간이세액표에 따라 원천징수한 세액을 공제한 금액을 원천징수한다.
  • 납세조합에 의하여 징수된 근로소득과 다른 근로소득이 함께 있는 사람(일용근로자 제외)에 대한 근로소득의 연말정산은 위의 내용을 준용한다.
2) 재취직자의 근로소득세액 연말정산(소법 §138)
  • 해당 과세기간 중도에 퇴직하고 새로운 근무지에 취직한 근로소득자가 종전 근무지에서 해당 과세기간의 1월부터 퇴직한 날이 속하는 달까지 받은 근로소득을 포함하여 근로소득자 소득ㆍ세액공제신고서(전근무지의 근로소득원천징수영수증 및 근로소득원천징수부 사본 포함)를 제출하는 경우 원천징수의무자는 그 근로소득자가 종전 근무지에서 받은 근로소득과 새로운 근무지에서 받은 근로소득을 더한 금액에 대하여 소득세를 원천징수한다.
  • 해당 과세기간의 중도에 퇴직한 근로소득자가 퇴직하는 달까지의 해당 과세기간의 근로소득금액에 대해 연말정산을 하여 소득세를 납부한 후 다시 취직하였다가 그 연도의 중도에 다시 퇴직하는 경우 해당 근로소득자가 전근무지의 근로소득을 포함하여 근로소득자 소득ㆍ세액공제신고서(전근무지의 근로소득원천징수영수증 및 근로소득원천징수부 사본 포함)를 제출한 때에는 현근무지 원천징수의무자는 전근무지의 근로소득과 합산하여 연말정산을 하여 소득세를 원천징수한다.
  • 해당 과세기간에 전근무지 근로소득이 있는 자가 현근무지 근로소득과 합산하여 연말정산하지 않는 경우 해당 과세기간의 다음연도 5월까지 과세표준 확정신고를 하여야 하고, 종합소득세 과세표준 확정신고를 하지 않은 경우 과소납부한 소득세, 신고 및 납부불성실 가산세를 추가로 부담하여야 한다.
3) 납세조합에 의한 연말정산(소법 §150)
  • 다음에 해당하는 근로소득이 있는 사람이 조직한 납세조합은 납세조합에 가입된 근로소득자의 근로소득원천징수부를 비치ㆍ기록하여야 한다.
    • 외국기관 또는 우리나라에 주둔하는 국제연합군(미군은 제외)으로부터 받는 근로소득
    • 국외에 있는 비거주자 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소는 제외한다)으로부터 받는 근로소득. 다만, 비거주자의 국내사업장과 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산할 때 필요경비 또는 손금으로 계상되는 소득은 제외한다.
  • 납세조합은 납세조합에 가입한 근로소득자가 「소득세법」 제137조 및 제138조의 예에 따라 연말정산을 하는 경우에는 근로소득금액에서 해당 근로소득자의 소득ㆍ세액공제신고 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 「소득세법」에 따른 세액공제 및 「조세특례제한법」 상의 세액공제를 한 후 해당 과세기간에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.
4) 사업 양도ㆍ양수 및 합병ㆍ분할 등의 연말정산
  • 사업양수법인이 사용인과 해당 사용인의 퇴직급여충당금을 승계한 경우 해당 사업양수법인에서 그 사용인에 대한 연말정산을 할 수 있다.(법인46013-2484, 1998.09.03)
  • 사용인이 현실적인 퇴직을 하지 아니하고 해당법인과 직접 또는 간접으로 출자관계에 있는 법인으로 전출한 경우 전입법인에서 해당 과세기간의 근로소득을 통산하여 연말정산을 한다.(법인46013-1708, 1998.06.25)
  • 법인이 분할함에 있어서 분할법인의 임직원이 분할신설법인에 계속 취업하고 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우 해당 임직원에 대한 연말정산은 분할신설법인에서 하는 것이며, 「소득세법」 제164조에 의한 지급명세서는 연말정산하는 분할신설법인에서 제출한다.(서면1팀-1096, 2004.08.09)
5) 근로자가 소득ㆍ세액공제신고서를 제출하지 아니한 경우
원천징수의무자가 「소득세법」 제140조에 따른 근로소득자 소득ㆍ세액공제 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대해서 연말정산할 때에는 기본공제 중 해당 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제(13만원)만을 적용한다.
6) 연말정산을 하지 아니한 경우(소칙 §92)
  • 원천징수의무자가 근로소득 연말정산을 하지 아니한 때에는 원천징수 관할세무서장은 즉시 연말정산을 하고 그 소득세를 원천징수의무자로부터 징수한다.
  • 원천징수의무자가 근로소득 연말정산을 하지 아니하고 행방불명이 된 때에는 원천징수 관할세무서장은 해당 근로소득이 있는 자에게 종합소득세 과세표준 확정신고를 하여야 한다는 것을 통지하고, 해당 근로자는 해당 과세기간의 다음연도 5월까지 주소지 관할 세무서에 종합소득 과세표준 확정신고를 하여야 한다.
4. 연말정산 시기
1) 계속 근로자의 경우(소법 §134)
근로소득을 지급하는 자(원천징수의무자)가 해당 과세기간의 다음연도 2월분의 근로소득을 지급한 때(2월분 근로소득을 2월 말일까지 지급하지 아니하거나 2월분의 근로소득이 없는 경우에는 2월 말일)에 연말정산을 한다.
2) 연중에 퇴직하는 근로자의 경우
근로자가 중도에 퇴직하는 경우 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에 한다.
따라서 중도 퇴직하는 근로자의 경우 퇴직하는 달의 급여를 받기 전에 원천징수의무자에게 근로소득자 소득ㆍ세액공제신고서와 해당 근무기간 동안 지출한 소득ㆍ세액공제 영수증을 제출하여야 한다.
3) 연말정산 이후 근로소득을 추가 지급하는 경우
  • 원천징수의무자가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 해당 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득 연말정산을 다시 하여야 한다.(소득세법 기본통칙 137-0…1)
  • 법원판결에 의해 근로소득을 추가 지급하는 경우 해당 소득은 당초에 근로를 제공한 날에 귀속되며, 판결일의 다음달 말일까지(다음달 말일 이전에 지급하는 경우에는 지급하는 때까지) 소득세를 원천징수하여 그 다음달 10일까지 납부하여야 한다. 다음달 10일까지 납부한 경우 기한 내에 납부한 것으로 보아 원천징수납부 불성실가산세를 적용하지 아니한다.(소득세법 기본통칙 20-38…3)
  • 종합소득 과세표준 확정신고를 한 자가 그 신고기한이 지난 후에 법원의 판결ㆍ화해 등에 의하여 부당해고기간의 급여를 일시에 지급받음으로써 소득금액에 변동이 발생함에 따라 소득세를 추가로 납부하여야 하는 경우로서 법원의 판결 등에 따른 근로소득원천징수영수증을 교부받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 말일까지 추가신고납부한 때에는 과세표준확정신고기한까지 신고납부한 것으로 본다.(소령 §134④)
5. 비거주자의 연말정산
1) 거주자와 비거주자
(1) 거주자와 비거주자(소법 §1의2)
거주자는 국내에 주소를 두거나 183일 이상의 거소를 둔 개인을 말하며, 비거주자는 거주자가 아닌 개인을 말한다.
(2) 주소와 거소의 판정(소령 §2)
  • 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무 등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정하며, 거소는 주소지 외의 장소 중 상당기간에 걸쳐 거주하는 장소로서 주소와 같이 밀접한 일반적 생활관계가 형성되지 아니한 장소이다.
  • 국내에 거주하는 개인이 국내에 주소를 가진 것으로 보는 경우
    • 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것을 통상 필요로 하는 직업을 가진 때
    • 국내에 생계를 같이하는 가족이 있고, 그 직업 및 자산상태에 비추어 계속하여 183일 이상 국내에 거주할 것으로 인정되는 때
  • 국외에 거주 또는 근무하는 자가 외국국적을 가졌거나 외국법령에 의하여 그 외국의 영주권을 얻은 자로서 국내에 생계를 같이하는 가족이 없고 그 직업 및 자산상태에 비추어 다시 입국하여 주로 국내에 거주하리라고 인정되지 아니하는 경우 국내에 주소가 없는 것으로 본다.
  • 외국을 항행하는 선박 또는 항공기의 승무원의 경우 그 승무원과 생계를 같이하는 가족이 거주하는 장소 또는 그 승무원이 근무기간 외의 기간 중 통상 체재하는 장소가 국내에 있는 때에는 해당 승무원의 주소는 국내에 있는 것으로 보고, 그 장소가 국외에 있는 때에는 해당 승무원의 주소가 국외에 있는 것으로 본다.
(3) 거주기간의 계산(소령 §4)
  • 국내에 거소를 둔 기간은 입국하는 날의 다음 날부터 출국하는 날까지로 한다.
  • 국내에 거소를 두고 있던 개인이 출국 후 다시 입국한 경우에 생계를 같이하는 가족의 거주지나 자산소재지 등에 비추어 그 출국목적이 관광, 질병의 치료 등으로서 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 그 출국한 기간도 국내에 거소를 둔 기간으로 본다.
  • 국내에 거소를 둔 기간이 2과세기간에 걸쳐 183일 이상인 경우에는 국내에 183일 이상 거소를 둔 것으로 본다.
  • 「재외동포의 출입국과 법적 지위에 관한 법률」 제2조에 따른 재외동포가 입국한 경우 생계를 같이 하는 가족의 거주지나 자산소재지 등에 비추어 그 입국목적이 관광, 질병의 치료 등 일정한 사유에 해당하여 그 입국한 기간이 명백하게 일시적인 것으로 인정되는 때에는 해당 기간은 국내에 거소를 둔 기간으로 보지 아니한다.
(4) 거주자 또는 비거주자가 되는 시기(소령 §2의2)
  • 비거주자가 거주자로 되는 시기
    • 국내에 주소를 둔 날
    • 국내에 주소를 가지거나 국내에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날
    • 국내에 거소를 둔 기간이 183일이 되는 날
  • 거주자가 비거주자로 되는 시기
    • 거주자가 주소 또는 거소의 국외 이전을 위하여 출국하는 날의 다음 날
    • 국내에 주소가 없거나 국외에 주소가 있는 것으로 보는 사유가 발생한 날의 다음 날
(5) 해외현지법인등의 임직원 등에 대한 거주자 판정(소령 §3)
거주자나 내국법인의 국외사업장 또는 해외현지법인(내국법인이 발행주식 총수 또는 출자지분의 100분의 100을 직접 또는 간접 출자한 경우에 한정한다) 등에 파견된 임원 또는 직원이나 국외에서 근무하는 공무원은 거주자로 본다.
(6) 과세대상 소득의 범위(소법 §3)
  • 거주자는 소득세법에서 규정하는 모든 소득에 대해서 과세한다. 다만, 해당 과세기간 종료일 10년 전부터 국내에 주소나 거소를 둔 기간의 합계가 5년 이하인 외국인 거주자에게는 과세대상 소득 중 국외에서 발생한 소득의 경우 국내에서 지급되거나 국내로 송금된 소득에 대해서만 과세한다.
  • 비거주자에게는 「소득세법」 제119조에 따른 국내원천소득에 대해서만 과세한다.
    * 평창동계올림픽 대회운영과 관련된 비거주자의 소득은 소득세를 면제(2018.12.31.까지)
2) 비거주자의 연말정산
(1) 비거주자의 국내원천소득(근로소득)(소법 §119, 소령 §179)
○ 국내에서 제공하는 근로의 대가로서 받는 급여
○ 거주자 또는 내국법인이 운용하는 외국항행선박ㆍ원양어업선박 및 항공기의 승무원이 받는 급여
○ 내국법인의 임원 자격으로서 받는 급여
○ 법인세법에 따라 상여로 처분된 금액
(2) 연말정산 방법(소법 §122)
비거주자의 국내원천소득에 해당하는 근로소득에 대한 소득세의 과세표준과 세액의 계산에 관하여는 거주자에 대한 소득세의 과세표준과 세액의 계산에 관한 규정을 준용한다. 다만, 소득세법 제51조 제3항에 따른 인적공제 중 비거주자 본인 외의 자에 대한 공제와 같은 법 제52조에 따른 특별소득공제, 제59조의2에 따른 자녀세액공제 및 제59조의4에 따른 특별세액공제는 하지 아니한다.
6. 외국인의 연말정산(조특법 §18의2)
  • 외국인근로자는 해당 과세연도 종료일 현재 대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람을 의미하므로 거주자 중 외국인과 비거주자 중 외국인 근로자를 말함
    ※ 대한민국 국적을 가진 재외국민은 외국인근로자 과세특례 적용대상 아님
  • 외국인근로자에 대한 과세특례
    외국인 임원 또는 사용인(일용근로자 제외)이 2018년 12월31일 이전에 국내에서 최초로 근로를 제공하기 시작하는 경우 국내에서 근무(특수관계기업에 근로를 제공하는 경우는 제외)함으로써 받는 근로소득으로서 국내에서 최초로 근로를 제공한 날부터 5년 이내에 끝나는 과세기간까지 받는 근로소득에 대한 소득세는 소득세법 제55조 제1항에도 불구하고 해당 근로소득에 100분의 19를 곱한 금액을 그 세액으로 할 수 있다. 다만, 외국인근로자가 외국인투자 촉진법 시행령 제20조의2 제4항 제1호에 따른 지역본부에 근무하는 경우 2018년 12월 31일 이후에도 적용할 수 있다.